seq1 = pF1KB8447.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KB8447/gi568815576f_43863285.tfa (gi568815576f:43863285_44096380), 233096 bp

>pF1KB8447 1407
>gi568815576f:43863285_44096380 (Chr22)

1-21  (92294-92314)   100% ->
22-132  (100002-100112)   100% ->
133-234  (101168-101269)   100% ->
235-322  (105447-105534)   100% ->
323-429  (108952-109058)   100% ->
430-560  (109587-109717)   100% ->
561-648  (109952-110039)   100% ->
649-777  (112771-112899)   100% ->
778-849  (113466-113537)   100% ->
850-936  (114588-114674)   100% ->
937-1007  (118107-118177)   100% ->
1008-1075  (120649-120716)   100% ->
1076-1222  (125827-125973)   100% ->
1223-1364  (126981-127122)   100% ->
1365-1407  (133054-133096)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACTGTGCACGCCCGG         AGTTTGGAGCCTCTTCCATC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  92294 ATGGGGACTGTGCACGCCCGGGTA...CAGAGTTTGGAGCCTCTTCCATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAGTGGACCTGATTTTGGAGGATTAGGAGAAGAAGCTGAATTTGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AAGTGGACCTGATTTTGGAGGATTAGGAGAAGAAGCTGAATTTGTTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGAGCCTGAAGCTAAACAGGAAATTCTTGAAAACAAAGAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100072 TTGAGCCTGAAGCTAAACAGGAAATTCTTGAAAACAAAGATGTG...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGGTTGTTCAACATGTTCATTTTGATGGACTTGGAAGGACTAAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101168 GTGGTTGTTCAACATGTTCATTTTGATGGACTTGGAAGGACTAAAGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TATCATCATTTGTGAAATTGGAGATGTTTTCAAGGCCAAAAACCTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101218 TATCATCATTTGTGAAATTGGAGATGTTTTCAAGGCCAAAAACCTAATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         GTAATGCGGAAATCTCATGAAGCCCGTGAAAAATTGCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 AGGTA...TAGGTAATGCGGAAATCTCATGAAGCCCGTGAAAAATTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGTCTTGGAATTTTTAGACAAGTGGATGTTTTGATTGACACATGTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105486 CGTCTTGGAATTTTTAGACAAGTGGATGTTTTGATTGACACATGTCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323         GTGATGACGCACTTCCAAATGGGTTAGACGTTACCTTTGAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105536 TA...TAGGTGATGACGCACTTCCAAATGGGTTAGACGTTACCTTTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TAACTGAATTGAGGAGATTAACGGGCAGTTATAACACCATGGTTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108994 TAACTGAATTGAGGAGATTAACGGGCAGTTATAACACCATGGTTGGAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGAAGGCAGTATG         GTACTTGGCCTCAAGCTTCCTAATCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109044 AATGAAGGCAGTATGGTA...TAGGTACTTGGCCTCAAGCTTCCTAATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCTTGGTCGTGCAGAAAAGGTGACCTTTCAGTTTTCCTATGGAACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109613 TCTTGGTCGTGCAGAAAAGGTGACCTTTCAGTTTTCCTATGGAACAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAACTTCGTATGGCCTGTCCTTCTTCAAACCACGGCCCGGAAACTTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109663 AAACTTCGTATGGCCTGTCCTTCTTCAAACCACGGCCCGGAAACTTCGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAAA         TTTCTCTGTAAACTTATATAAAGTTACTGGACAGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109713 AGAAAGTA...TAGTTTCTCTGTAAACTTATATAAAGTTACTGGACAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCCTTGGAGCTCACTGCGGGAGACGGACAGAGGAATGTCAGCTGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109988 CCCTTGGAGCTCACTGCGGGAGACGGACAGAGGAATGTCAGCTGAGTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GT         TTTCCCATATGGAAGACCAGCCACACTGTCAAGTGGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110038 GTGTG...CAGTTTCCCATATGGAAGACCAGCCACACTGTCAAGTGGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGCGTATGGCGAGAACTGGGCTGCCTCTCAAGGACGGCGTCATTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112810 GGCGTATGGCGAGAACTGGGCTGCCTCTCAAGGACGGCGTCATTTGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCGAAAAGAAAGCGGACATTCACTGAAATCATCTCTTTCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112860 TCGAAAAGAAAGCGGACATTCACTGAAATCATCTCTTTCGGTA...CAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACGCCATGGTCATCGATTCTCGGAATTCTTCCATCTTACCAAGGAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113467 ACGCCATGGTCATCGATTCTCGGAATTCTTCCATCTTACCAAGGAGAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTTTGCTGAAAGTTAACCAG         GAACTGGCAGGCTACACTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113517 GCTTTGCTGAAAGTTAACCAGGTA...CAGGAACTGGCAGGCTACACTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGGGGATGTGAGCTTCATCAAAGAAGATTTTGAACTTCAGTTGAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114608 CGGGGATGTGAGCTTCATCAAAGAAGATTTTGAACTTCAGTTGAACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACTCATATTTGATTCA         GTTTTTTCAGCGTCTTTCTGGGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114658 AACTCATATTTGATTCAGTG...CAGGTTTTTTCAGCGTCTTTCTGGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GGAATGTTGGTACCCATTGGTGATAAGCCGTCAAGCATTGCTGATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118131 GGAATGTTGGTACCCATTGGTGATAAGCCGTCAAGCATTGCTGATAGGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1008       GTTTTACCTTGGGGGACCCACAAGCATCCGCGGATTCAGCATGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118181 ...TAGGTTTTACCTTGGGGGACCCACAAGCATCCGCGGATTCAGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 ACAGCATCGGGCCACAGAGCGAAG         GAGACTACCTAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120693 ACAGCATCGGGCCACAGAGCGAAGGTC...TAGGAGACTACCTAGGTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAAGCGTACTGGGCCGGCGGCCTGCACCTCTACACCCCATTACCTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125844 GAAGCGTACTGGGCCGGCGGCCTGCACCTCTACACCCCATTACCTTTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GCCAGGCCAGGGTGGCTTTGGAGAACTTTTCCGAACACACTTCTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125894 GCCAGGCCAGGGTGGCTTTGGAGAACTTTTCCGAACACACTTCTTTCTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACGCAGGAAACCTCTGCAACCTCAACTATG         GGGAGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125944 ACGCAGGAAACCTCTGCAACCTCAACTATGGTA...CAGGGGAGGGCCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AAAGCTCATATTCGTAAGCTGGCTGAGTGCATCCGCTGGTCGTACGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126992 AAAGCTCATATTCGTAAGCTGGCTGAGTGCATCCGCTGGTCGTACGGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CGGGATTGTCCTCAGGCTTGGCAACATCGCTCGGTTGGAACTTAATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127042 CGGGATTGTCCTCAGGCTTGGCAACATCGCTCGGTTGGAACTTAATTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GCGTCCCCATGGGAGTACAGACAGGCGACAG         GATATGTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127092 GCGTCCCCATGGGAGTACAGACAGGCGACAGGTA...TAGGATATGTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :
   1375 GGCGTCCAGTTTGGAGCTGGGATAAGGTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 133064 GGCGTCCAGTTTGGAGCTGGGATAAGGTTCCTG