seq1 = pF1KB8446.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KB8446/gi568815576f_45317610.tfa (gi568815576f:45317610_45532359), 214750 bp

>pF1KB8446 927
>gi568815576f:45317610_45532359 (Chr22)

1-337  (100001-100337)   100% ->
338-456  (104681-104799)   100% ->
457-684  (108339-108566)   99% ->
685-851  (113291-113457)   99% ->
852-927  (114675-114750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCAAAATGACAAAATCATGTGCATATTGGAAAACCGGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCAAAATGACAAAATCATGTGCATATTGGAAAACCGGAAAAAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATAGGAAAAATCTCTGTAGGGCTATCAATGACTTCCAACAGAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATAGGAAAAATCTCTGTAGGGCTATCAATGACTTCCAACAGAGCTTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGCCAGAAACTCGCCGTGAATTTGATCTGTCCGACCCCCTAGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGCCAGAAACTCGCCGTGAATTTGATCTGTCCGACCCCCTAGCCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGAAAGATCTTCCAGCCCGGCAGTCAGATAATGATGTTCGGAATACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGAAAGATCTTCCAGCCCGGCAGTCAGATAATGATGTTCGGAATACGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCAGGAATGCAGAAATTCATGGGAGAGGATTTAAACTTCCATGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCAGGAATGCAGAAATTCATGGGAGAGGATTTAAACTTCCATGAGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAATTCCAAGAGGAACAAAACAGAGAATGGTCTTTGCAGCAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAATTCCAAGAGGAACAAAACAGAGAATGGTCTTTGCAGCAGCAAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAATGGAAGAACGCCCGTGCTGAACAAAAATGCGCAG         AGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100301 GAATGGAAGAACGCCCGTGCTGAACAAAAATGCGCAGGTA...CAGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCTACACAGAGACAAGGCTGCAGTTTGACGAGACAGCCAAGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104685 CCTCTACACAGAGACAAGGCTGCAGTTTGACGAGACAGCCAAGCACCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAGCTGGAAAGCACCACCAGAAAGGCAGTTTGTGCATCTGTGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104735 AGAAGCTGGAAAGCACCACCAGAAAGGCAGTTTGTGCATCTGTGAAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCAACAAGAGCCAG         GCCATCGAGTCAGTGGAAAGGAAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104785 TTCAACAAGAGCCAGGTA...TAGGCCATCGAGTCAGTGGAAAGGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAAGAGAAAAAGCAAGAACAAGAGGACAACTTAGCCGAGATCACCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 108365 GCAAGAGAAAAAGCAAGAACAAGAGGACAACTTGGCCGAGATCACCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGCGTGGGGACCTGCTCTCCGAGAACCCGCAGCAGGCAGCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108415 TCCTGCGTGGGGACCTGCTCTCCGAGAACCCGCAGCAGGCAGCCAGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTGGGGCCCCACCGCGTGGTCCCTGACCGCTGGAAGGGCATGACCCAGGA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 TTCGGGCCCCACCGCGTGGTCCCTGACCGCTGGAAGGGCATGACCCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCAGCTGGAGCAGATCCGCCTAGTCCAGAAGCAGCAAATCCAGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108515 GCAGCTGGAGCAGATCCGCCTAGTCCAGAAGCAGCAAATCCAGGAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TG         AGGCTCCAGGAAGAAAAGCGCCAGCGAGACCTGGACTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108565 TGGTG...CAGAGGCTCCAGGAAGAAAAGCGCCAGCGAGACCTGGACTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACCGGCGGAGGATTCAGGGGGCTCGCGCCACCCTGCTGTTTGAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113330 GACCGGCGGAGGATTCAGGGGGCTCGCGCCACCCTGCTGTTTGAGCGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCAGTGGCGGCAGCAGCGCGACCTGCGCAGAGCTCTGGACAGCAGCAACC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113380 GCAGTGGCGGCGGCAGCGCGACCTGCGCAGAGCTCTGGACAGCAGCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCAGCCTGGCCAAGGAGCAGCATTTGCA         GAAAAAATATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113430 TCAGCCTGGCCAAGGAGCAGCATTTGCAGTG...CAGGAAAAAATATATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATGAAGTCTATACAAATCAACCCACGGGAGACTATTTCACACAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114688 AATGAAGTCTATACAAATCAACCCACGGGAGACTATTTCACACAATTTAA

    950     .    :
    915 TACAGGAAGTCGA
        |||||||||||||
 114738 TACAGGAAGTCGA