seq1 = pF1KB8305.tfa, 1971 bp
seq2 = pF1KB8305/gi568815581f_63532680.tfa (gi568815581f:63532680_63793774), 261095 bp

>pF1KB8305 1971
>gi568815581f:63532680_63793774 (Chr17)

1-126  (100000-100123)   98% ->
127-219  (102030-102122)   100% ->
220-260  (113355-113395)   100% ->
261-360  (119878-119977)   100% ->
361-474  (125115-125228)   100% ->
475-595  (134261-134381)   100% ->
596-729  (149087-149220)   100% ->
730-803  (152838-152911)   100% ->
804-871  (155848-155915)   100% ->
872-964  (156110-156202)   100% ->
965-1156  (156865-157056)   100% ->
1157-1305  (157585-157733)   100% ->
1306-1437  (158423-158554)   100% ->
1438-1567  (159054-159183)   100% ->
1568-1745  (159563-159740)   100% ->
1746-1971  (160870-161095)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAACAGGAGGCATTGAACTCAATCATGAACGATCTGGTGGCCCT
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A G ACGAACAGGAGGCATTGAACTCAATCATGAACGATCTGGTGGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGATGAACCGACGTCACCGGATGCCTGGATATGAGACCATGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 CCAGATGAACCGACGTCACCGGATGCCTGGATATGAGACCATGAAGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGACACAGGTCACTCAAATAGGCAG         AAAAAACACAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100098 AAGACACAGGTCACTCAAATAGGCAGGTG...AAGAAAAAACACAACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCAGCTCAGCCCTTCTGAACAGCCCCACAGTAACAACAAGCTCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102045 AGCAGCTCAGCCCTTCTGAACAGCCCCACAGTAACAACAAGCTCATGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGGCCAGTGAGAAAAAGAAATTTTTG         AGTGACGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102095 AGGGGCCAGTGAGAAAAAGAAATTTTTGGTA...CAGAGTGACGTCAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGTTCGAGCACAACGGGGAGAGGCG         AATTATAGCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113368 TCAAGTTCGAGCACAACGGGGAGAGGCGGTA...CAGAATTATAGCGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCCGGCCTGTGAAATATGAAGATGTGGAGCACAAGGTGACAACAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119891 AGCCGGCCTGTGAAATATGAAGATGTGGAGCACAAGGTGACAACAGTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGACAACCTCTTGATCTACATTACATGAACAATGAG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119941 TGGACAACCTCTTGATCTACATTACATGAACAATGAGGTG...CAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATCCTGCTGAAAAACCAAGATGATCTTGATAAAGCAATTGACATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125119 CCATCCTGCTGAAAAACCAAGATGATCTTGATAAAGCAATTGACATTTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATAGAAGCTCAAGCATGAAAAGCCTTAGGATATTGCTGTTGTCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125169 GATAGAAGCTCAAGCATGAAAAGCCTTAGGATATTGCTGTTGTCCCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGAAACCAT         AACAGTTCCTCTCCCCACTCTGGGGTGTCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125219 CAGAAACCATGTA...CAGAACAGTTCCTCTCCCCACTCTGGGGTGTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GACAGGTGCGGATCAAGGCTTCCCAGTCCGCAGGGGATATAAATACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134292 GACAGGTGCGGATCAAGGCTTCCCAGTCCGCAGGGGATATAAATACTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACCAGCCCCCCGAGCCCAGAAGCAGGCACCTCTCTGTCA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 134342 TACCAGCCCCCCGAGCCCAGAAGCAGGCACCTCTCTGTCAGTG...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTCCCAGAACCCTGGCCGAAGCTCACCTCCCCCTGGCTATGTTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149088 CTCCCAGAACCCTGGCCGAAGCTCACCTCCCCCTGGCTATGTTCCTGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGCAGCAGCACATTGCCCGGCAGGGGTCCTACACCAGCATCAACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149138 GGCAGCAGCACATTGCCCGGCAGGGGTCCTACACCAGCATCAACAGTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGGAGTTCATCCCAGAGACCAGCGAGCAGTGC         ATGCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 149188 GGGGAGTTCATCCCAGAGACCAGCGAGCAGTGCGTG...CAGATGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCCCTGAGCAGTGCAGAAAATTCCTTGTCTGGAAGCTGCCAATCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152846 TCCCCTGAGCAGTGCAGAAAATTCCTTGTCTGGAAGCTGCCAATCCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAGGTCAGCAGACAG         CCCATCCTTCCGGAAATCACGAATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 152896 ACAGGTCAGCAGACAGGTA...CAGCCCATCCTTCCGGAAATCACGAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCCCGTGCCCAGAGCTTCCCTGACAACAGACAGGAATACTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 155873 TCCCGTGCCCAGAGCTTCCCTGACAACAGACAGGAATACTCAGGTG...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    872   ATCGGGAAACTCAGCTTTATGACAAAGGGGTCAAAGGTGGAACCTACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156108 AGATCGGGAAACTCAGCTTTATGACAAAGGGGTCAAAGGTGGAACCTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCCGGCGCTACCACGTGTCTGTGCACCACAAGGACTACAGTGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 156158 CCCGGCGCTACCACGTGTCTGTGCACCACAAGGACTACAGTGATGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965     GCAGAAGAACATTTCCCCGAATACGGCGTCATCAAGGCAACTTGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156208 .CAGGCAGAAGAACATTTCCCCGAATACGGCGTCATCAAGGCAACTTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CACCCTGGTGCCCTCCAGCCGCTCCCTGAGCACAAATGGCGAGAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156911 CACCCTGGTGCCCTCCAGCCGCTCCCTGAGCACAAATGGCGAGAACATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTCTGGCTGTGCAATACCTGGACCCCCGTGGGCGCCTGCGGAGTGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156961 GTCTGGCTGTGCAATACCTGGACCCCCGTGGGCGCCTGCGGAGTGCGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AGCGAGAATGCCCTCTCTGTGCAGGAGAGGAATGTGCCAACCAAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 157011 AGCGAGAATGCCCTCTCTGTGCAGGAGAGGAATGTGCCAACCAAGTGTG.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1157      CTCCCAGTGCCCCCATCAACTGGCGCCGGGGAAAGCTCCTGGGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157061 ..TAGCTCCCAGTGCCCCCATCAACTGGCGCCGGGGAAAGCTCCTGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGGGTGCCTTCGGCAGGGTCTATTTGTGCTATGACGTGGACACGGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157630 AGGGTGCCTTCGGCAGGGTCTATTTGTGCTATGACGTGGACACGGGACGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAACTTGCTTCCAAGCAGGTCCAATTTGATCCAGACAGTCCTGAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157680 GAACTTGCTTCCAAGCAGGTCCAATTTGATCCAGACAGTCCTGAGACAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAAG         GAGGTGAGTGCTCTGGAGTGCGAGATCCAGTTGCTAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157730 CAAGGTA...TAGGAGGTGAGTGCTCTGGAGTGCGAGATCCAGTTGCTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGAACTTGCAGCATGAGCGCATCGTGCAGTACTATGGCTGTCTGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158460 AGAACTTGCAGCATGAGCGCATCGTGCAGTACTATGGCTGTCTGCGGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CGCGCTGAGAAGACCCTGACCATCTTCATGGAGTACATGCCAGGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 158510 CGCGCTGAGAAGACCCTGACCATCTTCATGGAGTACATGCCAGGGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438     GGCTCGGTGAAAGACCAGTTGAAGGCTTACGGTGCTCTGACAGAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158560 .CAGGGCTCGGTGAAAGACCAGTTGAAGGCTTACGGTGCTCTGACAGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GCGTGACCCGAAAGTACACGCGGCAGATCCTGGAGGGCATGTCCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159100 GCGTGACCCGAAAGTACACGCGGCAGATCCTGGAGGGCATGTCCTACCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CACAGCAACATGATTGTTCACCGGGACATTAAGG         GAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 159150 CACAGCAACATGATTGTTCACCGGGACATTAAGGGTG...CAGGAGCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CATCCTCCGAGACTCTGCTGGGAATGTAAAGCTGGGGGACTTTGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159570 CATCCTCCGAGACTCTGCTGGGAATGTAAAGCTGGGGGACTTTGGGGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GCAAACGCCTGCAGACGATCTGTATGTCGGGGACGGGCATGCGCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159620 GCAAACGCCTGCAGACGATCTGTATGTCGGGGACGGGCATGCGCTCCGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACTGGCACACCCTACTGGATGAGCCCTGAGGTGATCAGCGGCGAGGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159670 ACTGGCACACCCTACTGGATGAGCCCTGAGGTGATCAGCGGCGAGGGCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGGAAGGAAAGCAGACGTGTG         GAGCCTGGGCTGCACTGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 159720 TGGAAGGAAAGCAGACGTGTGGTG...CAGGAGCCTGGGCTGCACTGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGGAGATGCTGACAGAGAAACCACCGTGGGCAGAGTATGAAGCTATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160890 TGGAGATGCTGACAGAGAAACCACCGTGGGCAGAGTATGAAGCTATGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GCCATCTTCAAGATTGCCACCCAGCCCACCAATCCTCAGCTGCCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160940 GCCATCTTCAAGATTGCCACCCAGCCCACCAATCCTCAGCTGCCCTCCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CATCTCTGAACATGGCCGGGACTTCCTGAGGCGCATTTTTGTGGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160990 CATCTCTGAACATGGCCGGGACTTCCTGAGGCGCATTTTTGTGGAGGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GCCAGAGACCTTCAGCTGAGGAGCTGCTCACACACCACTTTGCACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161040 GCCAGAGACCTTCAGCTGAGGAGCTGCTCACACACCACTTTGCACAGCTC

   2100     .
   1966 ATGTAC
        ||||||
 161090 ATGTAC