seq1 = pF1KB8467.tfa, 1347 bp
seq2 = pF1KB8467/gi568815576f_18021478.tfa (gi568815576f:18021478_18231133), 209656 bp

>pF1KB8467 1347
>gi568815576f:18021478_18231133 (Chr22)

1-226  (100000-100224)   99% ->
227-375  (102679-102827)   100% ->
376-1056  (104877-105557)   100% ->
1057-1347  (109366-109656)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGAATGCATATCAGTCCACGTGGGCCAAGCGGGAGTTCAGATTGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGGGAATGCATATCAGTCCACGTGGGCCAAGCGGGAGTTCAGATTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTTCTGCCTGGAACACGGCATCCAGGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAATGCCTGCTGGGAGCTCTTCTGCCTGGAACACGGCATCCAGGCAGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACTTTTGATGCTCAAGCTAGCAAGATCAACGATGATGACTCCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 GCACTTTTGATGCTCAAGCTAGCAAGATCAACGATGATGACTCCTTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTTTTCAGCGAGACTGGCAATGGGAAGCATGTGCCCCGGGCCGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ACCTTTTTCAGCGAGACTGGCAATGGGAAGCATGTGCCCCGGGCCGTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATAGATCTGGAGCCTACTGTAGTGG         ATGAGGTTCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100199 GATAGATCTGGAGCCTACTGTAGTGGGTG...AAGATGAGGTTCGGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAACCTACCGCCAGCTCTTCCATCCAGAGCAGCTGATCACAGGAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102694 GAACCTACCGCCAGCTCTTCCATCCAGAGCAGCTGATCACAGGAAAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCAGCCAACAACTATGCCCGGGGCCACTACACGGTGGGCAAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 GATGCAGCCAACAACTATGCCCGGGGCCACTACACGGTGGGCAAGGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTGACCTGGTGCTGGACCGCATACGGAAGCTG         ACAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102794 CATTGACCTGGTGCTGGACCGCATACGGAAGCTGGTA...TAGACAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTGCTCTGGCCTGCAGGGCTTCCTGATTTTCCACAGTTTTGGTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104884 CTTGCTCTGGCCTGCAGGGCTTCCTGATTTTCCACAGTTTTGGTGGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGGCTCCGGCTTCACTTCTCTGCTGATGGAACGCCTCTCCCTGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104934 ACTGGCTCCGGCTTCACTTCTCTGCTGATGGAACGCCTCTCCCTGGATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCAAGAAATCCAAGCTGGAGTTTGCCATCTACCCAGCCCCCCAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104984 TGGCAAGAAATCCAAGCTGGAGTTTGCCATCTACCCAGCCCCCCAGGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTACTGCAGTGGTGGAGCCCTACAACTCCATCCTGACCACCCACACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105034 CTACTGCAGTGGTGGAGCCCTACAACTCCATCCTGACCACCCACACCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAACATTCAGATTGTGCTTTCATGGTGGACAACGAAGCCATCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105084 CTGGAACATTCAGATTGTGCTTTCATGGTGGACAACGAAGCCATCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CATCTGCCGCAGGAACCTTGACATTGAGCGCCCTACCTATACCAACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105134 CATCTGCCGCAGGAACCTTGACATTGAGCGCCCTACCTATACCAACCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCGCCTCATCAGTCAGATTGTGTCCTCAATCACTGCTTCTCTCCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 ACCGCCTCATCAGTCAGATTGTGTCCTCAATCACTGCTTCTCTCCGCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACGGGGCCCTCAATGTGGACCTCACTGAGTTCCAGACCAACCTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105234 GACGGGGCCCTCAATGTGGACCTCACTGAGTTCCAGACCAACCTGGTGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTACCCCCGCATCCACTTCCCGCTGGTCACCTACGCGCCCATCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105284 CTACCCCCGCATCCACTTCCCGCTGGTCACCTACGCGCCCATCATCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCGAGAAAGCCTATCACGAACAGCTCTCTGTGGCCGAGATAACCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105334 CCGAGAAAGCCTATCACGAACAGCTCTCTGTGGCCGAGATAACCAGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGCTTTGAGCCCAACAGCCAGATGGTGAAGTGCGACCCGAGACATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105384 TGCTTTGAGCCCAACAGCCAGATGGTGAAGTGCGACCCGAGACATGGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTACATGGCCTGCTGCATGCTCTACCGGGGCGACGTGGTGCCCAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105434 GTACATGGCCTGCTGCATGCTCTACCGGGGCGACGTGGTGCCCAAGGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGAATGTCGCTATTGCTGCCATCAAGACCAAGAGGACCATCCAGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105484 TGAATGTCGCTATTGCTGCCATCAAGACCAAGAGGACCATCCAGTTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GACTGGTGTCCCACAGGCTTCAAG         GTGGGCATCAACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105534 GACTGGTGTCCCACAGGCTTCAAGGTG...CAGGTGGGCATCAACTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GCCCCCGACCGTGGTCCCCGGGGGAGACCTGGCCAAGGTGCAGCGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109383 GCCCCCGACCGTGGTCCCCGGGGGAGACCTGGCCAAGGTGCAGCGGGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCTGCATGCTCAGCAACACCACGGCCATTGCGGAGGCCTGGGCCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109433 TCTGCATGCTCAGCAACACCACGGCCATTGCGGAGGCCTGGGCCCGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GACCACAAGTTCGACCTCATGTACGCCAAGCGGGCCTTTGTGCATTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109483 GACCACAAGTTCGACCTCATGTACGCCAAGCGGGCCTTTGTGCATTGGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGTGGGAGAGGGGATGGAAGAAGGAGAATTTTCTGAGGCCAGGGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109533 TGTGGGAGAGGGGATGGAAGAAGGAGAATTTTCTGAGGCCAGGGAAGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TAGCTGCCCTGGAGAAGGATTATGAAGAAGTGGGGACTGATTCGTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109583 TAGCTGCCCTGGAGAAGGATTATGAAGAAGTGGGGACTGATTCGTTTGAA

   1350     .    :    .    :
   1324 GAAGAAAATGAAGGGGAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||
 109633 GAAGAAAATGAAGGGGAGGAATTT