seq1 = pF1KB8243.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KB8243/gi568815586f_130772836.tfa (gi568815586f:130772836_130975923), 203088 bp

>pF1KB8243 648
>gi568815586f:130772836_130975923 (Chr12)

1-36  (99759-99794)   100% ->
37-121  (100001-100085)   100% ->
122-247  (100168-100293)   100% ->
248-435  (101711-101898)   100% ->
436-606  (102777-102947)   100% ->
607-648  (103047-103088)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCAGGGAGAGCCCCAGGTCCAGTTCAAA         CTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  99759 ATGGCTGCGCAGGGAGAGCCCCAGGTCCAGTTCAAAGTA...CAGCTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTGGTTGGTGATGGTGGTACTGGAAAAACGACCTTCGTGAAACGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 ATTGGTTGGTGATGGTGGTACTGGAAAAACGACCTTCGTGAAACGTCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACTGGTGAATTTGAGAAGAAGTATGTAG         CCACCTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100056 TGACTGGTGAATTTGAGAAGAAGTATGTAGGTA...CAGCCACCTTGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTTGAGGTTCATCCCCTAGTGTTCCACACCAACAGAGGACCTATTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100179 GTTGAGGTTCATCCCCTAGTGTTCCACACCAACAGAGGACCTATTAAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGTATGGGACACAGCCGGCCAGGAGAAATTCGGTGGACTGAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100229 CAATGTATGGGACACAGCCGGCCAGGAGAAATTCGGTGGACTGAGAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTATTATATCCAAG         CCCAGTGTGCCATCATAATGTTTGAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100279 GCTATTATATCCAAGGTA...CAGCCCAGTGTGCCATCATAATGTTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTAACATCGAGAGTTACTTACAAGAATGTGCCTAACTGGCATAGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101737 GTAACATCGAGAGTTACTTACAAGAATGTGCCTAACTGGCATAGAGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTACGAGTGTGTGAAAACATCCCCATTGTGTTGTGTGGCAACAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 GGTACGAGTGTGTGAAAACATCCCCATTGTGTTGTGTGGCAACAAAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATATTAAGGACAGGAAAGTGAAGGCGAAATCCATTGTCTTCCACCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 ATATTAAGGACAGGAAAGTGAAGGCGAAATCCATTGTCTTCCACCGAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGAATCTTCAG         TACTACGACATTTCTGCCAAAAGTAACTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101887 AAGAATCTTCAGGTG...CAGTACTACGACATTTCTGCCAAAAGTAACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACTTTGAAAAGCCCTTCCTCTGGCTTGCTAGGAAGCTCATTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102806 CAACTTTGAAAAGCCCTTCCTCTGGCTTGCTAGGAAGCTCATTGGAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTAACTTGGAATTTGTTGCCATGCCTGCTCTCGCCCCACCAGAAGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 CTAACTTGGAATTTGTTGCCATGCCTGCTCTCGCCCCACCAGAAGTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGACCCAGCTTTGGCAGCACAGTATGAGCACGACTTAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102906 ATGGACCCAGCTTTGGCAGCACAGTATGAGCACGACTTAGAGGTA...TA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GTTGCTCAGACAACTGCTCTCCCGGATGAGGATGATGACCTG
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103046 GGTTGCTCAGACAACTGCTCTCCCGGATGAGGATGATGACCTG