seq1 = pF1KB8427.tfa, 2715 bp
seq2 = pF1KB8427/gi568815595r_108451152.tfa (gi568815595r:108451152_108689375), 238224 bp

>pF1KB8427 2715
>gi568815595r:108451152_108689375 (Chr3)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-250  (104164-104311)   100% ->
251-357  (106293-106399)   100% ->
358-452  (107174-107268)   100% ->
453-549  (107865-107961)   100% ->
550-672  (109688-109810)   100% ->
673-818  (109950-110095)   100% ->
819-894  (113030-113105)   100% ->
895-1113  (119769-119987)   100% ->
1114-1268  (121062-121216)   100% ->
1269-1415  (122733-122879)   98% ->
1416-1515  (123922-124021)   100% ->
1516-1634  (126132-126250)   100% ->
1635-1827  (128535-128727)   100% ->
1828-1902  (129348-129422)   100% ->
1903-2013  (129509-129619)   100% ->
2014-2210  (131962-132158)   100% ->
2211-2324  (134887-135000)   100% ->
2325-2407  (135646-135728)   100% ->
2408-2547  (137003-137142)   99% ->
2548-2715  (138057-138224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCCACTGCCTGCTTGAAGTCCTTGCTCCTGACTGTCAGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCCACTGCCTGCTTGAAGTCCTTGCTCCTGACTGTCAGTCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGCCGTGAAGTCAGAGGCGAACGCCACTCAGCTTTTGCGGCACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGCCGTGAAGTCAGAGGCGAACGCCACTCAGCTTTTGCGGCACTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GTAATTTCTGGACAGAAACTCACACGACTATTTACATCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTG...TAGGTAATTTCTGGACAGAAACTCACACGACTATTTACATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCAGATATTAACAAGTGAATGCTTGAGTTGCCTTGTAGAGCTACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104203 AATCAGATATTAACAAGTGAATGCTTGAGTTGCCTTGTAGAGCTACTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACCCCAACATAAGTGCTTCACTGATCTTAAGTATTATCGGTTTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104253 AGACCCCAACATAAGTGCTTCACTGATCTTAAGTATTATCGGTTTGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCAACTAG         CAGTAGACATTGAAACCAGAGATTGTCTTCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104303 CTCAACTAGGTA...TAGCAGTAGACATTGAAACCAGAGATTGTCTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATACATATAATCTGAATAGTGTGCTGGCGGGAGTGGTTTGTCGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106325 AATACATATAATCTGAATAGTGTGCTGGCGGGAGTGGTTTGTCGGAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCACACTGATTCGGTGTTTTTGCAG         TGCATTCAACTTCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106375 CCACACTGATTCGGTGTTTTTGCAGGTA...CAGTGCATTCAACTTCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAGTTAACATATAATGTCAAAATTTTCTATTCTGGTGCCAATATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107190 AGAAGTTAACATATAATGTCAAAATTTTCTATTCTGGTGCCAATATAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAATTAATTACGTTCCTGATAGATCACAT         TCAATCTTCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107240 GAATTAATTACGTTCCTGATAGATCACATGTG...CAGTCAATCTTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATGAGTTAAAAATGCCTTGTCTAGGATTATTGGCAAATCTTTGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107877 AGATGAGTTAAAAATGCCTTGTCTAGGATTATTGGCAAATCTTTGTCGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAATCTTTCTGTTCAAACGCACATAAAGACATTG         AGTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107927 ACAATCTTTCTGTTCAAACGCACATAAAGACATTGGTA...CAGAGTAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGAAATCTTTTTATCGAACTCTTATCACCTTGTTGGCCCATAGTAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109694 GTGAAATCTTTTTATCGAACTCTTATCACCTTGTTGGCCCATAGTAGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACTGTGGTTGTGTTTGCACTTTCAATATTATCCAGTTTGACATTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109744 AACTGTGGTTGTGTTTGCACTTTCAATATTATCCAGTTTGACATTAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGAGGTGGGGGAAAAG         CTATTCCATGCTCGAAACATTCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109794 AAGAGGTGGGGGAAAAGGTA...AAGCTATTCCATGCTCGAAACATTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGACTTTTCAACTAATATTTAATATTCTCATAAACGGTGATGGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109974 CAGACTTTTCAACTAATATTTAATATTCTCATAAACGGTGATGGCACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AACTAGAAAGTATTCAGTTGACCTACTGATGGATCTCCTTAAGAATCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110024 AACTAGAAAGTATTCAGTTGACCTACTGATGGATCTCCTTAAGAATCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAATTGCTGATTATCTCACCAG         ATATGAGCACTTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110074 AAATTGCTGATTATCTCACCAGGTA...TAGATATGAGCACTTTTCTTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTCTTCACCAAGTATTAGGTCTTCTTAATGGAAAGGATCCTGATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113049 TGTCTTCACCAAGTATTAGGTCTTCTTAATGGAAAGGATCCTGATTCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCAAAG         GTTTTAGAATTACTTCTTGCCTTCTGTTCAGTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113099 TTCAAAGGTA...CAGGTTTTAGAATTACTTCTTGCCTTCTGTTCAGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTCAGCTGCGCCATATGCTCACTCAGATGATGTTTGAACAGTCTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119803 CTCAGCTGCGCCATATGCTCACTCAGATGATGTTTGAACAGTCTCCACCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGCAGCGCCACTCTGGGAAGCCATACTAAATGTTTAGAACCTACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119853 GGCAGCGCCACTCTGGGAAGCCATACTAAATGTTTAGAACCTACTGTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCTACTGCGCTGGTTAAGCCAACCTTTGGACGGATCAGAAAACTGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119903 TCTACTGCGCTGGTTAAGCCAACCTTTGGACGGATCAGAAAACTGTTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TTTTAGCATTGGAGTTGTTCAAGGAAATATTTGAG         GATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119953 TTTTAGCATTGGAGTTGTTCAAGGAAATATTTGAGGTA...CAGGATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATAGATGCTGCTAACTGTTCCTCGGCTGATCGTTTTGTGACCCTTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121068 ATAGATGCTGCTAACTGTTCCTCGGCTGATCGTTTTGTGACCCTTCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCCTACAATCCTTGATCAACTTCAGTTCACAGAACAAAATCTAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121118 GCCTACAATCCTTGATCAACTTCAGTTCACAGAACAAAATCTAGATGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTTTAACAAGAAAAAAATGTGAAAGGATTGCCAAGGCCATTGAAGTTTT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 121168 CTTTAACAAGAAAAAAATGTGAAAGGATTGCCAAGGCCATTGAAGTTTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269         GTTAAC TCTCTGTGGAGATGATACACTAAAAATGCATATTG
        >>...>>>-|||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121218 TT...AAC TTAACCTCTCTGTGGAGATGATACACTAAAAATGCATATTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 CAAAAATCTTGACAACTGTCAAGTGTACCACTCTTATAGAACAACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122774 CAAAAATCTTGACAACTGTCAAGTGTACCACTCTTATAGAACAACAATTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1360 ACATATGGCAAGATTGACCTGGGATTTGGAACAAAGGTTGCAGATTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122824 ACATATGGCAAGATTGACCTGGGATTTGGAACAAAGGTTGCAGATTCTGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 ATTATG         CAAACTTGCTGCTGATGTAATTTTGAAAACTCTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122874 ATTATGGTG...AAGCAAACTTGCTGCTGATGTAATTTTGAAAACTCTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATTTGATTAACAAACTTAAACCATTGGTTCCTGGTATGGAAGTAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123957 ATTTGATTAACAAACTTAAACCATTGGTTCCTGGTATGGAAGTAAGCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TACAAAATACTTCAG         GACCCACGTTTGATTACTCCTTTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124007 TACAAAATACTTCAGGTG...TAGGACCCACGTTTGATTACTCCTTTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TTTTGCTTTAACGTCAGATAATAGAGAACAAGTACAGTCTGGACTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126158 TTTTGCTTTAACGTCAGATAATAGAGAACAAGTACAGTCTGGACTGAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TATTATTGGAGGCTGCTCCACTGCCAGATTTTCCTGCTTTAGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 126208 TATTATTGGAGGCTGCTCCACTGCCAGATTTTCCTGCTTTAGTGTG...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1635   ACTTGGAGAAAGTATAGCAGCAAACAATGCCTATAGACAACAGGAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128533 AGACTTGGAGAAAGTATAGCAGCAAACAATGCCTATAGACAACAGGAAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 AGAACATATACCCAGAAAAATGCCCTGGCAATCATCAAATCACAGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128583 AGAACATATACCCAGAAAAATGCCCTGGCAATCATCAAATCACAGTTTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CAACATCAATAAAGTGTTTAACTCCTCATTTGAAAGATGGTGTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128633 CAACATCAATAAAGTGTTTAACTCCTCATTTGAAAGATGGTGTTCCTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 TTGAATATTGAAGAATTAATAGAGAAACTTCAGTCTGGAATGGTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 128683 TTGAATATTGAAGAATTAATAGAGAAACTTCAGTCTGGAATGGTGGTG..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1828     GTAAAGGATCAGATTTGTGATGTGAGAATATCTGACATAATGGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128733 .TAGGTAAAGGATCAGATTTGTGATGTGAGAATATCTGACATAATGGATG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 TATATGAAATGAAACTATCCACATTAGCT         TCCAAAGAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 129394 TATATGAAATGAAACTATCCACATTAGCTGTG...TAGTCCAAAGAAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 AGGCTACAAGATCTTTTGGAAACAAAAGCTCTAGCCCTTGCACAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129521 AGGCTACAAGATCTTTTGGAAACAAAAGCTCTAGCCCTTGCACAGGCTGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 TAGACTGATTGCTCAGCATCGCTGTCAAAGAACTCAAGCTGAAACAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 129571 TAGACTGATTGCTCAGCATCGCTGTCAAAGAACTCAAGCTGAAACAGAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2014         GCACGGACACTTGCTAGTATGTTGAGAGAAGTTGAGAGAAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129621 TG...GAGGCACGGACACTTGCTAGTATGTTGAGAGAAGTTGAGAGAAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 AATGAAGAGCTTAGTGTGTTGCTGAAGGCGCAGCAAGTTGAATCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132004 AATGAAGAGCTTAGTGTGTTGCTGAAGGCGCAGCAAGTTGAATCAGAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 AGCGCAGAGTGATATTGAGCATCTCTTTCAACATAATAGGAAGTTAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132054 AGCGCAGAGTGATATTGAGCATCTCTTTCAACATAATAGGAAGTTAGAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CTGTGGCTGAAGAACATGAAATACTGACAAAATCCTACATGGAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132104 CTGTGGCTGAAGAACATGAAATACTGACAAAATCCTACATGGAACTTCTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 CAGAG         AAATGAAAGTACTGAAAAGAAGAATAAAGATTTACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132154 CAGAGGTA...CAGAAATGAAAGTACTGAAAAGAAGAATAAAGATTTACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 GATCACATGTGATTCTCTGAATAAACAAATTGAGACAGTGAAAAAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134923 GATCACATGTGATTCTCTGAATAAACAAATTGAGACAGTGAAAAAGTTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 ATGAGTCACTCAAGGAACAAAATGAAAA         AAGTATTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134973 ATGAGTCACTCAAGGAACAAAATGAAAAGTA...CAGAAGTATTGCCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 TTAATAGAGAAAGAAGAACAGAGAAAAGAAGTACAGAATCAGCTAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135659 TTAATAGAGAAAGAAGAACAGAGAAAAGAAGTACAGAATCAGCTAGTAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2388 CAGAGAACATAAGCTAGCAA         ATTTGCATCAAAAGACAAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| |||||||
 135709 CAGAGAACATAAGCTAGCAAGTA...AAGATTTGCATCAAAAAACAAAAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 TACAAGAAGAAAAGATTAAAACCTTACAAAAGGAAAGGGAAGATAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137024 TACAAGAAGAAAAGATTAAAACCTTACAAAAGGAAAGGGAAGATAAGGAA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 GAAACCATTGATATCCTTAGAAAAGAATTAAGCAGAACAGAACAGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137074 GAAACCATTGATATCCTTAGAAAAGAATTAAGCAGAACAGAACAGATAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 AAAAGAGTTGAGCATTAAG         GCTTCCTCCCTAGAGGTTCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 137124 AAAAGAGTTGAGCATTAAGGTA...TAGGCTTCCTCCCTAGAGGTTCAAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2570 AGGCACAATTAGAAGGTCGTTTGGAAGAGAAAGAGTCCTTGGTGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138079 AGGCACAATTAGAAGGTCGTTTGGAAGAGAAAGAGTCCTTGGTGAAACTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2620 CAGCAAGAGGAATTGAACAAACACTCCCACATGATAGCAATGATCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138129 CAGCAAGAGGAATTGAACAAACACTCCCACATGATAGCAATGATCCACAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2670 TTTAAGTGGTGGAAAAATAAATCCAGAAACTGTGAATCTCAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138179 TTTAAGTGGTGGAAAAATAAATCCAGAAACTGTGAATCTCAGTATA