seq1 = pF1KB8355.tfa, 1953 bp
seq2 = pF1KB8355/gi568815593r_177357436.tfa (gi568815593r:177357436_177572210), 214775 bp

>pF1KB8355 1953
>gi568815593r:177357436_177572210 (Chr5)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-148  (103312-103367)   100% ->
149-261  (103991-104103)   100% ->
262-336  (104394-104468)   98% ->
337-483  (104584-104730)   100% ->
484-561  (104879-104956)   100% ->
562-713  (105149-105300)   100% ->
714-777  (105376-105439)   100% ->
778-837  (111508-111567)   100% ->
838-961  (111656-111779)   100% ->
962-1132  (112943-113113)   100% ->
1133-1782  (113504-114153)   99% ->
1783-1885  (114454-114556)   100% ->
1886-1953  (114708-114775)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGCATCCATGGCATGGTACTGCAGCACTGGCCAGCAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGGGCATCCATGGCATGGTACTGCAGCACTGGCCAGCAGCCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGAGGGATGGACGCGAGAGACAAGCTCTCGTGTCCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CTGGAGGGATGGACGCGAGAGACAAGCTCTCGTGTCCTGCAGGTC...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GGCTCTGTACACATATGAAGATGGCTCCGATGACCTCAAGCTTGCAGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 GGGCTCTGTACACATATGAAGATGGCTCCGATGACCTCAAGCTTGCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGGAG         AAGGGGGCTTGCAGGAGCTTTCGGGACACTTTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103361 TCAGGAGGTA...TAGAAGGGGGCTTGCAGGAGCTTTCGGGACACTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACCAGAAGGTGATGTACGGCTTCTGCAGTGTCAAGGACTCCCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104025 GAACCAGAAGGTGATGTACGGCTTCTGCAGTGTCAAGGACTCCCAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCTGCCAAAATACGTGCTCATCAACTGG         GTGGGCGAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104075 CTCTGCCAAAATACGTGCTCATCAACTGGGTA...CAGGTGGGCGAAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGCCTGATGCCCGCAAGTGCGCTTGTGCCAGCCACGTGGCTAAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104406 GTGCCTGATGCCCGCAAGTGCGCTTGTGCCAGCCACGTGGCTAAGGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGTTCTTCCAG         GGTGTCGACGTGATCGTGAACGCCAGCA
         ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104456 GGAGTTCTTCCAGGTG...AAGGGTGTCGACGTGATCGTGAACGCCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCGTGGAAGACATAGACGCGGGTGCCATCGGGCAGCGGCTCTCTAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104612 GCGTGGAAGACATAGACGCGGGTGCCATCGGGCAGCGGCTCTCTAACGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGCGCGACTCTCCAGCCCTGTGCTGCACCGACTGCGGCTGCGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104662 CTGGCGCGACTCTCCAGCCCTGTGCTGCACCGACTGCGGCTGCGAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAGAACGCAGAGCCCGTG         GGCACCACCTACCAGAAGACGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104712 TGAGAACGCAGAGCCCGTGGTT...CAGGGCACCACCTACCAGAAGACGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGCAGCTGTGGAAATGAAGCGGATTAACCGAGAGCAGTTCTGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104901 ATGCAGCTGTGGAAATGAAGCGGATTAACCGAGAGCAGTTCTGGGAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCAAG         AAGGAAGAAGAGCTGCGGAAGGAGGAGGAGCGGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104951 GCCAAGGTA...CAGAAGGAAGAAGAGCTGCGGAAGGAGGAGGAGCGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAAGGCCCTGGATGAGAGGCTCAGGTTCGAGCAGGAGCGGATGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105184 GAAGGCCCTGGATGAGAGGCTCAGGTTCGAGCAGGAGCGGATGGAGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGCGGCAGGAGCAAGAGGAGCGCGAGCGGCGCTACCGGGAGCGGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105234 AGCGGCAGGAGCAAGAGGAGCGCGAGCGGCGCTACCGGGAGCGGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGATCGAGGAGCACAG         GAGGAAACAGCAGACTTTAGAAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105284 CAGATCGAGGAGCACAGGTG...CAGGAGGAAACAGCAGACTTTAGAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAAGAGGCCAAGAGGCGGTTGAAGGAGCAGTCTATCTTT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105400 GGAAGAGGCCAAGAGGCGGTTGAAGGAGCAGTCTATCTTTGTA...TAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTGACCATCGGGATGAGGAGGAAGAGACCCACATGAAGAAGTCAGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111509 GTGACCATCGGGATGAGGAGGAAGAGACCCACATGAAGAAGTCAGAGTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGGTGGAG         GAGGCAGCAGCTATTATTGCCCAGCGGCCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111559 GAGGTGGAGGTG...CAGGAGGCAGCAGCTATTATTGCCCAGCGGCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAACCCAAGGGAGTTCTTCAAGCAGCAGGAAAGAGTCGCATCGGCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111688 CAACCCAAGGGAGTTCTTCAAGCAGCAGGAAAGAGTCGCATCGGCCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CGGGCAGCTGTGATGTACCCTCGCCCTTCAACCATCGACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 111738 CGGGCAGCTGTGATGTACCCTCGCCCTTCAACCATCGACCAGGTA...CA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962  GCAGCCACCTGGACAGCCACCGGAGGATGGCGCCCACTCCCATCCCCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112942 GGCAGCCACCTGGACAGCCACCGGAGGATGGCGCCCACTCCCATCCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GCGGAGCCCGTCTGACTCCAGCACCGCCTCCACCCCTGTCGCTGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112992 GCGGAGCCCGTCTGACTCCAGCACCGCCTCCACCCCTGTCGCTGAGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TAGAGCGGGCCCTGGATGAGGTCACCTCCTCGCAGCCTCCACCACTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113042 TAGAGCGGGCCCTGGATGAGGTCACCTCCTCGCAGCCTCCACCACTGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCGCCACCCCCACCAGCCCAAG         AGACCCAGGAGCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113092 CCGCCACCCCCACCAGCCCAAGGTG...CAGAGACCCAGGAGCCCAGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CATCCTAGACAGTGAGGAGACCAGAGCAGCAGCCCCTCAGGCCTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113523 CATCCTAGACAGTGAGGAGACCAGAGCAGCAGCCCCTCAGGCCTGGGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCCCCATGGAGGAGCCCCCTCAGGCACAGGCGCCTCCCCGGGGGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113573 GCCCCATGGAGGAGCCCCCTCAGGCACAGGCGCCTCCCCGGGGGCCAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGCCCTGCAGAGGACTTGATGTTCATGGAGTCTGCAGAGCAGGCTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113623 AGCCCTGCAGAGGACTTGATGTTCATGGAGTCTGCAGAGCAGGCTGTCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCTGCTCCCGTGGAGCCTGCCACAGCTGACGCCACGGAGGTCCACGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 113673 GGCTGCTCCCGTGGAGCCTGCCACAGCTGACGCCACGGAGATCCACGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGCTGACACCATTGAAACTGACACTGCCACTGCTGACACCACTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113723 CAGCTGACACCATTGAAACTGACACTGCCACTGCTGACACCACTGTTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACAACGTACCCCCCGCTGCCACCAGCCTCATTGACCTATGGCCTGGCAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 113773 AACAACGTACCCCCCGCCGCCACCAGCCTCATTGACCTATGGCCTGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGGGGAAGGGGCCTCCACACTCCAGGGTGAGCCCAGGGCCCCCACGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113823 CGGGGAAGGGGCCTCCACACTCCAGGGTGAGCCCAGGGCCCCCACGCCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCTCGGGTACTGAGGTCACCCTGGCAGAGGTGCCCCTGCTGGATGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113873 CCTCGGGTACTGAGGTCACCCTGGCAGAGGTGCCCCTGCTGGATGAGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GCTCCGGAGCCACTGCTGCCAGCAGGCGAAGGCTGTGCCACCCTTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113923 GCTCCGGAGCCACTGCTGCCAGCAGGCGAAGGCTGTGCCACCCTTCTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTTTGATGAGCTGCCTGAGCCGCCAGCCACCTTCTGTGACCCAGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113973 CTTTGATGAGCTGCCTGAGCCGCCAGCCACCTTCTGTGACCCAGAGGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGGAAGGGGAGCCCCTGGCTGCCCCCCAGACCCCAACTCTGCCCTCAGCC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114023 TGGAAGGGGAGTCCCTGGCTGCCCCCCAGACCCCAACTCTGCCCTCAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTTGAGGAGCTGGAGCAAGAGCAGGAGCCGGAGCCCCACCTGCTAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114073 CTTGAGGAGCTGGAGCAAGAGCAGGAGCCGGAGCCCCACCTGCTAACCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGGCGAGACCACCCAGAAGGAGGGGACCCAG         GCCAGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114123 TGGCGAGACCACCCAGAAGGAGGGGACCCAGGTG...CAGGCCAGTGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGTACTTCAGTCAATCACAGGAGGAGGAGTTTGCCCAATCGGAAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114464 GGTACTTCAGTCAATCACAGGAGGAGGAGTTTGCCCAATCGGAAGAGCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TGTGCCAAGGCTCCGCCTCCTGTGTTCTACAACAAGCCTCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114514 TGTGCCAAGGCTCCGCCTCCTGTGTTCTACAACAAGCCTCCAGGTA...C

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1886   AGATCGACATCACATGCTGGGATGCAGACCCAGTTCCAGAAGAGGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114706 AGAGATCGACATCACATGCTGGGATGCAGACCCAGTTCCAGAAGAGGAGG

   2050     .    :    .    :
   1934 AGGGCTTCGAGGGTGGTGAT
        ||||||||||||||||||||
 114756 AGGGCTTCGAGGGTGGTGAT