seq1 = pF1KB8281.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB8281/gi568815582r_2153967.tfa (gi568815582r:2153967_2364643), 210677 bp

>pF1KB8281 915
>gi568815582r:2153967_2364643 (Chr16)

(complement)

1-71  (100001-100071)   100% ->
72-227  (100313-100468)   100% ->
228-419  (101357-101548)   100% ->
420-522  (101802-101904)   100% ->
523-676  (102213-102366)   100% ->
677-818  (108918-109059)   100% ->
819-915  (110581-110677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTTATCAGGAGTGAAAAAGAAGAGCTTGCTAGGAGTCAAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTTATCAGGAGTGAAAAAGAAGAGCTTGCTAGGAGTCAAAGAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATAAAAAGTCCAGCACTAG         GGCTCCTTCACCTACCAAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100051 TAATAAAAAGTCCAGCACTAGGTA...CAGGGCTCCTTCACCTACCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAAAGACCGCTCAGATGAGAAGTCCAAGGATCGCTCAAAAGATAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100333 GCAAAGACCGCTCAGATGAGAAGTCCAAGGATCGCTCAAAAGATAAAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCACCAAGGAGTCGAGTGAGAAGGATCGCGGCCGGGACAAAACCCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100383 GCCACCAAGGAGTCGAGTGAGAAGGATCGCGGCCGGGACAAAACCCGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGCGCAGCGCTTCCAGTGGTAGCAGCAGTACCAG         GTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100433 GAGGCGCAGCGCTTCCAGTGGTAGCAGCAGTACCAGGTG...CAGGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTCCAGCTCGACTTCCAGCTCAGGCTCCAGCACCAGCACTGGCTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101362 GGTCCAGCTCGACTTCCAGCTCAGGCTCCAGCACCAGCACTGGCTCAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGGCTCCAGCTCTTCCTCAGCATCCAGCCGCTCAGGAAGCTCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 AGTGGCTCCAGCTCTTCCTCAGCATCCAGCCGCTCAGGAAGCTCCAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCGCAGCTCCAGCTCTAGCAGCTCTTCTGGCTCTCCAAGTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101462 CTCCCGCAGCTCCAGCTCTAGCAGCTCTTCTGGCTCTCCAAGTCCTTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCGCAGACACGACAACAGGAGGCGCTCCCGCTCCAA         ATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101512 GGCGCAGACACGACAACAGGAGGCGCTCCCGCTCCAAGTG...CAGATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAACCACCTAAAAGAGATGAAAAGGAGAGGAAAAGGCGGAGCCCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 AAACCACCTAAAAGAGATGAAAAGGAGAGGAAAAGGCGGAGCCCATCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAGCCCACCAAAGTGCACATTGGGAGACTCACCCGGAATGTGACAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101856 TAAGCCCACCAAAGTGCACATTGGGAGACTCACCCGGAATGTGACAAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         GATCACATCATGGAGATATTTTCCACCTATGGGAAAATTAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101906 TG...TAGGATCACATCATGGAGATATTTTCCACCTATGGGAAAATTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGATTGACATGCCCGTGGAAAGGATGCATCCCCATCTGTCCAAAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102255 ATGATTGACATGCCCGTGGAAAGGATGCATCCCCATCTGTCCAAAGGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCGTACGTAGAGTTTGAGAATCCAGATGAAGCCGAGAAGGCGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102305 TGCGTACGTAGAGTTTGAGAATCCAGATGAAGCCGAGAAGGCGCTGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATGGATGGAG         GACAAATTGATGGCCAGGAGATCACTGCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102355 ACATGGATGGAGGTG...CAGGACAAATTGATGGCCAGGAGATCACTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCGCCGTGCTGGCCCCCTGGCCTAGGCCACCCCCCAGGAGATTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108947 ACCGCCGTGCTGGCCCCCTGGCCTAGGCCACCCCCCAGGAGATTCAGCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCCAGGAGAATGTTGCCACCACCGCCTATGTGGCGCAGGTCTCCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108997 TCCCAGGAGAATGTTGCCACCACCGCCTATGTGGCGCAGGTCTCCCCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGATGAGGAGAAG         GTCCCGCTCCCCGAGGCGCAGGTCCCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 109047 GGATGAGGAGAAGGTA...CAGGTCCCGCTCCCCGAGGCGCAGGTCCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGCGCCGGAGATCACGGTCCCCGGGCCGCCGCCGCCACAGGAGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110609 GTGCGCCGGAGATCACGGTCCCCGGGCCGCCGCCGCCACAGGAGCCGCTC

    950     .    :    .
    897 CAGCTCCAACTCCTCCCGA
        |||||||||||||||||||
 110659 CAGCTCCAACTCCTCCCGA