seq1 = pF1KB8243.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KB8243/gi568815592f_30385940.tfa (gi568815592f:30385940_30586587), 200648 bp

>pF1KB8243 648
>gi568815592f:30385940_30586587 (Chr6)

1-648  (100001-100648)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCAGGGAGAGCCCCAGGTCCAGTTCAAACTTGTATTGGTTGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGCAGGGACAGCCCCAGGTCCAGTTCAAACTTGTATTGGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGATGGTGGTACTGGAAAAACGACCTTCGTGAAACGTCATTTGACTGGTG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
 100051 TGATGGTGGTACTGGAAAAACGACTTTCGTGAAACATCATTTGACTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATTTGAGAAGAAGTATGTAGCCACCTTGGGTGTTGAGGTTCATCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTTGAGAAGAAGTATGTAGCCACCTTGGGTGTTGAGGTTCATCCCCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTTCCACACCAACAGAGGACCTATTAAGTTCAATGTATGGGACACAGC
        |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTTCCATACCAACAGAGGACCTGTTAAGTTCAATGTATGGGACACAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGCCAGGAGAAATTCGGTGGACTGAGAGATGGCTATTATATCCAAGCCC
        ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGCCTGGAGAAATTCAGTGGACTGAGAGATGGCTATTATATCCAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTGTGCCATCATAATGTTTGATGTAACATCGAGAGTTACTTACAAGAAT
        || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGTACCATCATAGTGTTTGATGTAACATCGAGAGTTACTTACAAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCCTAACTGGCATAGAGATCTGGTACGAGTGTGTGAAAACATCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| 
 100301 GTGCCTAACTGGCATAGAGATCTGGTATGAGTGTGTGAAAACACCCCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGTTGTGTGGCAACAAAGTGGATATTAAGGACAGGAAAGTGAAGGCGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGTTGAGTGGCAACAAAGTGGATATTAAGGACAGGAAAGTGAAGGCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AATCCATTGTCTTCCACCGAAAGAAGAATCTTCAGTACTACGACATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AATCCATTGTCTTCCACCGAAAGAAGAATCTTCAGTACTACGACATTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCAAAAGTAACTACAACTTTGAAAAGCCCTTCCTCTGGCTTGCTAGGAA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCAAAAGTAACTATAACTTTGAAAAGCCCTTCCTCTGGCTTGCTAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTCATTGGAGACCCTAACTTGGAATTTGTTGCCATGCCTGCTCTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTCATTGGAGACCCTAACTTGGAATTTGTTGCCATGCCTGCTCTCGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CACCAGAAGTTGTCATGGACCCAGCTTTGGCAGCACAGTATGAGCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CACCAGAAGTTGTCATGGACCCAGCTTTGGCAGCACAGTATGAGCACGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    601 TTAGAGGTTGCTCAGACAACTGCTCTCCCGGATGAGGATGATGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100601 TTAGAGGTTGCTCAGACAACTGCTCTCCCGGACGAGGATGATGACCTG