seq1 = pF1KB8385.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB8385/gi568815593f_93485024.tfa (gi568815593f:93485024_93693839), 208816 bp

>pF1KB8385 1269
>gi568815593f:93485024_93693839 (Chr5)

1-463  (100001-100463)   100% ->
464-991  (102894-103421)   100% ->
992-1269  (108539-108816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGGTAGTTAGCAGCTGGCGAGATCCGCAGGACGACGTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGGTAGTTAGCAGCTGGCGAGATCCGCAGGACGACGTGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAACCCCGGCGGCCCCAACCCCGCAGCGCAGGCGGCCCGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCAACCCCGGCGGCCCCAACCCCGCAGCGCAGGCGGCCCGCGGCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCGGCGCCGGCGAGCAGCAGCAGCAGGCGGGCTCGGGCGCGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGGCGGCGCCGGCGAGCAGCAGCAGCAGGCGGGCTCGGGCGCGCCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCCGCAGACCCCGGGCCAGCCCGGAGCGCCCGCCACCCCCGGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCCGCAGACCCCGGGCCAGCCCGGAGCGCCCGCCACCCCCGGCACGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGGACAAGGGCCAGGGCCCGCCCGGTTCGGGCCAGAGCCAGCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGGACAAGGGCCAGGGCCCGCCCGGTTCGGGCCAGAGCCAGCAGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCGAGTGCGTGGTGTGCGGGGACAAGTCGAGCGGCAAGCACTACGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCGAGTGCGTGGTGTGCGGGGACAAGTCGAGCGGCAAGCACTACGGCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCACCTGCGAGGGCTGCAAAAGTTTCTTCAAGAGGAGCGTCCGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCACCTGCGAGGGCTGCAAAAGTTTCTTCAAGAGGAGCGTCCGCAGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTAACTTACACATGCCGTGCCAACAGGAACTGTCCCATCGACCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTAACTTACACATGCCGTGCCAACAGGAACTGTCCCATCGACCAGCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGCAACCAGTGCCAATACTGCCGCCTCAAGAAGTGCCTCAAAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGCAACCAGTGCCAATACTGCCGCCTCAAGAAGTGCCTCAAAGTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGAGGCGGGAAG         CGGTTCAGCGAGGAAGAATGCCTCCAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGAGGCGGGAAGGTG...CAGCGGTTCAGCGAGGAAGAATGCCTCCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGCCCAATCCAGGCCAGTACGCACTCACCAACGGGGACCCCCTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 CCAGCCCAATCCAGGCCAGTACGCACTCACCAACGGGGACCCCCTCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCACTGCTACCTGTCCGGCTACATCTCGCTGCTGCTGCGCGCCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102972 GCCACTGCTACCTGTCCGGCTACATCTCGCTGCTGCTGCGCGCCGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TACCCCACGTCGCGCTACGGCAGCCAGTGCATGCAGCCCAACAACATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 TACCCCACGTCGCGCTACGGCAGCCAGTGCATGCAGCCCAACAACATTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGCATCGAGAACATCTGCGAGCTGGCCGCGCGCCTGCTCTTCAGCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103072 GGGCATCGAGAACATCTGCGAGCTGGCCGCGCGCCTGCTCTTCAGCGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGAGTGGGCCCGCAACATCCCCTTCTTCCCGGATCTGCAGATCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103122 TCGAGTGGGCCCGCAACATCCCCTTCTTCCCGGATCTGCAGATCACCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGTGTCCCTGCTACGCCTCACCTGGAGCGAGCTGTTCGTGCTCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103172 CAGGTGTCCCTGCTACGCCTCACCTGGAGCGAGCTGTTCGTGCTCAACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCCCAGTGCTCTATGCCGCTGCACGTGGCGCCGTTGCTGGCCGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103222 GGCCCAGTGCTCTATGCCGCTGCACGTGGCGCCGTTGCTGGCCGCCGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCTGCATGCCTCGCCCATGTCTGCCGACCGCGTCGTGGCCTTCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103272 GCCTGCATGCCTCGCCCATGTCTGCCGACCGCGTCGTGGCCTTCATGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CACATCCGCATCTTCCAGGAGCAGGTGGAGAAGCTCAAGGCGCTACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103322 CACATCCGCATCTTCCAGGAGCAGGTGGAGAAGCTCAAGGCGCTACACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGACTCAGCCGAGTACAGCTGCCTCAAAGCCATCGTGCTGTTCACGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103372 CGACTCAGCCGAGTACAGCTGCCTCAAAGCCATCGTGCTGTTCACGTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992          ACGCCTGTGGCCTGTCGGATGCGGCCCACATCGAGAGCCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 GTG...CAGACGCCTGTGGCCTGTCGGATGCGGCCCACATCGAGAGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CAGGAGAAGTCGCAGTGCGCACTGGAGGAGTACGTGAGGAGCCAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108580 CAGGAGAAGTCGCAGTGCGCACTGGAGGAGTACGTGAGGAGCCAGTACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAACCAGCCCAGCCGTTTTGGCAAACTGCTGCTGCGACTGCCCTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 CAACCAGCCCAGCCGTTTTGGCAAACTGCTGCTGCGACTGCCCTCGCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCACCGTGTCCTCCTCCGTCATCGAGCAGCTCTTCTTCGTCCGTTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 GCACCGTGTCCTCCTCCGTCATCGAGCAGCTCTTCTTCGTCCGTTTGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GGTAAAACCCCCATCGAAACTCTCATCCGCGATATGTTACTGTCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 GGTAAAACCCCCATCGAAACTCTCATCCGCGATATGTTACTGTCTGGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1233 CAGCTTCAACTGGCCTTACATGTCCATCCAGTGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108780 CAGCTTCAACTGGCCTTACATGTCCATCCAGTGCTCC