seq1 = pF1KB8472.tfa, 2520 bp
seq2 = pF1KB8472/gi568815593f_132952251.tfa (gi568815593f:132952251_133204433), 252183 bp

>pF1KB8472 2520
>gi568815593f:132952251_133204433 (Chr5)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-165  (112730-112787)   100% ->
166-306  (115167-115307)   100% ->
307-429  (118124-118246)   100% ->
430-529  (120980-121079)   100% ->
530-663  (121743-121876)   100% ->
664-908  (124404-124648)   100% ->
909-985  (134532-134608)   100% ->
986-1137  (136154-136305)   100% ->
1138-1244  (136805-136911)   100% ->
1245-1378  (137312-137445)   100% ->
1379-1560  (138943-139124)   100% ->
1561-1650  (140450-140539)   100% ->
1651-1803  (143848-144000)   100% ->
1804-1929  (144911-145036)   100% ->
1930-2037  (147295-147402)   100% ->
2038-2157  (149509-149628)   100% ->
2158-2319  (151615-151776)   100% ->
2320-2520  (151983-152183)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGGTGGGCATAGACCTGGGCTTCCAGAGCTGCTACGTCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGGTGGGCATAGACCTGGGCTTCCAGAGCTGCTACGTCGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCGCGCCGGCGGCATCGAGACTATCGCTAATGAGTATAGCGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCGCGCCGGCGGCATCGAGACTATCGCTAATGAGTATAGCGACCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACGCC         GGCTTGCATTTCTTTTGGTCCTAAGAATCGTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACGCCGTA...TAGGGCTTGCATTTCTTTTGGTCCTAAGAATCGTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTGGAGCAGCAGCTAAAAGCCAG         GTAATTTCTAATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112764 ATTGGAGCAGCAGCTAAAAGCCAGGTA...TAGGTAATTTCTAATGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACACAGTCCAAGGATTTAAAAGATTCCATGGCCGAGCATTCTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115184 GAACACAGTCCAAGGATTTAAAAGATTCCATGGCCGAGCATTCTCTGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATTTGTGGAGGCAGAAAAATCTAACCTTGCATATGATATTGTGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115234 CATTTGTGGAGGCAGAAAAATCTAACCTTGCATATGATATTGTGCAGTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTACAGGATTAACAGGTATAAAG         GTGACATATATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115284 CCTACAGGATTAACAGGTATAAAGGTA...CAGGTGACATATATGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGCGAAATTTTACCACTGAGCAAGTGACTGCCATGCTTTTGTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118141 AGAGCGAAATTTTACCACTGAGCAAGTGACTGCCATGCTTTTGTCCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGGAGACAGCCGAAAGTGTTCTTAAGAAGCCTGTAGTTGACTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118191 TGAAGGAGACAGCCGAAAGTGTTCTTAAGAAGCCTGTAGTTGACTGTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTTCG         GTTCCTTGTTTCTATACTGATGCAGAAAGACGATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 GTTTCGGTG...TAGGTTCCTTGTTTCTATACTGATGCAGAAAGACGATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTGATGGATGCAACACAGATTGCTGGTCTTAATTGCTTGCGATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121015 AGTGATGGATGCAACACAGATTGCTGGTCTTAATTGCTTGCGATTAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGAAACCACTGCAG         TTGCTCTTGCATATGGAATCTATAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121065 ATGAAACCACTGCAGGTA...TAGTTGCTCTTGCATATGGAATCTATAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGATCTTCCTGCCTTAGAAGAGAAACCAAGAAATGTAGTTTTTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121769 CAGGATCTTCCTGCCTTAGAAGAGAAACCAAGAAATGTAGTTTTTGTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATGGGCCACTCTGCTTATCAAGTTTCTGTATGTGCATTTAATAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121819 CATGGGCCACTCTGCTTATCAAGTTTCTGTATGTGCATTTAATAGAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AACTGAAA         GTTCTGGCCACTGCATTTGACACGACATTGGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121869 AACTGAAAGTA...AAGGTTCTGGCCACTGCATTTGACACGACATTGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTAGAAAATTTGATGAAGTGTTAGTAAATCACTTCTGTGAAGAATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124437 GGTAGAAAATTTGATGAAGTGTTAGTAAATCACTTCTGTGAAGAATTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGAAATACAAGCTAGACATTAAGTCCAAAATCCGTGCATTATTACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124487 GAAGAAATACAAGCTAGACATTAAGTCCAAAATCCGTGCATTATTACGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTCTCAGGAGTGTGAGAAACTCAAGAAATTGATGAGTGCAAATGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124537 TCTCTCAGGAGTGTGAGAAACTCAAGAAATTGATGAGTGCAAATGCTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATCTCCCTTTGAGCATTGAATGTTTTATGAATGATGTTGATGTATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124587 GATCTCCCTTTGAGCATTGAATGTTTTATGAATGATGTTGATGTATCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AACTATGAATAG         AGGCAAATTTCTGGAGATGTGCAATGATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124637 AACTATGAATAGGTA...TAGAGGCAAATTTCTGGAGATGTGCAATGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCTTAGCTAGAGTGGAGCCACCACTTCGTAGTGTTTTGGAACAAACCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 134561 TCTTAGCTAGAGTGGAGCCACCACTTCGTAGTGTTTTGGAACAAACCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986        AGTTAAAGAAAGAAGATATTTATGCAGTGGAGATAGTTGGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134611 A...TAGAGTTAAAGAAAGAAGATATTTATGCAGTGGAGATAGTTGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCTACACGAATCCCTGCGGTAAAAGAGAAGATCAGCAAATTTTTCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136197 TGCTACACGAATCCCTGCGGTAAAAGAGAAGATCAGCAAATTTTTCGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGAACTTAGTACAACATTAAATGCTGATGAAGCTGTCACTCGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136247 AAGAACTTAGTACAACATTAAATGCTGATGAAGCTGTCACTCGAGGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCATTGCAG         TGTGCCATCTTATCGCCTGCTTTCAAAGTCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 136297 GCATTGCAGGTG...TAGTGTGCCATCTTATCGCCTGCTTTCAAAGTCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAATTTTCTATCACTGATGTAGTACCATATCCAATATCTCTGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136837 AGAATTTTCTATCACTGATGTAGTACCATATCCAATATCTCTGAGATGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAG         TGACTGTGAAGTCTTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136887 ATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAGGTA...CAGTGACTGTGAAGTCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCCAAAAATCATGCTGCTCCTTTCTCTAAAGTTCTTACATTTTATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137328 TCCAAAAATCATGCTGCTCCTTTCTCTAAAGTTCTTACATTTTATAGAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAACCTTTCACTCTTGAGGCCTACTACAGCTCTCCTCAGGATTTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137378 GGAACCTTTCACTCTTGAGGCCTACTACAGCTCTCCTCAGGATTTGCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATCCAGATCCTGCTATAG         CTCAGTTTTCAGTTCAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 137428 ATCCAGATCCTGCTATAGGTA...TAGCTCAGTTTTCAGTTCAGAAAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACTCCTCAGTCTGATGGCTCCAGTTCAAAAGTGAAAGTCAAAGTTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138966 ACTCCTCAGTCTGATGGCTCCAGTTCAAAAGTGAAAGTCAAAGTTCGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAATGTCCATGGCATTTTCAGTGTGTCCAGTGCATCTTTAGTGGAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139016 AAATGTCCATGGCATTTTCAGTGTGTCCAGTGCATCTTTAGTGGAGGTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACAAGTCTGAGGAAAATGAGGAGCCAATGGAAACAGATCAGAATGCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139066 ACAAGTCTGAGGAAAATGAGGAGCCAATGGAAACAGATCAGAATGCAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GAGGAAGAG         AAGATGCAAGTGGACCAGGAGGAACCACATGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 139116 GAGGAAGAGGTA...CAGAAGATGCAAGTGGACCAGGAGGAACCACATGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGAAGAGCAACAGCAGCAGACACCAGCAGAAAATAAGGCAGAGTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140482 TGAAGAGCAACAGCAGCAGACACCAGCAGAAAATAAGGCAGAGTCTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AAATGGAG         ACCTCTCAAGCTGGATCCAAGGATAAAAAGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 140532 AAATGGAGGTA...TAGACCTCTCAAGCTGGATCCAAGGATAAAAAGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GACCAACCACCCCAAGCCAAGAAGGCAAAAGTGAAGACCAGTACTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143881 GACCAACCACCCCAAGCCAAGAAGGCAAAAGTGAAGACCAGTACTGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTGCCAATCGAGAATCAGCTATTATGGCAGATAGACAGAGAGATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143931 CCTGCCAATCGAGAATCAGCTATTATGGCAGATAGACAGAGAGATGCTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACTTGTACATTGAAAATGAG         GGTAAGATGATCATGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 143981 ACTTGTACATTGAAAATGAGGTT...CAGGGTAAGATGATCATGCAGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AAACTGGAGAAGGAGCGGAATGATGCTAAGAACGCAGTGGAGGAATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144932 AAACTGGAGAAGGAGCGGAATGATGCTAAGAACGCAGTGGAGGAATATGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GTATGAAATGAGAGACAAGCTTAGTGGTGAATATGAGAAGTTTGTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144982 GTATGAAATGAGAGACAAGCTTAGTGGTGAATATGAGAAGTTTGTGAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AAGAT         GATCGTAACAGTTTTACTTTGAAACTGGAAGATACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145032 AAGATGTA...TAGGATCGTAACAGTTTTACTTTGAAACTGGAAGATACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAAAATTGGTTGTATGAGGATGGAGAAGACCAGCCAAAGCAAGTTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147331 GAAAATTGGTTGTATGAGGATGGAGAAGACCAGCCAAAGCAAGTTTATGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGATAAGTTGGCTGAATTAAAA         AATCTAGGTCAACCTATTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 147381 TGATAAGTTGGCTGAATTAAAAGTA...AAGAATCTAGGTCAACCTATTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 AGATACGTTTCCAGGAATCTGAAGAACGACCAAAATTATTTGAAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149528 AGATACGTTTCCAGGAATCTGAAGAACGACCAAAATTATTTGAAGAACTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGGAAACAGATCCAACAGTATATGAAAATAATCAGCTCTTTCAAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149578 GGGAAACAGATCCAACAGTATATGAAAATAATCAGCTCTTTCAAAAACAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 G         GAGGACCAGTATGATCATTTGGATGCTGCTGACATGACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149628 GGTA...CAGGAGGACCAGTATGATCATTTGGATGCTGCTGACATGACAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGGTAGAAAAAAGCACAAATGAAGCAATGGAGTGGATGAATAACAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151655 AGGTAGAAAAAAGCACAAATGAAGCAATGGAGTGGATGAATAACAAGCTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AATCTGCAGAACAAGCAGAGTTTGACCATGGATCCAGTTGTCAAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151705 AATCTGCAGAACAAGCAGAGTTTGACCATGGATCCAGTTGTCAAGTCAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AGAGATTGAAGCTAAAATTAAG         GAGCTGACAAGTACTTGTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 151755 AGAGATTGAAGCTAAAATTAAGGTA...CAGGAGCTGACAAGTACTTGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GCCCTATAATTTCAAAGCCCAAACCCAAAGTGGAACCTCCAAAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152002 GCCCTATAATTTCAAAGCCCAAACCCAAAGTGGAACCTCCAAAAGAGGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CAAAAAAATGCAGAGCAGAATGGACCAGTGGATGGACAAGGAGACAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152052 CAAAAAAATGCAGAGCAGAATGGACCAGTGGATGGACAAGGAGACAACCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AGGCCCCCAGGCTGCTGAGCAGGGTACAGACACAGCTGTGCCTTCGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152102 AGGCCCCCAGGCTGCTGAGCAGGGTACAGACACAGCTGTGCCTTCGGATT

   2650     .    :    .    :    .    :
   2489 CAGACAAGAAGCTTCCTGAAATGGACATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 152152 CAGACAAGAAGCTTCCTGAAATGGACATTGAT