seq1 = pF1KB8217.tfa, 879 bp
seq2 = pF1KB8217/gi568815582f_1.tfa (gi568815582f:1_185774), 185774 bp

>pF1KB8217 879
>gi568815582f:1_185774 (Chr16)

1-24  (78310-78333)   100% ->
25-300  (79425-79700)   100% ->
301-505  (83052-83256)   100% ->
506-879  (85401-85774)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGCGCGCAGCGGGGCCCAG         TTTTGCCGACGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  78310 ATGCCCGCGCGCAGCGGGGCCCAGGTG...CAGTTTTGCCGACGGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAAAAGAAGCAGCGACCAGCTAGAGCAGGGCAGCCACACAGCTCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79442 GCAAAAGAAGCAGCGACCAGCTAGAGCAGGGCAGCCACACAGCTCGTCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCAGCCCAGGCACCTGCAGAGCAGCCACACAGCTCGTCCGATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79492 ACGCAGCCCAGGCACCTGCAGAGCAGCCACACAGCTCGTCCGATGCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGCACCTTGCCCCAGGGAGCGCTGCTTGGGACCGCCCACCACTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79542 CAGGCACCTTGCCCCAGGGAGCGCTGCTTGGGACCGCCCACCACTCCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCATACCGCAGCATCTATTTCTCAAGCCCAAAGGGCCACCTTACCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79592 CCCATACCGCAGCATCTATTTCTCAAGCCCAAAGGGCCACCTTACCCGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGGTTGGAGTTCTTCGACCAGCCGGCAGTCCCCCTGGCCCGGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  79642 TGGGGTTGGAGTTCTTCGACCAGCCGGCAGTCCCCCTGGCCCGGGCATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGACAG         GTCCTAGTCCGGCGACTTCCTAATGGCACAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  79692 CTGGGACAGGTA...CAGGTCCTAGTCCGGCGACTTCCTAATGGCACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTCCGAGGCCGCATCGTGGAGACCGAGGCATACCTGGGGCCAGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83084 ACTCCGAGGCCGCATCGTGGAGACCGAGGCATACCTGGGGCCAGAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGCCGCCCACTCAAGGGGTGGCCGGCAGACCCCCCGCAACCGAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83134 AAGCCGCCCACTCAAGGGGTGGCCGGCAGACCCCCCGCAACCGAGGCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCATGAAGCCGGGGACCCTGTACGTGTACATCATTTACGGCATGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  83184 TTCATGAAGCCGGGGACCCTGTACGTGTACATCATTTACGGCATGTACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTGCATGAACATCTCCAGCCAGG         GGGACGGGGCTTGCGTCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  83234 CTGCATGAACATCTCCAGCCAGGGTG...CAGGGGACGGGGCTTGCGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCTGCGAGCACTGGAGCCCCTGGAAGGTCTGGAGACCATGCGTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85419 TGCTGCGAGCACTGGAGCCCCTGGAAGGTCTGGAGACCATGCGTCAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGCAGCACCCTCCGGAAAGGCACCGCCAGCCGTGTCCTCAAGGACCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85469 CGCAGCACCCTCCGGAAAGGCACCGCCAGCCGTGTCCTCAAGGACCGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTCTGCAGTGGCCCCTCCAAGCTGTGCCAGGCCCTGGCCATCAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85519 GCTCTGCAGTGGCCCCTCCAAGCTGTGCCAGGCCCTGGCCATCAACAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTTTGACCAGAGGGACCTGGCACAGGATGAAGCTGTATGGCTGGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85569 GCTTTGACCAGAGGGACCTGGCACAGGATGAAGCTGTATGGCTGGAGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGTCCCCTGGAGCCCAGTGAGCCGGCTGTAGTGGCAGCAGCCCGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85619 GGTCCCCTGGAGCCCAGTGAGCCGGCTGTAGTGGCAGCAGCCCGGGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGTCGGCCATGCAGGGGAGTGGGCCCGGAAACCCCTCCGCTTCTATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85669 CGTCGGCCATGCAGGGGAGTGGGCCCGGAAACCCCTCCGCTTCTATGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGGCAGCCCCTGGGTCAGTGTGGTCGACAGAGTGGCTGAGCAGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  85719 GGGGCAGCCCCTGGGTCAGTGTGGTCGACAGAGTGGCTGAGCAGGACACA

    900     .
    874 CAGGCC
        ||||||
  85769 CAGGCC