seq1 = pF1KB8450.tfa, 1914 bp
seq2 = pF1KB8450/gi568815576f_31125719.tfa (gi568815576f:31125719_31378438), 252720 bp

>pF1KB8450 1914
>gi568815576f:31125719_31378438 (Chr22)

1-16  (86691-86706)   100% ->
17-116  (100002-100101)   100% ->
117-252  (132573-132708)   100% ->
253-362  (133403-133512)   100% ->
363-551  (134171-134359)   100% ->
552-657  (136416-136521)   100% ->
658-854  (136877-137073)   100% ->
855-1041  (140228-140414)   100% ->
1042-1128  (141266-141352)   100% ->
1129-1260  (142058-142189)   99% ->
1261-1317  (142426-142482)   100% ->
1318-1383  (145418-145483)   100% ->
1384-1558  (146812-146986)   100% ->
1559-1614  (147734-147789)   100% ->
1615-1772  (149433-149590)   100% ->
1773-1914  (152579-152720)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGCGCTGGCGG         GTGAAGATGTCTGGAGGTGTCCAGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  86691 ATGTCCGCGCTGGCGGGTA...CAGGTGAAGATGTCTGGAGGTGTCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTGTGGGGACCACATTGCTCCAAGCCAGATATGGTACAGGACTGTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 CTGTGGGGACCACATTGCTCCAAGCCAGATATGGTACAGGACTGTCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAACCTGGCACGGCTCTTGCTTCCG         GTGTTCAGAATGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100077 AAACCTGGCACGGCTCTTGCTTCCGGTA...CAGGTGTTCAGAATGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GATTCCCTCACCAACTGGTACTATGAGAAGGATGGGAAGCTCTACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132589 GATTCCCTCACCAACTGGTACTATGAGAAGGATGGGAAGCTCTACTGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGGACTACTGGGGGAAGTTTGGGGAGTTCTGTCATGGGTGCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132639 CAAGGACTACTGGGGGAAGTTTGGGGAGTTCTGTCATGGGTGCTCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATGACAGGGCCTTTTATG         GTGGCTGGGGAGTTCAAGTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 132689 TGATGACAGGGCCTTTTATGGTG...CAGGTGGCTGGGGAGTTCAAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACCCAGAGTGCTTTGCCTGTATGAGCTGCAAGGTGATCATTGAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133424 CACCCAGAGTGCTTTGCCTGTATGAGCTGCAAGGTGATCATTGAGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATGCATATGCACTGGTGCAGCATGCCACCCTCTACTG         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133474 GGATGCATATGCACTGGTGCAGCATGCCACCCTCTACTGGTA...CAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGAAGTGCCACAATGAGGTGGTGCTGGCACCCATGTTTGAGAGACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134173 GGAAGTGCCACAATGAGGTGGTGCTGGCACCCATGTTTGAGAGACTCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACAGAGTCTGTTCAGGAGCAGCTGCCCTACTCTGTCACGCTCATCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134223 ACAGAGTCTGTTCAGGAGCAGCTGCCCTACTCTGTCACGCTCATCTCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCGGCCACCACTGAAGGCAGGCGGGGCTTCTCCGTGTCCGTGGAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134273 GCCGGCCACCACTGAAGGCAGGCGGGGCTTCTCCGTGTCCGTGGAGAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTGCTCCAACTACGCCACCACTGTGCAAGTGAAAGA         GGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 134323 CCTGCTCCAACTACGCCACCACTGTGCAAGTGAAAGAGTA...CAGGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACCGGATGCACATCAGTCCCAACAATCGAAACGCCATCCACCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136420 AACCGGATGCACATCAGTCCCAACAATCGAAACGCCATCCACCCTGGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCGCATCCTGGAGATCAATGGGACCCCCGTCCGCACACTTCGAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136470 CCGCATCCTGGAGATCAATGGGACCCCCGTCCGCACACTTCGAGTGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         GTGGAGGATGCAATTAGCCAGACGAGCCAGACACTTCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136520 AGGTA...CAGGTGGAGGATGCAATTAGCCAGACGAGCCAGACACTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGTTGATTGAACATGACCCCGTCTCCCAACGCCTGGACCAGCTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136916 CTGTTGATTGAACATGACCCCGTCTCCCAACGCCTGGACCAGCTGCGGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGCCCGGCTCGCTCCTCACATGCAGAATGCCGGACACCCCCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136966 GGAGGCCCGGCTCGCTCCTCACATGCAGAATGCCGGACACCCCCACGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAGCACCCTGGACACCAAGGAGAATCTGGAGGGGACACTGAGGAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137016 TCAGCACCCTGGACACCAAGGAGAATCTGGAGGGGACACTGAGGAGACGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCCTAAG         GCGCAGTAACAGTATCTCCAAGTCCCCTGGCCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137066 TCCCTAAGGTG...CAGGCGCAGTAACAGTATCTCCAAGTCCCCTGGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAGCTCCCCAAAGGAGCCCCTGCTGTTCAGCCGTGACATCAGCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140261 CAGCTCCCCAAAGGAGCCCCTGCTGTTCAGCCGTGACATCAGCCGCTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AATCCCTTCGTTGTTCCAGCAGCTATTCACAGCAGATCTTCCGGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140311 AATCCCTTCGTTGTTCCAGCAGCTATTCACAGCAGATCTTCCGGCCCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACCTAATCCATGGGGAGGTCCTGGGGAAGGGCTTCTTTGGGCAGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140361 GACCTAATCCATGGGGAGGTCCTGGGGAAGGGCTTCTTTGGGCAGGCTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAG         GTGACACACAAAGCCACGGGCAAAGTGATGGTCATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140411 CAAGGTG...TAGGTGACACACAAAGCCACGGGCAAAGTGATGGTCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGAGTTAATTCGATGTGATGAGGAGACCCAGAAAACTTTTCTGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141303 AAGAGTTAATTCGATGTGATGAGGAGACCCAGAAAACTTTTCTGACTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129          GTGAAAGTGATGCGCAGCCTGGACCACCCCAATGTGCTCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141353 GTA...CAGGTGAAAGTGATGCGCAGCCTGGACCACCCCAATGTGCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTTCATTGGTGTGCTGTACAAGGATAAGAAGCTGAACCTGCTGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 142099 GTTCATTGGTGTGCTGTACAAGGATAAGAAGCTGAACCTCCTGACAGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACATTGAGGGGGGCACACTGAAGGACTTTCTGCGCAGTATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 142149 ACATTGAGGGGGGCACACTGAAGGACTTTCTGCGCAGTATGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GATCCGTTCCCCTGGCAGCAGAAGGTCAGGTTTGCCAAAGGAATCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142426 GATCCGTTCCCCTGGCAGCAGAAGGTCAGGTTTGCCAAAGGAATCGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGGAATG         GCCTATTTGCACTCTATGTGCATCATCCACCGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142476 CGGAATGGTG...CAGGCCTATTTGCACTCTATGTGCATCATCCACCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATCTGAACTCGCACAACTGCCTCATCAAGTTG         GACAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 145452 ATCTGAACTCGCACAACTGCCTCATCAAGTTGGTA...CAGGACAAGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTGGTGGTGGCAGACTTTGGGCTGTCACGGCTCATAGTGGAAGAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146821 GTGGTGGTGGCAGACTTTGGGCTGTCACGGCTCATAGTGGAAGAGAGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AAGGGCCCCCATGGAGAAGGCCACCACCAAGAAACGCACCTTGCGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146871 AAGGGCCCCCATGGAGAAGGCCACCACCAAGAAACGCACCTTGCGCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACGACCGCAAGAAGCGCTACACGGTGGTGGGAAACCCCTACTGGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146921 ACGACCGCAAGAAGCGCTACACGGTGGTGGGAAACCCCTACTGGATGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTGAGATGCTGAACG         GAAAGAGCTATGATGAGACGGTGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 146971 CCTGAGATGCTGAACGGTG...AAGGAAAGAGCTATGATGAGACGGTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TATCTTCTCCTTTGGGATCGTTCTCTGTGAG         ATCATTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 147759 TATCTTCTCCTTTGGGATCGTTCTCTGTGAGGTG...CAGATCATTGGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 AGGTGTATGCAGATCCTGACTGCCTTCCCCGAACACTGGACTTTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149443 AGGTGTATGCAGATCCTGACTGCCTTCCCCGAACACTGGACTTTGGCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AACGTGAAGCTTTTCTGGGAGAAGTTTGTTCCCACAGATTGTCCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149493 AACGTGAAGCTTTTCTGGGAGAAGTTTGTTCCCACAGATTGTCCCCCGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CTTCTTCCCGCTGGCCGCCATCTGCTGCAGACTGGAGCCTGAGAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 149543 CTTCTTCCCGCTGGCCGCCATCTGCTGCAGACTGGAGCCTGAGAGCAGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1773        ACCAGCATTCTCGAAATTGGAGGACTCCTTTGAGGCCCTCTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149593 T...TAGACCAGCATTCTCGAAATTGGAGGACTCCTTTGAGGCCCTCTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CTGTACCTGGGGGAGCTGGGCATCCCGCTGCCTGCAGAGCTGGAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152622 CTGTACCTGGGGGAGCTGGGCATCCCGCTGCCTGCAGAGCTGGAGGAGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1866 GGACCACACTGTGAGCATGCAGTACGGCCTGACCCGGGACTCACCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152672 GGACCACACTGTGAGCATGCAGTACGGCCTGACCCGGGACTCACCTCCC