seq1 = pF1KB8437.tfa, 1578 bp
seq2 = pF1KB8437/gi568815595r_56629273.tfa (gi568815595r:56629273_56901798), 272526 bp

>pF1KB8437 1578
>gi568815595r:56629273_56901798 (Chr3)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-204  (127983-128090)   100% ->
205-375  (146648-146818)   100% ->
376-438  (148233-148295)   100% ->
439-535  (150403-150499)   100% ->
536-612  (150667-150743)   100% ->
613-870  (156337-156594)   100% ->
871-1041  (164444-164614)   100% ->
1042-1228  (169375-169561)   100% ->
1229-1578  (172177-172526)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCCAAGGATTACCCCTTCTACCTCACGGTCAAGAGAGCGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCCAAGGATTACCCCTTCTACCTCACGGTCAAGAGAGCGAACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCTGGAGCTACCCCCGGCCAGCGGTCCGGCCAAGGACGCTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CAGCCTGGAGCTACCCCCGGCCAGCGGTCCGGCCAAGGACGCTGAGGTA.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GAGCCTAGTAATAAACGGGTCAAACCCCTTTCCCGAGTCACGTCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..TAGGAGCCTAGTAATAAACGGGTCAAACCCCTTTCCCGAGTCACGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAGCAAACCTCATCCCGCCCGTGAAGGCCACGCCATTAAAGCGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128028 CTAGCAAACCTCATCCCGCCCGTGAAGGCCACGCCATTAAAGCGCTTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAAACCCTGCAG         CGCTCCATTAGCTTCCGCAGTGAGAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128078 TCAAACCCTGCAGGTA...TAGCGCTCCATTAGCTTCCGCAGTGAGAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCCTGACATCCTCGCCCCCCGACCCTGGTCCAGAAATGCCGCCCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146676 GCCCTGACATCCTCGCCCCCCGACCCTGGTCCAGAAATGCCGCCCCCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCACGAAACGGAGAGATAGCAAGCTGTGGAGTGAGACCTTCGATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146726 AGCACGAAACGGAGAGATAGCAAGCTGTGGAGTGAGACCTTCGATGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTCAATCAGATGCTTACATCCAAGGAAATCAAACGTCAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146776 CGTCAATCAGATGCTTACATCCAAGGAAATCAAACGTCAGGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   GCGATCTTTGAGCTTTCCCAAGGAGAAGAAGACTTGATAGAAGACTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148231 AGGCGATCTTTGAGCTTTCCCAAGGAGAAGAAGACTTGATAGAAGACTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAATTAGCAAAAAAG         GCCTATCATGACCCCATGCTGAAACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 148281 AAATTAGCAAAAAAGGTA...CAGGCCTATCATGACCCCATGCTGAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCATAATGACAGAACAAGAGTTGAATCAAATTTTTGGAACACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150429 CTCCATAATGACAGAACAAGAGTTGAATCAAATTTTTGGAACACTGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTAATTCCTCTACATGAAG         AGCTCCTTAGTCAGCTTCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 150479 CTCTAATTCCTCTACATGAAGGTA...CAGAGCTCCTTAGTCAGCTTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGTTAGGAAGCCTGATGGCTCGACTGAACATGTTGGTCCCATCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150687 GATGTTAGGAAGCCTGATGGCTCGACTGAACATGTTGGTCCCATCCTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCTGG         CTCCCTTGCCTCAGCTCCTATGATAGCTACTGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150737 GGGCTGGGTA...TAGCTCCCTTGCCTCAGCTCCTATGATAGCTACTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCAATCAAGTAGCCGCCAAAGCTCTGCTGGACCACAAAAAGCAAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156371 GCAATCAAGTAGCCGCCAAAGCTCTGCTGGACCACAAAAAGCAAGATCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGAGTCCAGGATTTCCTACAGCGATGTTTAGAATCCCCCTTTAGCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156421 CGAGTCCAGGATTTCCTACAGCGATGTTTAGAATCCCCCTTTAGCCGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTAGATCTCTGGAATTTCCTCGATATTCCAAGAAGCCGCCTGGTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156471 ACTAGATCTCTGGAATTTCCTCGATATTCCAAGAAGCCGCCTGGTAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCTCTGCTTCTCCGAGAAATCTTGAGGCACACACCAAATGATAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156521 ACCCTCTGCTTCTCCGAGAAATCTTGAGGCACACACCAAATGATAATCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATCAGCAGCACTTGGAAGAAGCT         ATAAATATCATTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 156571 GATCAGCAGCACTTGGAAGAAGCTGTA...TAGATAAATATCATTCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATTGTGGCAGAAATCAACACCAAGACTGGTGAATCTGAATGCCGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164461 AATTGTGGCAGAAATCAACACCAAGACTGGTGAATCTGAATGCCGCTATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATAAAGAGCGGCTTCTTTACTTGGAAGAAGGCCAGAAAGACTCCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164511 ATAAAGAGCGGCTTCTTTACTTGGAAGAAGGCCAGAAAGACTCCCTGATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACAGCTCTCGAGTCTTGTGTTGTCATGGTGAACTGAAGAACAATCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164561 GACAGCTCTCGAGTCTTGTGTTGTCATGGTGAACTGAAGAACAATCGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CGTG         AAACTGCATGTTTTCCTGTTCCAAGAAGTGCTTGTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164611 CGTGGTA...TAGAAACTGCATGTTTTCCTGTTCCAAGAAGTGCTTGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCACTCGAGCCGTCACCCACAATGAGCAGCTTTGCTACCAGCTGTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169412 TCACTCGAGCCGTCACCCACAATGAGCAGCTTTGCTACCAGCTGTACCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCCAATCCCCGTGAAAGACCTCCTGCTGGAAGACCTCCAGGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169462 CAGCCAATCCCCGTGAAAGACCTCCTGCTGGAAGACCTCCAGGATGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTGAGGCTGGGTGGCTCCCTGCGAGGGGCATTCAGCAACAATGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169512 AGTGAGGCTGGGTGGCTCCCTGCGAGGGGCATTCAGCAACAATGAGAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229          TTAAAAACTTCTTCAGAGTCAGTTTCAAAAATGGATCCCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169562 GTA...TAGTTAAAAACTTCTTCAGAGTCAGTTTCAAAAATGGATCCCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGTCAGACCCACTCGCTACAAGCCAATGACACTTTCAACAAACAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172218 AGTCAGACCCACTCGCTACAAGCCAATGACACTTTCAACAAACAGCAGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTTAACTGTATTCGTCAAGCCAAAGAAACAGTTTTGTGTGCTGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172268 GCTTAACTGTATTCGTCAAGCCAAAGAAACAGTTTTGTGTGCTGCCGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGCTGGGGTGCTTGACTCCGAGGGATCGTTCCTAAATCCCACCACCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172318 AAGCTGGGGTGCTTGACTCCGAGGGATCGTTCCTAAATCCCACCACCGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGCAGAGAGCTACAGGGAGAAACAAAACTTGAGCAGATGGACCAATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172368 AGCAGAGAGCTACAGGGAGAAACAAAACTTGAGCAGATGGACCAATCGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAGTGAGTCAGACTGTAGTATGGACACGAGTGAGGTCAGCCTCGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172418 CAGTGAGTCAGACTGTAGTATGGACACGAGTGAGGTCAGCCTCGACTGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGCGCATGGAACAGACAGACTCTTCCTGTGGAAACAGCAGGCACGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172468 AGCGCATGGAACAGACAGACTCTTCCTGTGGAAACAGCAGGCACGGTGAA

   1650     .
   1570 AGTAACGTC
        |||||||||
 172518 AGTAACGTC