seq1 = pF1KB8459.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KB8459/gi568815592f_25040002.tfa (gi568815592f:25040002_25241400), 201399 bp

>pF1KB8459 1404
>gi568815592f:25040002_25241400 (Chr6)

1-1404  (99999-101399)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAAAGAAATGCCGAGAAGGAACTGACAGATAGGAATTGGGATCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 ACGGCCAAAAGAAATGCCGAGAAGGAACTGACAGATAGGAATTGGGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGATGAAGCTGAAGAGGTGGGAACATTCTCCATGGCCAGTGAGGAAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 AGAAGATGAAGCTTAAGAGGTGGGAACATTCTCCATGGCCAGTGAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGAAGAATAGAGCCATAAAGAAAGCAAAGCGCAGAAATGTTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100099 TCTTGAAGAATAGAGCCATAAAGAAAGCAAAGCGCAGAAATGTTGGATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATCTGACACTGGAGGAGCCTTTAAAGGTTTTAAAGGTTTGGTGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GAATCTGACACTGGAGGAGCCTTTAAAGGTTTTAAAGGTTTGGTGGTACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTCTGGAGGAGGACGCTTTTCTGGATTTGGTAGTGGCGCTGGAGGGAAGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 TTCTGGAGGAGGACGCTTTCCTGGATTTGGTAGTGGCGCTGGAGGGAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTTGGAAGGACTGTCGAATGGAAACAACATAACCAGTGCCCCTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 CTTTGGAAGGACTGTCGAATGGAAACAACATAACCAGTGCCCCTCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGTGCAAAGGCAGCGGCAGATCCCAAGGTAGCCTTTGGTTCTCTTGC
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100299 ACCAGTGCAAAGGCAGCGGCAGAGCCCAAGGTAGCCTTTGGTTCTCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCAAATGGCCCTACCACCTTGGTTGATAAAGTTTCAAATCCCAAAACTA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 TGCAAATGGCCCTACCGCCTTGGTTGATAAAGTTTCAAATCCCAAAACTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGGGGACAGTCAGCAGCCCTCCTCCTCTGGCCTTGCTTCCAGTAAAGCT
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 ATGGGGACACTCAGCAGCCCTCCTCCTCTGGCCTTGCTTCCAGTAAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGTGTCGGAAATGCCTATCACAAGCAGTTGGCCGCCTTGAACTGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 TGTGTCGGAAATGCCTATCACAAGCAGTTGGCCGCCTTGAACTGCTCCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGGGATTGGATAGTGAAGCACGTGAATACAAACCCCCTCTGTGATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GCGGGATTGGATAGTGAAGCACGTGAATACAAACCCCCTCTGTGATCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACCTATCTTTAAAGACTATGAGAAATATTTAGCAAACATTGAACAGCAA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 CACCTATCTTTAAGGACTATGAGAAATATTTAGCAAACATTGAACAGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CACGGGAACAGTGGCAGGAATTCTGAAAGTGAATCTAACAAAGTGGCAGC
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
 100599 CACGGGAACAGTGGCAGGAATTCTAAAAGTGAATCTAACAAAGTGGCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAAACACAGTCTCCTTCCCTTTTTGGCTCAACAAAATTACAGCAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 TGAAACACAGTCTCCTTCCCTTTTTGGCTCAACAAAATTACAGCAAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAACGTTTTTGTTTCATGGCAACAAAACTGAAGATACACCTGACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 CAACGTTTTTGTTTCATGGCAACAAAACTGAAGATACACCTGACAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGGAGGTGGCATCTGAAAAGAAAACGGACCCATCATCACTAGGAGCGAC
         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100749 GTGGAGGTGGCATCTGAAAAGAAAACGAACCCATCATCACTAGGAGCGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAGTGCCTCATTTAATTTCGGCAAGAAAGTTGATAGCTCTGTTTTGGGCT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100799 AAGTGCCTCATTTAATTTCGACAAGAAAGTTGATAGCTCTGTTTTGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CATTAAGCTCTGTCCCCCTGACTGGATTTTCTTTCTCCCCTGGAAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 CATTAAGCTCTGTCCCCCTGACTGGATTTTCTTTCTCCCCTGGAAACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGTTTATTTGGCAAAGATACTACCCAGAGTAAACCAGTCTCTTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 AGTTTATTTGGCAAAGATACTACCCAGAGTAAACCAGTCTCTTCACCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCCCACTAAACCATTGGAGGGCCAAGCAGAAGGTGACAGTGGTGAATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100949 TCCCACTAAACCATTGGAGGGCCAAGCGGAAGGTGACAGTGGTGAATGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAGGTGGAGATGAAGAAGAGAATGATGAGCCACCCAAAGTAGTAGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100999 AAGGTGGAGATGAAGAAGAGAATGATGAGCCGCCCAAAGTAGTAGTTACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAAGTAAAAGAAGAAGATGCTTTTTACTCCAAAAAGTGTAAACTGTTTTA
        |||||--||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 GAAGT  AA AAGAAGATGCTTTTTACTCCAAAAAGTGTAAACTGTTTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CAAGAAAGACAATGAGTTTAAAGAGAAAGGCATAGGTACTCTGCATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 CAAGAAAGACAATGAGTTTAAAGAGAAAGGCATAGGTACTCTGCATTTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AACCTACAGCAAATCAGAAGACACAGCTTTTGGTGCGGGCAGACACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101146 AACCTACAGCAAATCAGAAGACACAGCTTTTGGTGCGGGCAGACACCAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTAGGCAACATATTGCTGAACGTTCTGATTCCACCCAATATGCCATGTAC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 101196 TTAGGCAACATATTGCTGAATGTTCTGATTCCACCCAATATGCCATGTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCGAACAGGGAAGAATAACGTTCTTATCGTCTGTGTTCCAAATCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101246 GCGAACAGGGAAGAATAACGTTCTTATCGTCTGTGTTCCAAATCCACCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TTGACGAGAAGAATGCCACCATGCCAGTCACCATGTTGATTCGGGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101296 TTGACGAGAAGAATGCCACCATGCCAGTCACCATGTTGATTCGGGTAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACCAGCGAGGATGCAGACGAGTTGCACAAAATTTTACTGGAGAAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101346 ACCAGCGAGGATGCAGACGAGTTGCACAAAATTTTACTGGAGAAAAAGGA

   1400 
   1401 TGCC
        ||||
 101396 TGCC