seq1 = pF1KB8185.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB8185/gi568815587f_65612378.tfa (gi568815587f:65612378_65819178), 206801 bp

>pF1KB8185 1383
>gi568815587f:65612378_65819178 (Chr11)

12-79  (100001-100068)   100% ->
80-148  (100389-100457)   100% ->
149-285  (100545-100681)   100% ->
286-360  (101216-101290)   100% ->
361-435  (101397-101471)   100% ->
436-684  (102118-102366)   100% ->
685-774  (102444-102533)   100% ->
775-915  (104290-104430)   100% ->
916-1009  (104512-104605)   100% ->
1010-1169  (106213-106372)   100% ->
1170-1251  (106496-106577)   100% ->
1252-1383  (106670-106801)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     12 GGGGGAGATAATCGAGGGCTGCCGCCTACCCGTGCTGCGGCGGAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGGGGAGATAATCGAGGGCTGCCGCCTACCCGTGCTGCGGCGGAACCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     62 ACAACGAAGATGAGTGGC         CCCTGGCCGAGATCCTGAGCGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 ACAACGAAGATGAGTGGCGTG...TAGCCCTGGCCGAGATCCTGAGCGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    103 AAGGACATCAGTGGCCGGAAGCTTTTCTACGTCCATTACATTGACT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100412 AAGGACATCAGTGGCCGGAAGCTTTTCTACGTCCATTACATTGACTGTG.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149      TCAACAAACGTCTGGATGAATGGGTGACGCATGAGCGGCTGGACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100462 ..CAGTCAACAAACGTCTGGATGAATGGGTGACGCATGAGCGGCTGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194 TAAAGAAGATCCAGTTCCCCAAGAAAGAGGCCAAGACCCCCACTAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100590 TAAAGAAGATCCAGTTCCCCAAGAAAGAGGCCAAGACCCCCACTAAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    244 GGACTTCCTGGGTCCCGTCCTGGCTCTCCAGAGAGAGAGGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100640 GGACTTCCTGGGTCCCGTCCTGGCTCTCCAGAGAGAGAGGTGGTG...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286  AAACGGAAGGTGGAGGTGGTTTCACCAGCAACTCCAGTGCCCAGCGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101215 GAAACGGAAGGTGGAGGTGGTTTCACCAGCAACTCCAGTGCCCAGCGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 CAGCCCCGGCCTCGGTTTTTCCCCAG         AATGGAGCCGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101265 CAGCCCCGGCCTCGGTTTTTCCCCAGGTG...CAGAATGGAGCCGCCCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376 AGGGCAGTGGCAGCCCAGCCAGGACGGAAGCGAAAATCGAATTGTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 AGGGCAGTGGCAGCCCAGCCAGGACGGAAGCGAAAATCGAATTGTTTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426 CACTGATGAG         GACTCCCAGGACAGCTCTGATGGAATACCGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101462 CACTGATGAGGTG...CAGGACTCCCAGGACAGCTCTGATGGAATACCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467 CAGCACCACGCATGACTGGCAGCCTGGTGTCTGATCGAAGCCACGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102149 CAGCACCACGCATGACTGGCAGCCTGGTGTCTGATCGAAGCCACGACGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517 ATCGTCACCCGGATGAAGAACATTGAGTGCATTGAGCTGGGCCGGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102199 ATCGTCACCCGGATGAAGAACATTGAGTGCATTGAGCTGGGCCGGCACCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567 CCTCAAGCCGTGGTACTTCTCCCCGTACCCACAGGAACTCACCACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 CCTCAAGCCGTGGTACTTCTCCCCGTACCCACAGGAACTCACCACATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617 CTGTCCTCTACCTGTGCGAGTTCTGCCTCAAGTACGGCCGTAGTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102299 CTGTCCTCTACCTGTGCGAGTTCTGCCTCAAGTACGGCCGTAGTCTCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667 TGTCTTCAGCGTCATTTG         ACCAAGTGTGACCTACGACATCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102349 TGTCTTCAGCGTCATTTGGTA...CAGACCAAGTGTGACCTACGACATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    708 TCCAGGCAATGAGATTTACCGCAAGGGCACCATCTCCTTCTTTGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102467 TCCAGGCAATGAGATTTACCGCAAGGGCACCATCTCCTTCTTTGAGATTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758 ATGGACGTAAGAACAAG         AGTTATTCCCAGAACCTGTGTCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102517 ATGGACGTAAGAACAAGGTT...CAGAGTTATTCCCAGAACCTGTGTCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799 TTGGCCAAGTGTTTCCTTGACCATAAGACACTGTACTATGACACAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104314 TTGGCCAAGTGTTTCCTTGACCATAAGACACTGTACTATGACACAGACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849 TTTCCTCTTCTACGTCATGACAGAGTATGACTGTAAGGGCTTCCACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104364 TTTCCTCTTCTACGTCATGACAGAGTATGACTGTAAGGGCTTCCACATCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899 TGGGCTACTTCTCCAAG         GAGAAAGAATCAACGGAAGACTAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104414 TGGGCTACTTCTCCAAGGTC...CAGGAGAAAGAATCAACGGAAGACTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 AATGTGGCCTGCATCCTAACCCTGCCTCCCTACCAGCGCCGGGGCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104536 AATGTGGCCTGCATCCTAACCCTGCCTCCCTACCAGCGCCGGGGCTACGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 CAAGCTGCTGATCGAGTTCA         GCTATGAACTCTCCAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104586 CAAGCTGCTGATCGAGTTCAGTG...TAGGCTATGAACTCTCCAAAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031 AAGGGAAAACAGGGACCCCTGAGAAGCCCCTCTCAGACCTTGGCCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106234 AAGGGAAAACAGGGACCCCTGAGAAGCCCCTCTCAGACCTTGGCCTCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081 TCCTATCGAAGCTACTGGTCCCAGACCATCCTGGAGATCCTGATGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106284 TCCTATCGAAGCTACTGGTCCCAGACCATCCTGGAGATCCTGATGGGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 GAAGTCGGAGAGCGGGGAGAGGCCACAGATCACCATCAA         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 106334 GAAGTCGGAGAGCGGGGAGAGGCCACAGATCACCATCAAGTG...CAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172 AGATTAGTGAAATCACCAGCATCAAGAAGGAGGATGTCATCTCCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106498 AGATTAGTGAAATCACCAGCATCAAGAAGGAGGATGTCATCTCCACTCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222 CAGTACCTCAATCTCATCAACTACTACAAG         GGCCAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106548 CAGTACCTCAATCTCATCAACTACTACAAGGTA...CAGGGCCAGTACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263 CCTCACACTGTCAGAGGACATCGTGGATGGCCATGAGCGGGCCATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106681 CCTCACACTGTCAGAGGACATCGTGGATGGCCATGAGCGGGCCATGCTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313 AGCGGCTCCTGCGGATCGACTCCAAGTGTCTGCACTTCACTCCCAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106731 AGCGGCTCCTGCGGATCGACTCCAAGTGTCTGCACTTCACTCCCAAGGAC

   1450     .    :    .    :
   1363 TGGAGCAAGAGGGGGAAGTGG
        |||||||||||||||||||||
 106781 TGGAGCAAGAGGGGGAAGTGG