seq1 = pF1KB8459.tfa, 1404 bp
seq2 = pF1KB8459/gi568815576f_45068178.tfa (gi568815576f:45068178_45284652), 216475 bp

>pF1KB8459 1404
>gi568815576f:45068178_45284652 (Chr22)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-153  (103423-103506)   100% ->
154-340  (107717-107903)   100% ->
341-1003  (110061-110723)   100% ->
1004-1085  (113109-113190)   100% ->
1086-1204  (115225-115343)   100% ->
1205-1404  (116276-116475)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAAAGAAATGCCGAGAAGGAACTGACAGATAGGAATTGGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAAAGAAATGCCGAGAAGGAACTGACAGATAGGAATTGGGATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAGATGAAGCTGAAGAG         GTGGGAACATTCTCCATGGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAGATGAAGCTGAAGAGGTA...CAGGTGGGAACATTCTCCATGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAGGAAGTCTTGAAGAATAGAGCCATAAAGAAAGCAAAGCGCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 GTGAGGAAGTCTTGAAGAATAGAGCCATAAAGAAAGCAAAGCGCAGAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTGGATTTGAA         TCTGACACTGGAGGAGCCTTTAAAGGTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103495 GTTGGATTTGAAGTG...CAGTCTGACACTGGAGGAGCCTTTAAAGGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAAGGTTTGGTGGTACCTTCTGGAGGAGGACGCTTTTCTGGATTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107746 TAAAGGTTTGGTGGTACCTTCTGGAGGAGGACGCTTTTCTGGATTTGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGCGCTGGAGGGAAGCCTTTGGAAGGACTGTCGAATGGAAACAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107796 GTGGCGCTGGAGGGAAGCCTTTGGAAGGACTGTCGAATGGAAACAACATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCAGTGCCCCTCCCTTCGCCAGTGCAAAGGCAGCGGCAGATCCCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107846 ACCAGTGCCCCTCCCTTCGCCAGTGCAAAGGCAGCGGCAGATCCCAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCCTTTG         GTTCTCTTGCTGCAAATGGCCCTACCACCTTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107896 AGCCTTTGGTA...TAGGTTCTCTTGCTGCAAATGGCCCTACCACCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGATAAAGTTTCAAATCCCAAAACTAATGGGGACAGTCAGCAGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110094 TTGATAAAGTTTCAAATCCCAAAACTAATGGGGACAGTCAGCAGCCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCCTCTGGCCTTGCTTCCAGTAAAGCTTGTGTCGGAAATGCCTATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110144 TCCTCTGGCCTTGCTTCCAGTAAAGCTTGTGTCGGAAATGCCTATCACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGTTGGCCGCCTTGAACTGCTCCGTGCGGGATTGGATAGTGAAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110194 GCAGTTGGCCGCCTTGAACTGCTCCGTGCGGGATTGGATAGTGAAGCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAATACAAACCCCCTCTGTGATCTGACACCTATCTTTAAAGACTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110244 TGAATACAAACCCCCTCTGTGATCTGACACCTATCTTTAAAGACTATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAATATTTAGCAAACATTGAACAGCAACACGGGAACAGTGGCAGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110294 AAATATTTAGCAAACATTGAACAGCAACACGGGAACAGTGGCAGGAATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAAAGTGAATCTAACAAAGTGGCAGCTGAAACACAGTCTCCTTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110344 TGAAAGTGAATCTAACAAAGTGGCAGCTGAAACACAGTCTCCTTCCCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TTGGCTCAACAAAATTACAGCAAGAGTCAACGTTTTTGTTTCATGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 TTGGCTCAACAAAATTACAGCAAGAGTCAACGTTTTTGTTTCATGGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAAACTGAAGATACACCTGACAAGAAGATGGAGGTGGCATCTGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110444 AAAACTGAAGATACACCTGACAAGAAGATGGAGGTGGCATCTGAAAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AACGGACCCATCATCACTAGGAGCGACAAGTGCCTCATTTAATTTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110494 AACGGACCCATCATCACTAGGAGCGACAAGTGCCTCATTTAATTTCGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGAAAGTTGATAGCTCTGTTTTGGGCTCATTAAGCTCTGTCCCCCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110544 AGAAAGTTGATAGCTCTGTTTTGGGCTCATTAAGCTCTGTCCCCCTGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGATTTTCTTTCTCCCCTGGAAACTCCAGTTTATTTGGCAAAGATACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110594 GGATTTTCTTTCTCCCCTGGAAACTCCAGTTTATTTGGCAAAGATACTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CCAGAGTAAACCAGTCTCTTCACCATTTCCCACTAAACCATTGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110644 CCAGAGTAAACCAGTCTCTTCACCATTTCCCACTAAACCATTGGAGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGCAGAAGGTGACAGTGGTGAATGCAAAG         GTGGAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110694 AAGCAGAAGGTGACAGTGGTGAATGCAAAGGTA...AAGGTGGAGATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GAAGAGAATGATGAGCCACCCAAAGTAGTAGTTACCGAAGTAAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113120 GAAGAGAATGATGAGCCACCCAAAGTAGTAGTTACCGAAGTAAAAGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGATGCTTTTTACTCCAAAAA         GTGTAAACTGTTTTACAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113170 AGATGCTTTTTACTCCAAAAAGTA...TAGGTGTAAACTGTTTTACAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AAGACAATGAGTTTAAAGAGAAAGGCATAGGTACTCTGCATTTAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115245 AAGACAATGAGTTTAAAGAGAAAGGCATAGGTACTCTGCATTTAAAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACAGCAAATCAGAAGACACAGCTTTTGGTGCGGGCAGACACCAATTTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115295 ACAGCAAATCAGAAGACACAGCTTTTGGTGCGGGCAGACACCAATTTAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1205         GCAACATATTGCTGAACGTTCTGATTCCACCCAATATGCCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115345 TG...CAGGCAACATATTGCTGAACGTTCTGATTCCACCCAATATGCCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTACGCGAACAGGGAAGAATAACGTTCTTATCGTCTGTGTTCCAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116318 GTACGCGAACAGGGAAGAATAACGTTCTTATCGTCTGTGTTCCAAATCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CCAATTGACGAGAAGAATGCCACCATGCCAGTCACCATGTTGATTCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116368 CCAATTGACGAGAAGAATGCCACCATGCCAGTCACCATGTTGATTCGGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AAAAACCAGCGAGGATGCAGACGAGTTGCACAAAATTTTACTGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116418 AAAAACCAGCGAGGATGCAGACGAGTTGCACAAAATTTTACTGGAGAAAA

   1450     .
   1397 AGGATGCC
        ||||||||
 116468 AGGATGCC