seq1 = pF1KB8209.tfa, 816 bp
seq2 = pF1KB8209/gi568815592f_26496983.tfa (gi568815592f:26496983_26698642), 201660 bp

>pF1KB8209 816
>gi568815592f:26496983_26698642 (Chr6)

1-241  (100001-100241)   99% ->
242-438  (100932-101128)   99% ->
439-816  (101283-101660)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCAGAGGAATCGGAGAAGGCCGCAACGGAGCAAGAGCCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCAGAGGAATCGGAGAAGGCCGCAACGGAGCAAGAGCCGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGACAGAACAGACACTAGATGCGGAGGAGGAGCAGGAGGAATCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGACAGAACAGACACTAGATGCGGAGGAGGAGCAGGAGGAATCCGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCGGCCTGTGGCAGCAAGAAGCGGGTAGTGCCAGGTATTGTGTACCTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCGGCCTGTGGCAGCAAGAAACGGGTAGTGCCAGGTATTGTGTACCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCATATCCCGCCGCGCTTCCGGCCCCTGCACGTCCGCAACCTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCATATCCCGCCGCGCTTCCGGCCCCTGCACGTCCGCAACCTTCTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCTATGGCGAGGTCGGACGCGTCTTCTTTCAGGCTGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100201 CGCCTATGGCGAGGTCGGACGCGTCTTCTTTCAGGCTGAGGGTA...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCGGTTCGTGAGACGCAAGAAGAAGGCAGCAGCAGCTGCCGGAGGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100932 ACCGGTTCGTGAGACGCAAGAAGAAGGCAGCAGCAGCTGCCGGAGGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCGGTCCTACACCAAGGACTACACCGAGGGATGGGTGGAGTTCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100982 AAGCGGTCCTACACCAAGGACTACACCGAGGGATGGGTGGAGTTCCGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGCGCATAGCCAAGCGCGTGGCGGCCAGTCTACACAACACGCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101032 CAAGCGCATAGCCAAGCGCGTGGCGGCCAGTCTACACAACACGCCTATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGCCCGCAGGCGCAGCCCCTTCCGTTATGATCTTTGGAACCTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101082 GTGCCCGCAGGCGCAGCCCCTTCCGTTATGATCTTTGGAACCTCAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439       TACTTGCACCGTTTCACCTGGTCCCACCTCAGCGAGCACCTCGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101132 ...CAGTACTTGCACCGTTTCACCTGGTCCCACCTCAGCGAGCACCTCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTTGAGCGCCAGGTGCGCAGGCAGCGCTTGAGAGCGGAGGTTGCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 CTTTGAGCGCCAGGTGCGCAGGCAGCGCTTGAGAGCGGAGGTTGCTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAAGCGTGAGACCGACTTCTATCTTCAAAGTGTGGAACGGGGACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101377 CCAAGCGTGAGACCGACTTCTATCTTCAAAGTGTGGAACGGGGACAACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTCTTGCGGCCGATGGGGACCCTGCTCGCCCAGATGGCTCCTGGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101427 TTTCTTGCGGCCGATGGGGACCCTGCTCGCCCAGATGGCTCCTGGACATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCCCAGCGTCCTACTGAGCAGGAACTGAGGGCCCGTAAAGCAGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 TGCCCAGCGTCCTACTGAGCAGGAACTGAGGGCCCGTAAAGCAGCACGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGGGGGACGTGAACGGGCTCGCCTGGCAACTGCCCAGGACAAGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 CAGGGGGACGTGAACGGGCTCGCCTGGCAACTGCCCAGGACAAGGCCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCCAACAAAGGGCTCCTGGCCAGGATCTTTGGAGCCCCGCCACCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 TCCAACAAAGGGCTCCTGGCCAGGATCTTTGGAGCCCCGCCACCCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :
    783 GAGCATGGAGGGACCTTCCCTTGTCAGGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101627 GAGCATGGAGGGACCTTCCCTTGTCAGGGACTCC