seq1 = pF1KB8186.tfa, 909 bp
seq2 = pF1KB8186/gi568815597f_169006830.tfa (gi568815597f:169006830_169231552), 224723 bp

>pF1KB8186 909
>gi568815597f:169006830_169231552 (Chr1)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-226  (104541-104669)   100% ->
227-382  (118055-118210)   100% ->
383-567  (120395-120579)   100% ->
568-648  (123181-123261)   100% ->
649-909  (124463-124723)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGCGGGAAAGCCAAGGAGGAGGGCAGCTGGAAGAAATTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGCGGGAAAGCCAAGGAGGAGGGCAGCTGGAAGAAATTCATCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAACTCAGAGAAGAAGGAGTTTCTGGGCAGGACCGGTGGCAGTTGGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GAACTCAGAGAAGAAGGAGTTTCTGGGCAGGACCGGTGGCAGTTGGTGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       TTAAGATCCTTCTATTCTACGTAATATTTTATGGCTGCCTGGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGTTAAGATCCTTCTATTCTACGTAATATTTTATGGCTGCCTGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCATCTTCATCGGAACCATCCAAGTGATGCTGCTCACCATCAGTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 GGCATCTTCATCGGAACCATCCAAGTGATGCTGCTCACCATCAGTGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAGCCCACATATCAGGACCGAGTGGCCCCGCCAG         GATTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 104635 TAAGCCCACATATCAGGACCGAGTGGCCCCGCCAGGTA...TAGGATTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACAGATTCCTCAGATCCAGAAGACTGAAATTTCCTTTCGTCCTAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118061 CACAGATTCCTCAGATCCAGAAGACTGAAATTTCCTTTCGTCCTAATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCAAGAGCTATGAGGCATATGTACTGAACATAGTTAGGTTCCTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118111 CCCAAGAGCTATGAGGCATATGTACTGAACATAGTTAGGTTCCTGGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTACAAAGATTCAGCCCAGAGGGATGACATGATTTTTGAAGATTGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118161 GTACAAAGATTCAGCCCAGAGGGATGACATGATTTTTGAAGATTGTGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          ATGTGCCCAGTGAACCGAAAGAACGAGGAGACTTTAATCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118211 GTA...TAGATGTGCCCAGTGAACCGAAAGAACGAGGAGACTTTAATCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACGAGGAGAGCGAAAGGTCTGCAGATTCAAGCTTGAATGGCTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120436 GAACGAGGAGAGCGAAAGGTCTGCAGATTCAAGCTTGAATGGCTGGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTGCTCTGGATTAAATGATGAAACTTATGGCTACAAAGAGGGCAAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120486 TTGCTCTGGATTAAATGATGAAACTTATGGCTACAAAGAGGGCAAACCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCATTATTATAAAGCTCAACCGAGTTCTAGGCTTCAAACCTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120536 GCATTATTATAAAGCTCAACCGAGTTCTAGGCTTCAAACCTAAGGCA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    CCTCCCAAGAATGAGTCCTTGGAGACTTACCCAGTGATGAAGTATAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123178 TAGCCTCCCAAGAATGAGTCCTTGGAGACTTACCCAGTGATGAAGTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAAATGTCCTTCCCGTTCAGTGCACTGGCAAG         CGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 123228 CCCAAATGTCCTTCCCGTTCAGTGCACTGGCAAGGTA...CAGCGAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGATAAGGATAAAGTTGGAAATGTGGAGTATTTTGGACTGGGCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124470 AAGATAAGGATAAAGTTGGAAATGTGGAGTATTTTGGACTGGGCAACTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTGGTTTTCCTCTGCAGTATTATCCGTACTATGGCAAACTCCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124520 CCTGGTTTTCCTCTGCAGTATTATCCGTACTATGGCAAACTCCTGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAATACCTGCAGCCCCTGCTGGCCGTACAGTTCACCAATCTTACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124570 CAAATACCTGCAGCCCCTGCTGGCCGTACAGTTCACCAATCTTACCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACACTGAAATTCGCATAGAGTGTAAGGCGTACGGTGAGAACATTGGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124620 ACACTGAAATTCGCATAGAGTGTAAGGCGTACGGTGAGAACATTGGGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AGTGAGAAAGACCGTTTTCAGGGACGTTTTGATGTAAAAATTGAAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124670 AGTGAGAAAGACCGTTTTCAGGGACGTTTTGATGTAAAAATTGAAGTTAA

    950 
    906 GAGC
        ||||
 124720 GAGC