seq1 = pF1KB8357.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KB8357/gi568815597f_16340762.tfa (gi568815597f:16340762_16558887), 218126 bp

>pF1KB8357 789
>gi568815597f:16340762_16558887 (Chr1)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-193  (102871-102971)   100% ->
194-298  (107109-107213)   100% ->
299-380  (107299-107380)   100% ->
381-489  (108332-108440)   100% ->
490-667  (111077-111254)   100% ->
668-743  (115057-115132)   100% ->
744-789  (118081-118126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGAGCGGGTACGAGTCGGTGCTCTGTGTCAAGCCTGACGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAGAGCGGGTACGAGTCGGTGCTCTGTGTCAAGCCTGACGTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCTACCGCATCCCTCCGCGGGCTACCAACCGTGGCTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CGTCTACCGCATCCCTCCGCGGGCTACCAACCGTGGCTACAGGTG...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GGCTGCGGAGTGGCAGCTGGACCAGCCATCATGGAGTGGCCGGCTGAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102870 GGGCTGCGGAGTGGCAGCTGGACCAGCCATCATGGAGTGGCCGGCTGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCACTGCAAAGGGACAGATGGCCTACATCAAGCTGGAGGACAGGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102920 ATCACTGCAAAGGGACAGATGGCCTACATCAAGCTGGAGGACAGGACGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         GGGAGCTCTTTGCTCAGGCCCCGGTGGATCAGTTTCCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102970 AGGTA...CAGGGGAGCTCTTTGCTCAGGCCCCGGTGGATCAGTTTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACAGCTGTGGAGAGTGTGACGGATTCCAGCAGGTACTTCGTGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107148 GCACAGCTGTGGAGAGTGTGACGGATTCCAGCAGGTACTTCGTGATCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGAAGATGGAAATG         GGCGACGGGCGTTTATTGGAATTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 107198 ATCGAAGATGGAAATGGTA...CAGGGCGACGGGCGTTTATTGGAATTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCGGGGACCGAGGTGATGCCTTTGACTTCAATGTTGCATTGCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107324 CTTCGGGGACCGAGGTGATGCCTTTGACTTCAATGTTGCATTGCAGGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTCAA         GTGGGTGAAACAGCAGTGTGAATTTGCAAAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107374 ATTTCAAGTG...CAGGTGGGTGAAACAGCAGTGTGAATTTGCAAAACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCCAGAACCCAGACCAAGGCCCTAAACTGGACCTGGGCTTCAAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108366 GCCCAGAACCCAGACCAAGGCCCTAAACTGGACCTGGGCTTCAAGGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAGACCATCAAGCTCAACATCGCA         AACATGAAGAAGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108416 CCAGACCATCAAGCTCAACATCGCAGTG...TAGAACATGAAGAAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGGAGCAGCTGGGAATCCCCGAGTCCGGCCTGCCAGCACAGGAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 AAGGAGCAGCTGGGAATCCCCGAGTCCGGCCTGCCAGCACAGGAGGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCTGCTTCCCCCTCCCCCAGGGGGGAAAACCTCCACCCTGATCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111143 AGCCTGCTTCCCCCTCCCCCAGGGGGGAAAACCTCCACCCTGATCCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCCTGGGGAGCAGTTGGCTGTGGGGGGATCCCTCGTCCAGCCAGCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111193 CCCTGGGGAGCAGTTGGCTGTGGGGGGATCCCTCGTCCAGCCAGCAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTCCCAGTTCAG         GAGGTGCTCCTGTACCCTGGCCACAGCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111243 CTCCCAGTTCAGGTT...TAGGAGGTGCTCCTGTACCCTGGCCACAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATCCTGCCACTGCTGACATCTGGGGAGACTTTACCAAATCTACAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115086 AATCCTGCCACTGCTGACATCTGGGGAGACTTTACCAAATCTACAGGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744       ATCAACTTCCAGCCAGACCCAGCCAGGCACAGGCTGGGTCCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115136 ...CAGATCAACTTCCAGCCAGACCCAGCCAGGCACAGGCTGGGTCCAGT

    850 
    788 TC
        ||
 118125 TC