seq1 = pF1KB8432.tfa, 2799 bp
seq2 = pF1KB8432/gi568815581f_4707773.tfa (gi568815581f:4707773_4922861), 215089 bp

>pF1KB8432 2799
>gi568815581f:4707773_4922861 (Chr17)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-240  (100212-100342)   100% ->
241-383  (100502-100644)   100% ->
384-489  (101328-101433)   100% ->
490-555  (101526-101591)   98% ->
556-614  (101721-101779)   100% ->
615-707  (101919-102011)   100% ->
708-860  (102105-102257)   100% ->
861-1010  (103030-103179)   100% ->
1011-1094  (106646-106729)   100% ->
1095-1173  (106861-106939)   100% ->
1174-1284  (107704-107814)   99% ->
1285-1455  (107992-108162)   100% ->
1456-1582  (108848-108974)   100% ->
1583-1701  (109165-109283)   100% ->
1702-1815  (109374-109487)   99% ->
1816-1920  (110230-110334)   100% ->
1921-2009  (110525-110613)   100% ->
2010-2123  (110722-110835)   100% ->
2124-2173  (111002-111051)   100% ->
2174-2308  (111312-111446)   100% ->
2309-2462  (111657-111810)   100% ->
2463-2577  (114021-114135)   100% ->
2578-2799  (114868-115089)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGGCGACCCCTGAGAGCCTCTTCCCCACTGGGGACGAACTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGGCGACCCCTGAGAGCCTCTTCCCCACTGGGGACGAACTGGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCAGCTCCAGATGGAGTCCGATGAGGTGGACACCCTGAAGGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCAGCTCCAGATGGAGTCCGATGAGGTGGACACCCTGAAGGAGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACCCAG         CCGACCGGATGCACCCGTTTCTGGCCATCTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGACCCAGGTA...CAGCCGACCGGATGCACCCGTTTCTGGCCATCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTTCAGTCTCTGAAAGTGCACCCCTTGGTGTTCGCACCTGGGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100244 GAGCTTCAGTCTCTGAAAGTGCACCCCTTGGTGTTCGCACCTGGGGTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCACAGCCCAGGTGGTGGGCACCGAAAGATATACCAGCGGATCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100294 TGTCACAGCCCAGGTGGTGGGCACCGAAAGATATACCAGCGGATCCAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GTGGGAACCTGCACTCTGTATTCTGTCCGCTTGACTCACGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100344 TG...TAGGTGGGAACCTGCACTCTGTATTCTGTCCGCTTGACTCACGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACTTTTCCTGGACAACCAAGAAGAAATACCGTCATTTTCAGGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100544 GACTTTTCCTGGACAACCAAGAAGAAATACCGTCATTTTCAGGAGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGGGACCTCCTGAGACACAAAGTCTTGATGAGTCTGCTCCCTCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100594 TCGGGACCTCCTGAGACACAAAGTCTTGATGAGTCTGCTCCCTCTGGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 G         ATTTGCCGTTGCCTATTCTCCAGCCCGAGATGCAGGCAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100644 GGTG...CAGATTTGCCGTTGCCTATTCTCCAGCCCGAGATGCAGGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAGAGATGCCCTCTCTACCCCGGGCAGGTCCTGAGGGCTCCACCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101368 AGAGAGATGCCCTCTCTACCCCGGGCAGGTCCTGAGGGCTCCACCAGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCAGCCAGCAAACAG         AAATACCTGGAGAATTACCTCAACT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| 
 101418 TGCAGCCAGCAAACAGGTG...CAGAAATACCTGGAGAATTACCTCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCTCTTGACCATGTCTTTCTATCGCAACTACCATGCCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101551 GTCTCTTGACCATGTCTTTCTATCGCAACTACCATGCCATGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGAGTTCCTGGAAGTCAGTCAGCTGTCCTTTATCCCGGACTTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 ACAGAGTTCCTGGAAGTCAGTCAGCTGTCCTTTATCCCGGACTTGGGCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAAGGACT         GGAGGGGATGATCCGGAAGCGCTCAGGTGGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 CAAAGGACTGTG...CAGGGAGGGGATGATCCGGAAGCGCTCAGGTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCGTGTTCCTGGCCTCACCTGCTGTGGCCGAGACCAAGTTTGTTATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 ACCGTGTTCCTGGCCTCACCTGCTGTGGCCGAGACCAAGTTTGTTATCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGTCCAAGAG         GTGGCTGGTGGTGAAGGACTCCTTCCTGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 TGGTCCAAGAGGTA...TAGGTGGCTGGTGGTGAAGGACTCCTTCCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTACATGTGCCTCGAGACAGGTGCCATCTCATTTGTTCAGCTCTTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102135 GTACATGTGCCTCGAGACAGGTGCCATCTCATTTGTTCAGCTCTTTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGGCTTTGAGGTGCAAGTGGGGAAAAGGAGCACGGAGGCACGGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102185 CTGGCTTTGAGGTGCAAGTGGGGAAAAGGAGCACGGAGGCACGGCACGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGCGGATCGATACCTCCCACAG         GTCCTTGATTCTCAAGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102235 GTGCGGATCGATACCTCCCACAGGTG...CAGGTCCTTGATTCTCAAGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGCAGCTACCGGCAGGCACGGTGGTGGGCCCAAGAGATCACTGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103048 CAGCAGCTACCGGCAGGCACGGTGGTGGGCCCAAGAGATCACTGAGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CACAGGGCCCAGGCAGAGACTTCCTACAGCTGCACCGGCATGACAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103098 CACAGGGCCCAGGCAGAGACTTCCTACAGCTGCACCGGCATGACAGCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCCCACCCCGGCCTGGGACCTTGGCCCGGTG         GTTTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103148 GCCCCACCCCGGCCTGGGACCTTGGCCCGGTGGTG...CAGGTTTGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGGGCAGGTTACTTTGCTGCTGTGGCAGATGCCATCCTTCGAGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 TGGGGCAGGTTACTTTGCTGCTGTGGCAGATGCCATCCTTCGAGCTCAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGAGATTTTCATCACAGACTGGTG         GTTGAGTCCTGAGGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106705 AGGAGATTTTCATCACAGACTGGTGGTG...CAGGTTGAGTCCTGAGGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACCTGAAGCGTCCGGCCCATTCAGATGACTGGAGACTGGACATTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106877 TACCTGAAGCGTCCGGCCCATTCAGATGACTGGAGACTGGACATTATGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAAGAGGAAGGCG         GAGGAAGGTGTCCGTGTGTCTATTCTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||||
 106927 CAAGAGGAAGGCGGTG...CAGGAGGAGGGTGTCCGTGTGTCTATTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGTTTAAAGAAGTGGAATTGGCCTTGGGCATCAACAGTGGCTATAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107732 TGTTTAAAGAAGTGGAATTGGCCTTGGGCATCAACAGTGGCTATAGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGGGCGCTGATGCTGCTGCACCCCAACATAAAG         GTGATGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107782 AGGGCGCTGATGCTGCTGCACCCCAACATAAAGGTG...CAGGTGATGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCACCCAGACCAAGTGACGTTGTGGGCCCATCATGAGAAGCTCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108000 TCACCCAGACCAAGTGACGTTGTGGGCCCATCATGAGAAGCTCCTGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGACCAAGTGGTAGCATTCCTGGGGGGACTGGACCTTGCCTATGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108050 TGGACCAAGTGGTAGCATTCCTGGGGGGACTGGACCTTGCCTATGGCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGGGATGACCTGCACTACCGACTGACTGACCTTGGAGACTCCTCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108100 TGGGATGACCTGCACTACCGACTGACTGACCTTGGAGACTCCTCTGAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGCTGCCTCCCAG         CCTCCCACCCCGCGCCCAGACTCACCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108150 AGCTGCCTCCCAGGTA...CAGCCTCCCACCCCGCGCCCAGACTCACCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCACCCCAGACCTCTCTCACAACCAATTCTTCTGGCTGGGCAAGGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108876 CCACCCCAGACCTCTCTCACAACCAATTCTTCTGGCTGGGCAAGGACTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AGCAATCTTATCACCAAGGACTGGGTGCAGCTGGACCGGCCTTTCGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108926 AGCAATCTTATCACCAAGGACTGGGTGCAGCTGGACCGGCCTTTCGAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583         ATTTCATTGACAGGGAGACGACCCCTCGGATGCCATGGCGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108976 TG...CAGATTTCATTGACAGGGAGACGACCCCTCGGATGCCATGGCGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 ACGTTGGGGTGGTCGTCCATGGCCTACCGGCCCGGGACCTTGCCCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109207 ACGTTGGGGTGGTCGTCCATGGCCTACCGGCCCGGGACCTTGCCCGGCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TTCATCCAGCGCTGGAACTTCACCAAG         ACCACCAAGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109257 TTCATCCAGCGCTGGAACTTCACCAAGGTG...CAGACCACCAAGGCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GTACAAGACTCCCATATACCCCTACCTGCTTCCCAAGTCTACCAGCACGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109388 GTACAAGACTCCCACATACCCCTACCTGCTTCCCAAGTCTACCAGCACGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCAATCAGCTCCCCTTCACACTTCCAGGAGGGCAGTGCACCACCGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 CCAATCAGCTCCCCTTCACACTTCCAGGAGGGCAGTGCACCACCGTACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816          GTCTTGCGATCAGTGGACCGCTGGTCAGCAGGGACTCTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109488 GTG...TAGGTCTTGCGATCAGTGGACCGCTGGTCAGCAGGGACTCTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GAACTCCATCCTCAATGCCTACCTGCACACCATCAGGGAGAGCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110271 GAACTCCATCCTCAATGCCTACCTGCACACCATCAGGGAGAGCCAGCACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TCCTCTACATTGAG         AATCAGTTCTTCATTAGCTGCTCAGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110321 TCCTCTACATTGAGGTC...CAGAATCAGTTCTTCATTAGCTGCTCAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GGGCGGACGGTTCTGAACAAGGTGGGCGATGAGATTGTGGACAGAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110552 GGGCGGACGGTTCTGAACAAGGTGGGCGATGAGATTGTGGACAGAATCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GAAGGCCCACAA         ACAGGGGTGGTGTTACCGAGTCTACGTGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110602 GAAGGCCCACAAGTA...CAGACAGGGGTGGTGTTACCGAGTCTACGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TTTTGCCCTTACTCCCTGGCTTCGAGGGTGACATCTCCACGGGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110751 TTTTGCCCTTACTCCCTGGCTTCGAGGGTGACATCTCCACGGGCGGTGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AACTCCATCCAGGCCATTCTGCACTTTACTTACAG         GACCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110801 AACTCCATCCAGGCCATTCTGCACTTTACTTACAGGTG...CAGGACCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 GTGTCGTGGGGAGTATTCAATCCTGCATCGCCTTAAAGCAGCCA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111008 GTGTCGTGGGGAGTATTCAATCCTGCATCGCCTTAAAGCAGCCAGTG...

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174    TGGGGACAGCATGGCGGGACTATATTTCCATCTGCGGGCTTCGTACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111309 CAGTGGGGACAGCATGGCGGGACTATATTTCCATCTGCGGGCTTCGTACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CACGGAGAGCTGGGCGGGCACCCCGTCTCGGAGCTCATCTACATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111359 CACGGAGAGCTGGGCGGGCACCCCGTCTCGGAGCTCATCTACATCCACAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CAAGGTGCTCATCGCAGATGACCGGACAGTCATCATTG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111409 CAAGGTGCTCATCGCAGATGACCGGACAGTCATCATTGGTC...CAGGTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 CTGCAAACATCAATGACCGGAGCTTGCTGGGGAAGCGGGACAGTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111660 CTGCAAACATCAATGACCGGAGCTTGCTGGGGAAGCGGGACAGTGAGCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GCCGTGCTGATCGAGGACACAGAGACGGAACCATCCCTCATGAATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111710 GCCGTGCTGATCGAGGACACAGAGACGGAACCATCCCTCATGAATGGGGC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 AGAGTATCAGGCGGGCAGGTTTGCCTTGAGTCTGCGGAAGCACTGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111760 AGAGTATCAGGCGGGCAGGTTTGCCTTGAGTCTGCGGAAGCACTGCTTCG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 G         TGTGATTCTTGGAGCAAATACCCGGCCAGACTTGGATCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111810 GGTA...TAGTGTGATTCTTGGAGCAAATACCCGGCCAGACTTGGATCTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 CGAGACCCCATCTGTGATGACTTCTTCCAGTTGTGGCAAGACATGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114061 CGAGACCCCATCTGTGATGACTTCTTCCAGTTGTGGCAAGACATGGCTGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2553 GAGCAACGCCAATATCTATGAGCAG         ATCTTCCGCTGCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114111 GAGCAACGCCAATATCTATGAGCAGGTG...CAGATCTTCCGCTGCCTGC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 CATCCAATGCCACGCGTTCCCTGCGGACTCTCCGGGAGTACGTGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114884 CATCCAATGCCACGCGTTCCCTGCGGACTCTCCGGGAGTACGTGGCCGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2644 GAGCCCTTGGCCACGGTCAGTCCCCCCTTGGCTCGGTCTGAGCTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114934 GAGCCCTTGGCCACGGTCAGTCCCCCCTTGGCTCGGTCTGAGCTCACCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2694 GGTCCAGGGCCACCTGGTCCACTTCCCCCTCAAGTTCCTAGAGGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114984 GGTCCAGGGCCACCTGGTCCACTTCCCCCTCAAGTTCCTAGAGGATGAGT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 CTTTGCTGCCCCCGCTGGGTAGCAAGGAGGGCATGATCCCCCTAGAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115034 CTTTGCTGCCCCCGCTGGGTAGCAAGGAGGGCATGATCCCCCTAGAAGTG

   3000     .
   2794 TGGACA
        ||||||
 115084 TGGACA