seq1 = pF1KB8407.tfa, 882 bp
seq2 = pF1KB8407/gi568815593f_176922739.tfa (gi568815593f:176922739_177164596), 241858 bp

>pF1KB8407 882
>gi568815593f:176922739_177164596 (Chr5)

1-175  (100001-100175)   100% ->
176-279  (118388-118491)   100% ->
280-372  (119040-119132)   100% ->
373-517  (121651-121795)   99% ->
518-703  (128013-128198)   100% ->
704-797  (139320-139413)   100% ->
798-882  (141774-141858)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTATCCCGCGCCGGCCACGGTGCAGGCCGCGGACGGCGGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTATCCCGCGCCGGCCACGGTGCAGGCCGCGGACGGCGGAGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCCTTACAGCAGCTCGGAGTTGCTGGAGGGCCAGGAGCCGGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCCTTACAGCAGCTCGGAGTTGCTGGAGGGCCAGGAGCCGGACGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCTTTGACCGCGAGAGGGCGCGCCGCCTGTGGGAAGCCGTGTCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCTTTGACCGCGAGAGGGCGCGCCGCCTGTGGGAAGCCGTGTCCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCAGCCGGTGGGTAGAGAGGAAG         TGGAGCACATGATCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100151 GCCCAGCCGGTGGGTAGAGAGGAAGGTG...TAGTGGAGCACATGATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGAACCAATGTCTCTTCACCAACACCCAGTGTAAGGTTTGCTGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118404 GAAGAACCAATGTCTCTTCACCAACACCCAGTGTAAGGTTTGCTGCGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTTATTTCTGAGTCCCAGAAGCTGGCACATTACCAG         AGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118454 TGCTTATTTCTGAGTCCCAGAAGCTGGCACATTACCAGGTA...CAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAAACATGCCAACAAAGTGAAGAGATACCTAGCAATCCATGGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119043 AAAAAACATGCCAACAAAGTGAAGAGATACCTAGCAATCCATGGAATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACATTAAAGGGGGAAACGAAGAAGCTAGACTCAGATCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 119093 GACATTAAAGGGGGAAACGAAGAAGCTAGACTCAGATCAGGTA...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAGCAGCAGAAGCAAAGACAAGAACCAGTGCTGCCCCATCTGTAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121652 AGAGCAGCAGAAGCAAAGACAAGAACCAGTGCTGCCCCATCTGTAACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTTTTCCTCCCCTGTCGTGGCCCAGTCGTACTACCTGGGGAAGACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 121702 ACCTTTTCCTCCCCTGTCGTGGCCCAGTCGCACTACCTGGGGAAGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGCAAAGAACTTAAAGCTGAAGCAGCAGTCCACTAAGGTGGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121752 CGCAAAGAACTTAAAGCTGAAGCAGCAGTCCACTAAGGTGGAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    518    CCTTGCACCAGAATAGAGAGATGATAGACCCAGACAAGTTCTGCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128010 TAGCCTTGCACCAGAATAGAGAGATGATAGACCCAGACAAGTTCTGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCTGCCATGCAACTTTCAACGACCCTGTCATGGCTCAACAACATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128060 CTCTGCCATGCAACTTTCAACGACCCTGTCATGGCTCAACAACATTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCAAGAAACACAGAAAACAGGAGACCAAGCTCAAACTAATGGCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128110 GGGCAAGAAACACAGAAAACAGGAGACCAAGCTCAAACTAATGGCACGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGGGCGGCTGGCGGACCCTGCTGTCACTGACTTTCCAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 128160 ATGGGCGGCTGGCGGACCCTGCTGTCACTGACTTTCCAGGTG...CAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAAAGGGCTACCCCTGCAAAACATGTAAGATAGTGCTGAACTCCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139322 GGAAAGGGCTACCCCTGCAAAACATGTAAGATAGTGCTGAACTCCATAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAGTACCAAGCTCATGTCAGCGGCTTCAAACACAAGAACCA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139372 ACAGTACCAAGCTCATGTCAGCGGCTTCAAACACAAGAACCAGTA...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    798  GTCACCAAAAACAGTGGCATCATCCCTGGGCCAGATTCCAATGCAAAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141773 GGTCACCAAAAACAGTGGCATCATCCCTGGGCCAGATTCCAATGCAAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    847 CAACCCATTCAGAAAGACTCAACCACCTTGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141823 CAACCCATTCAGAAAGACTCAACCACCTTGGAAGAC