seq1 = pF1KB8323.tfa, 759 bp
seq2 = pF1KB8323/gi568815597f_24645554.tfa (gi568815597f:24645554_24940934), 295381 bp

>pF1KB8323 759
>gi568815597f:24645554_24940934 (Chr1)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-182  (152189-152298)   100% ->
183-308  (168541-168666)   99% ->
309-415  (181457-181563)   100% ->
416-597  (194307-194488)   100% ->
598-759  (195220-195381)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTGTCGATGCCGCTGAATGGGCTGAAGGAGGAGGACAAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTTGTCGATGCCGCTGAATGGGCTGAAGGAGGAGGACAAAGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCATCGAGCTCTTCGTCAAG         GCTGGCAGTGATGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 CCTCATCGAGCTCTTCGTCAAGGTG...CAGGCTGGCAGTGATGGTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTCTTTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152208 GCATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTCTTTGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGGAGTTGTATTTAGTGTGACGACTGTTGACCTGAAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 152258 AAAGGAGTTGTATTTAGTGTGACGACTGTTGACCTGAAAAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCCAGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCCGGGACCCACCCACCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168541 GAAGCCAGCAGACCTGCAGAACTTGGCTCCCGGGACCCACCCACCATTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAACTTTCAACAGTGAAGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168591 TAACTTTCAACAGTGAAGTCAAAACGGATGTAAATAAGATTGAGGAATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGAAGAGGTCTTATGCCCTCCCAA         GTACTTAAAGCTTTC
        |||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 168641 CTTGAAGAAGTCTTATGCCCTCCCAAGTG...TAGGTACTTAAAGCTTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCAAAACACCCAGAATCAAATACTGCTGGAATGGACATCTTTGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181472 ACCAAAACACCCAGAATCAAATACTGCTGGAATGGACATCTTTGCCAAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTCTGCATATATCAAGAATTCAAGGCCAGAGGCTAATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 181522 TCTCTGCATATATCAAGAATTCAAGGCCAGAGGCTAATGAAGGTA...AA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  CACTGGAGAGGGGTCTCCTGAAAACCCTGCAGAAACTGGATGAATATCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194306 GCACTGGAGAGGGGTCTCCTGAAAACCCTGCAGAAACTGGATGAATATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAATTCTCCTCTCCCTGATGAAATTGATGAAAATAGTATGGAGGACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194356 GAATTCTCCTCTCCCTGATGAAATTGATGAAAATAGTATGGAGGACATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTTTTCTACACGTAAATTTCTGGATGGCAATGAAATGACATTAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194406 AGTTTTCTACACGTAAATTTCTGGATGGCAATGAAATGACATTAGCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCAACCTGCTGCCCAAACTGCATATTGTCAAG         GTGGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 194456 TGCAACCTGCTGCCCAAACTGCATATTGTCAAGGTA...CAGGTGGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAAAAATATCGCAACTTTGATATTCCAAAAGAAATGACTGGCATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195228 CAAAAAATATCGCAACTTTGATATTCCAAAAGAAATGACTGGCATCTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GATACCTAACTAATGCATACAGTAGGGACGAGTTCACCAATACCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195278 GATACCTAACTAATGCATACAGTAGGGACGAGTTCACCAATACCTGTCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGATAAGGAGGTTGAAATAGCATATAGTGATGTAGCCAAAAGACTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195328 AGTGATAAGGAGGTTGAAATAGCATATAGTGATGTAGCCAAAAGACTCAC

    800 
    756 CAAG
        ||||
 195378 CAAG