seq1 = pF1KB8486.tfa, 2565 bp
seq2 = pF1KB8486/gi568815587f_130059980.tfa (gi568815587f:130059980_130309820), 249841 bp

>pF1KB8486 2565
>gi568815587f:130059980_130309820 (Chr11)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-241  (128135-128294)   100% ->
242-369  (128551-128678)   100% ->
370-440  (128890-128960)   100% ->
441-598  (129760-129917)   100% ->
599-634  (130134-130169)   100% ->
635-875  (130475-130715)   100% ->
876-1015  (134170-134309)   100% ->
1016-1113  (134661-134758)   100% ->
1114-1223  (136360-136469)   99% ->
1224-1354  (136591-136721)   100% ->
1355-1459  (137862-137966)   100% ->
1460-1570  (138329-138439)   100% ->
1571-1684  (138529-138642)   99% ->
1685-1807  (138968-139090)   100% ->
1808-1994  (139972-140158)   100% ->
1995-2269  (148431-148705)   100% ->
2270-2406  (149463-149599)   100% ->
2407-2565  (149683-149841)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCGATCGGGCCCGCAAGGGCGGAGGGGGCCCGAAGGACTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCGATCGGGCCCGCAAGGGCGGAGGGGGCCCGAAGGACTTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGGACTCAAGTACAACTCCCGGCACGAG         AAAGTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CGCGGGACTCAAGTACAACTCCCGGCACGAGGTG...CAGAAAGTGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTGGAGGAAGGCGTGGAGTTCCTGCCAGTCAACAACGTCAAGAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128145 GCTTGGAGGAAGGCGTGGAGTTCCTGCCAGTCAACAACGTCAAGAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAAGCATGGCCCGGGGCGCTGGGTGGTGCTGGCAGCCGTGCTGATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128195 GAAAAGCATGGCCCGGGGCGCTGGGTGGTGCTGGCAGCCGTGCTGATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCCTCTTGGTCTTGCTGGGGATCGGCTTCCTGGTGTGGCATTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128245 CCTCCTCTTGGTCTTGCTGGGGATCGGCTTCCTGGTGTGGCATTTGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          ACCGGGACGTGCGTGTCCAGAAGGTCTTCAATGGCTACATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128295 GTG...CAGACCGGGACGTGCGTGTCCAGAAGGTCTTCAATGGCTACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGATCACAAATGAGAATTTTGTGGATGCCTACGAGAACTCCAACTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128592 AGGATCACAAATGAGAATTTTGTGGATGCCTACGAGAACTCCAACTCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGTTTGTAAGCCTGGCCAGCAAGGTGAAGGACGCG         CTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 128642 TGAGTTTGTAAGCCTGGCCAGCAAGGTGAAGGACGCGGTG...CAGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGCTGTACAGCGGAGTCCCATTCCTGGGCCCCTACCACAAGGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128894 AGCTGCTGTACAGCGGAGTCCCATTCCTGGGCCCCTACCACAAGGAGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGTGACGGCCTTCAG         CGAGGGCAGCGTCATCGCCTACTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128944 GCTGTGACGGCCTTCAGGTG...CAGCGAGGGCAGCGTCATCGCCTACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTGGTCTGAGTTCAGCATCCCGCAGCACCTGGTGGAGGAGGCCGAGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129784 CTGGTCTGAGTTCAGCATCCCGCAGCACCTGGTGGAGGAGGCCGAGCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCATGGCCGAGGAGCGCGTAGTCATGCTGCCCCCGCGGGCGCGCTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129834 TCATGGCCGAGGAGCGCGTAGTCATGCTGCCCCCGCGGGCGCGCTCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGTCCTTTGTGGTCACCTCAGTGGTGGCTTTCC         CCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129884 AAGTCCTTTGTGGTCACCTCAGTGGTGGCTTTCCGTG...CAGCCACGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCAAAACAGTACAGAGGACCCAGGACA         ACAGCTGCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130141 CTCCAAAACAGTACAGAGGACCCAGGACAGTA...CAGACAGCTGCAGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGGCCTGCACGCCCGCGGTGTGGAGCTGATGCGCTTCACCACGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130487 TTGGCCTGCACGCCCGCGGTGTGGAGCTGATGCGCTTCACCACGCCCGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCCCTGACAGCCCCTACCCCGCTCATGCCCGCTGCCAGTGGGCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130537 TTCCCTGACAGCCCCTACCCCGCTCATGCCCGCTGCCAGTGGGCCCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGGGACGCCGACTCAGTGCTGAGCCTCACCTTCCGCAGCTTTGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130587 GGGGGACGCCGACTCAGTGCTGAGCCTCACCTTCCGCAGCTTTGACCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGTCCTGCGACGAGCGCGGCAGCGACCTGGTGACGGTGTACAACACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130637 CGTCCTGCGACGAGCGCGGCAGCGACCTGGTGACGGTGTACAACACCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCCCCATGGAGCCCCACGCCCTGGTGCA         GTTGTGTGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130687 AGCCCCATGGAGCCCCACGCCCTGGTGCAGTG...CAGGTTGTGTGGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTACCCTCCCTCCTACAACCTGACCTTCCACTCCTCCCAGAACGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134182 CTACCCTCCCTCCTACAACCTGACCTTCCACTCCTCCCAGAACGTCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCATCACACTGATAACCAACACTGAGCGGCGGCATCCCGGCTTTGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134232 TCATCACACTGATAACCAACACTGAGCGGCGGCATCCCGGCTTTGAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCTTCTTCCAGCTGCCTAGGATGAGCA         GCTGTGGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134282 ACCTTCTTCCAGCTGCCTAGGATGAGCAGTA...CAGGCTGTGGAGGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTACGTAAAGCCCAGGGGACATTCAACAGCCCCTACTACCCAGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134674 CTTACGTAAAGCCCAGGGGACATTCAACAGCCCCTACTACCCAGGCCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACCCACCCAACATTGACTGCACATGGAACATTGAG         GTGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134724 ACCCACCCAACATTGACTGCACATGGAACATTGAGGTA...CAGGTGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AACAACCAGCATGTGAAGGTGCGCTTCAAATTCTTCTACCTGCTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136366 AACAACCAGCATGTGAAGGTGCGCTTCAAATTCTTCTACCTGCTGGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGGCGTGCCTGCGGGCACCTGCCCCAAGGACTACGTGGAGATCAATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 136416 CGGCGTGCCTGCGGGCACCTGCCCCAAGGACTACGTGGAGATCAACGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGAA         ATACTGCGGAGAGAGGTCCCAGTTCGTCGTCACCAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136466 AGAAGTG...CAGATACTGCGGAGAGAGGTCCCAGTTCGTCGTCACCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AACAGCAACAAGATCACAGTTCGCTTCCACTCAGATCAGTCCTACACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136628 AACAGCAACAAGATCACAGTTCGCTTCCACTCAGATCAGTCCTACACCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CACCGGCTTCTTAGCTGAATACCTCTCCTACGACTCCAGTGACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136678 CACCGGCTTCTTAGCTGAATACCTCTCCTACGACTCCAGTGACCGTG...

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1355    CATGCCCGGGGCAGTTCACGTGCCGCACGGGGCGGTGTATCCGGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137859 CAGCATGCCCGGGGCAGTTCACGTGCCGCACGGGGCGGTGTATCCGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GAGCTGCGCTGTGATGGCTGGGCCGACTGCACCGACCACAGCGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137909 GAGCTGCGCTGTGATGGCTGGGCCGACTGCACCGACCACAGCGATGAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAACTGCA         GTTGCGACGCCGGCCACCAGTTCACGTGCAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137959 CAACTGCAGTG...CAGGTTGCGACGCCGGCCACCAGTTCACGTGCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAAGTTCTGCAAGCCCCTCTTCTGGGTCTGCGACAGTGTGAACGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138362 ACAAGTTCTGCAAGCCCCTCTTCTGGGTCTGCGACAGTGTGAACGACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGAGACAACAGCGACGAGCAGGGGTGCA         GTTGTCCGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138412 GGAGACAACAGCGACGAGCAGGGGTGCAGTG...CAGGTTGTCCGGCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GACCTTCAGGTGTTCCAATGGGAAGTGCCTCTCGAAAAGCCAGCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138542 GACCTTCAGGTGTTCCAATGGGAAGTGCCTCTCGAAAAGCCAGCAGTGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATGGGAAGGACGACTGTGGGGACGGCTCCGACGAGGCCTCCTGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 138592 ATGGGAAGGACGACTGTGGGGACGGGTCCGACGAGGCCTCCTGCCCCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 G         TGAACGTCGTCACTTGTACCAAACACACCTACCGCTGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138642 GGTG...CAGTGAACGTCGTCACTTGTACCAAACACACCTACCGCTGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CAATGGGCTCTGCTTGAGCAAGGGCAACCCTGAGTGTGACGGGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139008 CAATGGGCTCTGCTTGAGCAAGGGCAACCCTGAGTGTGACGGGAAGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACTGTAGCGACGGCTCAGATGAGAAGGACTGCG         ACTGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 139058 ACTGTAGCGACGGCTCAGATGAGAAGGACTGCGGTG...CAGACTGTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTGCGGTCATTCACGAGACAGGCTCGTGTTGTTGGGGGCACGGATGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139980 CTGCGGTCATTCACGAGACAGGCTCGTGTTGTTGGGGGCACGGATGCGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGAGGGCGAGTGGCCCTGGCAGGTAAGCCTGCATGCTCTGGGCCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140030 TGAGGGCGAGTGGCCCTGGCAGGTAAGCCTGCATGCTCTGGGCCAGGGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ACATCTGCGGTGCTTCCCTCATCTCTCCCAACTGGCTGGTCTCTGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140080 ACATCTGCGGTGCTTCCCTCATCTCTCCCAACTGGCTGGTCTCTGCCGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CACTGCTACATCGATGACAGAGGATTCAG         GTACTCAGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 140130 CACTGCTACATCGATGACAGAGGATTCAGGTG...CAGGTACTCAGACCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CACGCAGTGGACGGCCTTCCTGGGCTTGCACGACCAGAGCCAGCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148443 CACGCAGTGGACGGCCTTCCTGGGCTTGCACGACCAGAGCCAGCGCAGCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CCCCTGGGGTGCAGGAGCGCAGGCTCAAGCGCATCATCTCCCACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148493 CCCCTGGGGTGCAGGAGCGCAGGCTCAAGCGCATCATCTCCCACCCCTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TTCAATGACTTCACCTTCGACTATGACATCGCGCTGCTGGAGCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148543 TTCAATGACTTCACCTTCGACTATGACATCGCGCTGCTGGAGCTGGAGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 ACCGGCAGAGTACAGCTCCATGGTGCGGCCCATCTGCCTGCCGGACGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148593 ACCGGCAGAGTACAGCTCCATGGTGCGGCCCATCTGCCTGCCGGACGCCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CCCATGTCTTCCCTGCCGGCAAGGCCATCTGGGTCACGGGCTGGGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148643 CCCATGTCTTCCCTGCCGGCAAGGCCATCTGGGTCACGGGCTGGGGACAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ACCCAGTATGGAG         GCACTGGCGCGCTGATCCTGCAAAAGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 148693 ACCCAGTATGGAGGTA...CAGGCACTGGCGCGCTGATCCTGCAAAAGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TGAGATCCGCGTCATCAACCAGACCACCTGCGAGAACCTCCTGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149491 TGAGATCCGCGTCATCAACCAGACCACCTGCGAGAACCTCCTGCCGCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AGATCACGCCGCGCATGATGTGCGTGGGCTTCCTCAGCGGCGGCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149541 AGATCACGCCGCGCATGATGTGCGTGGGCTTCCTCAGCGGCGGCGTGGAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 TCCTGCCAG         GGTGATTCCGGGGGACCCCTGTCCAGCGTGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 149591 TCCTGCCAGGTG...CAGGGTGATTCCGGGGGACCCCTGTCCAGCGTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 GGCGGATGGGCGGATCTTCCAGGCCGGTGTGGTGAGCTGGGGAGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149715 GGCGGATGGGCGGATCTTCCAGGCCGGTGTGGTGAGCTGGGGAGACGGCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 GCGCTCAGAGGAACAAGCCAGGCGTGTACACAAGGCTCCCTCTGTTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149765 GCGCTCAGAGGAACAAGCCAGGCGTGTACACAAGGCTCCCTCTGTTTCGG

   2700     .    :    .    :    .
   2539 GACTGGATCAAAGAGAACACTGGGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 149815 GACTGGATCAAAGAGAACACTGGGGTA