seq1 = pF1KB8507.tfa, 2823 bp
seq2 = pF1KB8507/gi568815587f_118967824.tfa (gi568815587f:118967824_119181620), 213797 bp

>pF1KB8507 2823
>gi568815587f:118967824_119181620 (Chr11)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-336  (101375-101521)   100% ->
337-472  (101619-101754)   100% ->
473-636  (102411-102574)   99% ->
637-884  (103773-104020)   100% ->
885-1086  (105375-105576)   100% ->
1087-1238  (105977-106128)   100% ->
1239-1425  (109074-109260)   100% ->
1426-1572  (109678-109824)   100% ->
1573-1761  (110055-110243)   100% ->
1762-1923  (110350-110511)   100% ->
1924-2063  (110742-110881)   99% ->
2064-2266  (110972-111174)   100% ->
2267-2438  (111306-111477)   100% ->
2439-2661  (113269-113491)   100% ->
2662-2823  (113636-113797)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTACCTGCAGTGGCGGCGCTTCGTTTTCTTCGACAAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCCTACCTGCAGTGGCGGCGCTTCGTTTTCTTCGACAAGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAAGGAGCCGCTGAGCAATGATGGGGCCGCTCCCGGGGCCACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAAGGAGCCGCTGAGCAATGATGGGGCCGCTCCCGGGGCCACACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTCTGGATCCGCTGCTTCCAAGTTCCTTTGCCTCCCTCCTGGCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTCTGGATCCGCTGCTTCCAAGTTCCTTTGCCTCCCTCCTGGCATCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCTGCGACTCAGGCCGAGGGAGCCTGGTCTTTGGAGAT         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 GTCTGCGACTCAGGCCGAGGGAGCCTGGTCTTTGGAGATATC...CATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAGGCCAGATCTGGTTCTTGCCACGTTCCCTACAGCTTACAGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101377 GGAAGGCCAGATCTGGTTCTTGCCACGTTCCCTACAGCTTACAGGCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGCCTACAAACTACGGGTGACACACCTGTACCAACTGAAGCAGCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 AAGCCTACAAACTACGGGTGACACACCTGTACCAACTGAAGCAGCACAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTCTGGCATCTGTTGGAGAAGATGAAGAGGGCATCAACCCCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101477 ATTCTGGCATCTGTTGGAGAAGATGAAGAGGGCATCAACCCCTTGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     GTTAAGATCTGGAACCTGGAGAAGAGAGATGGTGGCAATCCACTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 .CAGGTTAAGATCTGGAACCTGGAGAAGAGAGATGGTGGCAATCCACTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCACTCGAATCTTCCCTGCTATTCCAGGAACAGAGCCAACTGTTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 GCACTCGAATCTTCCCTGCTATTCCAGGAACAGAGCCAACTGTTGTATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTTTGACTGTCCATGAAAATCTCAACTTTATGGCCATTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101715 TGTTTGACTGTCCATGAAAATCTCAACTTTATGGCCATTGGTA...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCACAGATGGGAGTGTTACATTGAACAAAGGAGACATCACCCGGGACC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102412 TTTCACAGATGGCAGTGTTACATTGAACAAAGGAGACATCACCCGGGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCATAGCAAGACCCAGATTTTGCACAAGGGCAACTATCCTGTAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102462 GGCATAGCAAGACCCAGATTTTGCACAAGGGCAACTATCCTGTAACTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGGCCTTTCGCCAAGCAGGAAAGACCACTCACTTGTTTGTTGTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102512 TTGGCCTTTCGCCAAGCAGGAAAGACCACTCACTTGTTTGTTGTGACAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAGAACGTCCAG         TCCTATATAGTTTCTGGAAAAGACTACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102562 AGAGAACGTCCAGGTA...CAGTCCTATATAGTTTCTGGAAAAGACTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCGCGTGGAGTTGGACACCCATGGTTGTGGCCTGCGCTGCTCAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 CTCGCGTGGAGTTGGACACCCATGGTTGTGGCCTGCGCTGCTCAGCCCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGTGACCCTTCTCAGGACCTGCAGTTCATTGTGGCCGGGGATGAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 AGTGACCCTTCTCAGGACCTGCAGTTCATTGTGGCCGGGGATGAGTGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTACTTGTACCAGCCTGATGAACGTGGGCCCTGCTTCGCCTTTGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 CTACTTGTACCAGCCTGATGAACGTGGGCCCTGCTTCGCCTTTGAGGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATAAGCTCATTGCCCACTGGTTTAGAGGCTACCTTATCATTGTCTCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 ATAAGCTCATTGCCCACTGGTTTAGAGGCTACCTTATCATTGTCTCCCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GACCGGAAGGTTTCTCCCAA         GTCAGAGTTTACCAGCAGGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104001 GACCGGAAGGTTTCTCCCAAGTA...CAGGTCAGAGTTTACCAGCAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTCACAGAGCTCCGACAAGCAGATTCTAAACATCTATGACCTGTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105396 TTCACAGAGCTCCGACAAGCAGATTCTAAACATCTATGACCTGTGCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGTTCATAGCCTATAGCACCGTCTTTGAGGATGTAGTGGATGTGCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105446 AGTTCATAGCCTATAGCACCGTCTTTGAGGATGTAGTGGATGTGCTTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGTGGGGCTCCCTGTACGTGCTGACGCGGGATGGGCGGGTCCACGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105496 GAGTGGGGCTCCCTGTACGTGCTGACGCGGGATGGGCGGGTCCACGCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCAGGAGAAGGACACACAGACCAAACTGGAG         ATGCTGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105546 GCAGGAGAAGGACACACAGACCAAACTGGAGGCA...TAGATGCTGTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGAAGAACCTATTTGAGATGGCGATTAACCTTGCCAAGAGCCAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105987 AGAAGAACCTATTTGAGATGGCGATTAACCTTGCCAAGAGCCAGCATCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACAGTGATGGGCTGGCCCAGATTTTCATGCAGTATGGAGACCATCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106037 GACAGTGATGGGCTGGCCCAGATTTTCATGCAGTATGGAGACCATCTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAGCAAGGGCAACCACGATGGGGCTGTCCAGCAATATATCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106087 CAGCAAGGGCAACCACGATGGGGCTGTCCAGCAATATATCCGGTC...TA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1239  AACCATTGGAAAGTTGGAGCCATCCTACGTGATCCGCAAGTTTCTGGAT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109073 GAACCATTGGAAAGTTGGAGCCATCCTACGTGATCCGCAAGTTTCTGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCCAGCGCATTCACAACCTGACTGCCTACCTGCAGACCCTGCACCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109123 GCCCAGCGCATTCACAACCTGACTGCCTACCTGCAGACCCTGCACCGACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATCCCTGGCCAATGCCGACCATACCACCCTGCTCCTCAACTGCTATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109173 ATCCCTGGCCAATGCCGACCATACCACCCTGCTCCTCAACTGCTATACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGCTCAAGGACAGCTCGAAGCTGGAGGAGTTCATCAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109223 AGCTCAAGGACAGCTCGAAGCTGGAGGAGTTCATCAAGGTG...CAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAGAGTGAGAGTGAAGTCCACTTTGATGTGGAGACAGCCATCAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109681 AAGAGTGAGAGTGAAGTCCACTTTGATGTGGAGACAGCCATCAAGGTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCGGCAGGCTGGCTACTACTCCCATGCCCTGTATCTGGCGGAGAACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109731 CCGGCAGGCTGGCTACTACTCCCATGCCCTGTATCTGGCGGAGAACCATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CACATCATGAGTGGTACCTGAAGATCCAGCTAGAAGACATTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109781 CACATCATGAGTGGTACCTGAAGATCCAGCTAGAAGACATTAAGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1573    AATTATCAGGAAGCCCTTCGATACATCGGCAAGCTGCCTTTTGAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110052 CAGAATTATCAGGAAGCCCTTCGATACATCGGCAAGCTGCCTTTTGAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GGCAGAGAGCAACATGAAGCGCTACGGCAAGATCCTCATGCACCACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110102 GGCAGAGAGCAACATGAAGCGCTACGGCAAGATCCTCATGCACCACATAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGAGCAGACAACTCAGTTGCTGAAGGGACTTTGTACTGATTATCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110152 CAGAGCAGACAACTCAGTTGCTGAAGGGACTTTGTACTGATTATCGGCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AGCCTCGAAGGCCGCAGCGATAGGGAGGCCCCAGGCTGCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110202 AGCCTCGAAGGCCGCAGCGATAGGGAGGCCCCAGGCTGCAGGGTG...TA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762  GCCAACTCTGAGGAGTTCATCCCCATCTTTGCCAATAACCCGCGAGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110349 GGCCAACTCTGAGGAGTTCATCCCCATCTTTGCCAATAACCCGCGAGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TGAAAGCCTTCCTAGAGCACATGAGTGAAGTGCAGCCAGACTCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110399 TGAAAGCCTTCCTAGAGCACATGAGTGAAGTGCAGCCAGACTCACCCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GGGATCTACGACACACTCCTTGAGCTGCGACTGCAGAACTGGGCCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110449 GGGATCTACGACACACTCCTTGAGCTGCGACTGCAGAACTGGGCCCACGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GAAGGATCCACAG         GTCAAAGAGAAGCTTCACGCAGAGGCCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110499 GAAGGATCCACAGGTG...CAGGTCAAAGAGAAGCTTCACGCAGAGGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TTTCCCTGCTGAAGAGTGGTCGCTTCTGTGACGTCTTTGACAAGGCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 110770 TTTCCCTGCTGAAGAGTGGTCGCTTCTGCGACGTCTTTGACAAGGCCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 GTCCTGTGCCAGATGCACGACTTCCAGGATGGTGTCCTTTACCTTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110820 GTCCTGTGCCAGATGCACGACTTCCAGGATGGTGTCCTTTACCTTTATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GCAGGGGAAGCT         GTTCCAGCAGATCATGCACTACCACATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110870 GCAGGGGAAGCTGTA...CAGGTTCCAGCAGATCATGCACTACCACATGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGCACGAGCAGTACCGGCAGGTCATCAGCGTGTGTGAGCGCCATGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111001 AGCACGAGCAGTACCGGCAGGTCATCAGCGTGTGTGAGCGCCATGGGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAGGACCCCTCCTTGTGGGAGCAGGCCCTCAGCTACTTCGCTCGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111051 CAGGACCCCTCCTTGTGGGAGCAGGCCCTCAGCTACTTCGCTCGCAAGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GGAGGACTGCAAGGAGTATGTGGCAGCTGTCCTCAAGCATATCGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111101 GGAGGACTGCAAGGAGTATGTGGCAGCTGTCCTCAAGCATATCGAGAACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 AGAACCTCATGCCACCTCTTCTAG         TGGTGCAGACCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111151 AGAACCTCATGCCACCTCTTCTAGGTA...CAGTGGTGCAGACCCTGGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CACAACTCCACAGCCACACTCTCCGTCATCAGGGACTACCTGGTCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111323 CACAACTCCACAGCCACACTCTCCGTCATCAGGGACTACCTGGTCCAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 ACTACAGAAACAGAGCCAGCAGATTGCACAGGATGAGCTGCGGGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111373 ACTACAGAAACAGAGCCAGCAGATTGCACAGGATGAGCTGCGGGTGCGGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GGTACCGAGAGGAGACCACCCGTATCCGCCAGGAGATCCAAGAGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111423 GGTACCGAGAGGAGACCACCCGTATCCGCCAGGAGATCCAAGAGCTCAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 GCCAG         TCCTAAGATTTTCCAAAAGACCAAGTGCAGCATCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111473 GCCAGGTA...TAGTCCTAAGATTTTCCAAAAGACCAAGTGCAGCATCTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 TAACAGTGCCTTGGAGTTGCCCTCAGTCCACTTCCTGTGTGGCCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113305 TAACAGTGCCTTGGAGTTGCCCTCAGTCCACTTCCTGTGTGGCCACTCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 TCCACCAACACTGCTTTGAGAGTTACTCGGAAAGTGATGCTGACTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113355 TCCACCAACACTGCTTTGAGAGTTACTCGGAAAGTGATGCTGACTGCCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 ACCTGCCTCCCTGAAAACCGGAAGGTCATGGATATGATCCGGGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113405 ACCTGCCTCCCTGAAAACCGGAAGGTCATGGATATGATCCGGGCCCAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 ACAGAAACGAGATCTCCATGATCAATTCCAGCATCAG         CTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113455 ACAGAAACGAGATCTCCATGATCAATTCCAGCATCAGGTG...CAGCTCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 GGTGCTCCAATGACAGCTTTTCTGTGATTGCTGACTACTTTGGCAGAGGT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113640 AGTGCTCCAATGACAGCTTTTCTGTGATTGCTGACTACTTTGGCAGAGGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 GTTTTCAACAAATTGACTCTGCTGACCGACCCTCCCACAGCCAGACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113690 GTTTTCAACAAATTGACTCTGCTGACCGACCCTCCCACAGCCAGACTGAC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 CTCCAGCCTGGAGGCTGGGCTGCAACGCGACCTACTCATGCACTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113740 CTCCAGCCTGGAGGCTGGGCTGCAACGCGACCTACTCATGCACTCCAGGA

   2950     .
   2816 GGGGCACT
        ||||||||
 113790 GGGGCACT