seq1 = pF1KB8403.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KB8403/gi568815580f_54169622.tfa (gi568815580f:54169622_54394464), 224843 bp

>pF1KB8403 2145
>gi568815580f:54169622_54394464 (Chr18)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-166  (101739-101864)   100% ->
167-331  (104305-104469)   100% ->
332-484  (108082-108234)   100% ->
485-721  (111046-111282)   100% ->
722-900  (113216-113394)   100% ->
901-992  (114301-114392)   98% ->
993-1123  (117660-117790)   100% ->
1124-1329  (122212-122417)   100% ->
1330-2145  (124028-124843)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGAACTGGCGGACGTGGGGGCGGCAGCCAGCTCGCAGGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATGCTTCATCCAGAGTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101740 AGTTCATGATCAAGTGTTGCCCACACCAAATGCTTCATCCAGAGTCATAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101790 TACATGTGGATCTGGATTGCTTTTATGCACAAGTAGAAATGATCTCAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAGAGCTAAAAGACAAACCTTTAG         GGGTTCAACAGAAATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101840 CCAGAGCTAAAAGACAAACCTTTAGGTA...CAGGGGTTCAACAGAAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGAGTTAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 TTTGGTGGTTACCTGCAACTATGAAGCTAGGAAACTTGGAGTTAAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 TTATGAATGTCAGAGATGCAAAAGAAAAGTGTCCACAGTTGGTATTAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGGAGAAGACCTGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104421 AATGGAGAAGACCTGACCCGCTACAGAGAAATGTCTTATAAGGTTACAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332         AATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTGGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 TA...TAGAATTACTGGAAGAATTTAGTCCAGTTGTTGAGAGACTTGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108124 TTGATGAAAATTTTGTGGATCTAACAGAAATGGTTGAGAAGAGACTACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCTGCAAAGTGATGAACTTTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108174 CAGCTGCAAAGTGATGAACTTTCTGCGGTGACTGTGTCGGGTCATGTATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATAATCAGT         CTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108224 CAATAATCAGTGTG...AAGCTATAAACCTGCTTGACGTCTTGCACATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GACTACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111076 GACTACTTGTTGGATCTCAGATTGCAGCAGAGATGCGGGAAGCCATGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTGGAGTGGCTTCTAATAAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111126 AATCAGTTGGGGCTCACTGGCTGTGCTGGAGTGGCTTCTAATAAACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111176 GGCAAAATTAGTTTCTGGTGTCTTTAAACCAAATCAACAAACAGTCTTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TACCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111226 TACCTGAAAGTTGTCAACATCTTATTCATAGTTTGAATCACATAAAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATACCTG         GTATTGGCTATAAAACTGCCAAATGTCTTGAAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111276 ATACCTGGTA...TAGGTATTGGCTATAAAACTGCCAAATGTCTTGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113250 ACTGGGTATCAATAGTGTGCGTGATCTCCAAACCTTTTCACCCAAAATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TAGAAAAAGAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113300 TAGAAAAAGAATTAGGAATTTCAGTTGCTCAGCGTATCCAAAAGCTCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCAGGACCACCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113350 TTTGGAGAGGATAACTCCCCTGTGATACTCTCAGGACCACCTCAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901     TCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTACATCTGAAGTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 113400 .TAGTCCTTTAGTGAAGAAGATTCATTTAAAAAATGTTCATCTGAAGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGCTAAAAATAAGATTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114347 AAGCTAAAAATAAGATTGAAGAACTACTTGCTAGTCTTTTAAACAGGTG.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993      AGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114397 ..TAGAGTATGCCAAGATGGAAGGAAGCCTCATACAGTGAGATTAATAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117705 CCGTCGGTATTCCTCTGAGAAGCACTATGGTCGTGAGAGTCGTCAGTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTATTCCTTCACATGTAATTCAGAAATTAGGGACAG         GAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117755 CTATTCCTTCACATGTAATTCAGAAATTAGGGACAGGTA...TAGGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122217 TATGATGTGATGACCCCAATGGTTGATATACTTATGAAACTTTTTCGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATGGTGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122267 TATGGTGAATGTGAAGATGCCATTTCACCTTACCCTTCTAAGTGTGTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTAAGAAAGGGCTTATTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122317 TCTGCAACCTTAAAGCACTAAATACTGCTAAGAAAGGGCTTATTGATTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122367 TATTTAATGCCATCATTATCAACTACTTCACGCTCTGGCAAGCACAGTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 T         AAAATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122417 TGTA...TAGAAAATGAAAGACACTCATATGGAAGATTTTCCCAAAGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAATTGAAAGTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124068 AAGAAACAAACCGGGATTTCCTACCAAGTGGAAGAATTGAAAGTACAAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124118 ACTAGGGAGTCTCCACTAGATACCACAAATTTTTCTAAAGAAAAAGACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TAATGAATTCCCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124168 TAATGAATTCCCACTCTGTTCACTTCCTGAAGGTGTTGACCAAGAAGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATCCTTTCTGGAAAATCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124218 TCAAGCAGCTTCCAGTAGATATTCAAGAAGAAATCCTTTCTGGAAAATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124268 AGGGAAAAATTTCAAGGGAAAGGAAGTGTGAGTTGTCCATTACATGCCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TAGAGGAGTATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124318 TAGAGGAGTATTATCTTTCTTTTCTAAAAAACAAATGCAAGATATTCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAACAGGTATCCTCTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124368 TAAATCCTAGAGATCATTTATCCAGTAGCAAACAGGTATCCTCTGTATCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124418 CCTTGTGAACCGGGAACATCAGGCTTTAATAGCAGTAGTTCTTCTTACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GTCTAGCCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124468 GTCTAGCCAAAAGGATTATTCATATTATTTAGATAATAGATTAAAAGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCAAGGATTCCACTTTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124518 AACGAATAAGTCAAGGACCTAAAGAACCTCAAGGATTCCACTTTACAAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 TCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124568 TCAAACCCTGCTGTGTCTGCTTTTCATTCATTTCCAAACTTGCAGAGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GCAACTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124618 GCAACTTTTCTCCAGAAACCACACTACAGATAGCCATAAGCAAACAGTAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAAAATAGAGAGCCAGATTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124668 CAACAGACTCTCATGAAGGACTTACAGAAAATAGAGAGCCAGATTCTGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124718 GATGAGAAAATTACTTTCCCTTCTGACATTGATCCTCAAGTTTTCTATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 ACTACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 124768 ACTACCAGAAGCAGTACAAAAGGAACTGCTGGCAGAGTGGAAGAGAGCAG

   2200     .    :    .    :    .
   2120 GATCAGATTTCCACATTGGACATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 124818 GATCAGATTTCCACATTGGACATAAA