seq1 = pF1KB8208.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KB8208/gi568815596f_100902702.tfa (gi568815596f:100902702_101106071), 203370 bp

>pF1KB8208 375
>gi568815596f:100902702_101106071 (Chr2)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-233  (101457-101582)   100% ->
234-346  (103258-103370)   100% ->
347-375  (103649-103677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCCGCAAAGAAGGGTGGCGAGAAGAAAAAGGGCCGTTCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCCGCAAAGAAGGGTGGCGAGAAGAAAAAGGGCCGTTCTGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGAAGTGGTAACCCGAGAATACACCATCAACATTCACAAGCGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGAAGTGGTAACCCGAGAATACACCATCAACATTCACAAGCGCATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGAGT         GGGCTTCAAGAAGCGTGCACCTCGGGCACTCAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGAGTGTG...TAGGGGCTTCAAGAAGCGTGCACCTCGGGCACTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATTCGGAAATTTGCCATGAAGGAGATGGGAACTCCAGATGTGCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101491 GAGATTCGGAAATTTGCCATGAAGGAGATGGGAACTCCAGATGTGCGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGACACCAGGCTCAACAAAGCTGTCTGGGCCAAAGGAATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101541 TGACACCAGGCTCAACAAAGCTGTCTGGGCCAAAGGAATAAGGTG...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  GAATGTGCCATACCGAATCCGTGTGCGGCTGTCCAGAAAACGTAATGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 GGAATGTGCCATACCGAATCCGTGTGCGGCTGTCCAGAAAACGTAATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAAGATTCACCAAATAAGCTATATACTTTGGTTACCTATGTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 GATGAAGATTCACCAAATAAGCTATATACTTTGGTTACCTATGTACCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACCACTTTCAAAA         ATCTACAGACAGTCAATGTGGATGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103357 TACCACTTTCAAAAGTA...CAGATCTACAGACAGTCAATGTGGATGAGA

    400 
    374 AC
        ||
 103676 AC