seq1 = pF1KB8174.tfa, 1689 bp
seq2 = pF1KB8174/gi568815597f_28583613.tfa (gi568815597f:28583613_28814770), 231158 bp

>pF1KB8174 1689
>gi568815597f:28583613_28814770 (Chr1)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-211  (106492-106574)   100% ->
212-336  (107973-108097)   100% ->
337-440  (109330-109433)   100% ->
441-598  (113315-113472)   100% ->
599-730  (118826-118957)   100% ->
731-868  (120580-120717)   100% ->
869-991  (126908-127030)   100% ->
992-1689  (130461-131158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAATGCAGAAGTGAGTGTCCCAGTGGGGGATGTGGTTGTGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAATGCAGAAGTGAGTGTCCCAGTGGGGGATGTGGTTGTGGTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACTGAAGGAAATGAAGGGGAGAATCCTGAAGACACTAAAACCCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACTGAAGGAAATGAAGGGGAGAATCCTGAAGACACTAAAACCCAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGCAGTTACAGCCTGTGCAACAAGG         GATTTATGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TTTTGCAGTTACAGCCTGTGCAACAAGGGTA...CAGGATTTATGAAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGTCGGAGAACAACACGGCAGTTGTAGCAGTAGAAACTCACACGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106505 GGGTCGGAGAACAACACGGCAGTTGTAGCAGTAGAAACTCACACGATACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAAATTGAAGAAGGGATTG         ATACAGGCACTATAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106555 CAAAATTGAAGAAGGGATTGGTA...CAGATACAGGCACTATAGAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGAGGATATGGAAATTGCTTACCCCATAACTTGTGGGGAGAGCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107994 ATGAGGATATGGAAATTGCTTACCCCATAACTTGTGGGGAGAGCAAAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCTCCTCTGGAAGAAGTTTGTATGTCCAGGAATAAACGTGAAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 ATCCTCCTCTGGAAGAAGTTTGTATGTCCAGGAATAAACGTGAAGTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAG         TTCAATGATCAGTTGATCAGCCCCAAGCACTTTGTTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 CAAGGTA...TAGTTCAATGATCAGTTGATCAGCCCCAAGCACTTTGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCTGGCTGGCAAGTCCACTCTGAAGGACTGGAAGAGAGCTATTCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 ATCTGGCTGGCAAGTCCACTCTGAAGGACTGGAAGAGAGCTATTCGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTGGGATCATGCTCAG         GAAAATGATGGACTCCGGACAGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109417 GGTGGGATCATGCTCAGGTA...CAGGAAAATGATGGACTCCGGACAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATTTTTACCAACATGACAAAGTTTGCTCCAATACCTGCAGAAGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113339 TGATTTTTACCAACATGACAAAGTTTGCTCCAATACCTGCAGAAGCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATTTGATCTTCTGATCAGCAGTGCAAGAGCTCCAGTGCCAGGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113389 AATTTGATCTTCTGATCAGCAGTGCAAGAGCTCCAGTGCCAGGACAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAAGTGTGGTGCAGACACCCACTTCGGCTGATG         GTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113439 ACAAGTGTGGTGCAGACACCCACTTCGGCTGATGGTA...TAGGTAGCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACGCAGATTGCCATCTCAGAAGAGAGCATGGAAGAGGCAGGGCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118833 CACGCAGATTGCCATCTCAGAAGAGAGCATGGAAGAGGCAGGGCTGGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAACTCAGCTCTCACCGCTGCTGTCACCATGGCCACGGAGGAGGGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118883 GGAACTCAGCTCTCACCGCTGCTGTCACCATGGCCACGGAGGAGGGTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGAAAGACTCAGAGGAAATTTCAG         AGGACACTTTGATGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118933 AAGAAAGACTCAGAGGAAATTTCAGGTA...CAGAGGACACTTTGATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGGAAAGGAATAGCTGATGTAGGGCTGATGGAAGAGGTTGTCTGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120596 CTGGAAAGGAATAGCTGATGTAGGGCTGATGGAAGAGGTTGTCTGCAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACAGAAGGAAATAGAGGAGCTACTCAGGGGAGTTCAGCAGCGGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120646 TACAGAAGGAAATAGAGGAGCTACTCAGGGGAGTTCAGCAGCGGCTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGCTCCCTTCCAAGTCACAG         ATGCTGCTGTTCTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120696 CAGGCTCCCTTCCAAGTCACAGGTA...TAGATGCTGCTGTTCTCAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTAGCACACACATTTGGCCTAATGGACACAGTCAAGAAGGTTTTAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126927 TGTAGCACACACATTTGGCCTAATGGACACAGTCAAGAAGGTTTTAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACAGAAGGAACCAAGTAGAGCAGGGAGAAGAACAGTTTCTCTATACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126977 ACAGAAGGAACCAAGTAGAGCAGGGAGAAGAACAGTTTCTCTATACTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACAG         ACTTGGAACGCCAGTTGGAGGAGCAGAAGAAGCAAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127027 ACAGGTA...TAGACTTGGAACGCCAGTTGGAGGAGCAGAAGAAGCAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGGATCACAGGCTGAAATCTCAGACAGTTCAAAATGTGGTACTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130498 CCAGGATCACAGGCTGAAATCTCAGACAGTTCAAAATGTGGTACTGATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTGAGCACTCCTAAGCCTCCAAAAAGGCCCCGGCTCCAGCGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130548 CTGTGAGCACTCCTAAGCCTCCAAAAAGGCCCCGGCTCCAGCGGCCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCACCACTGTCTTGAGCCCTTCTCCTCCTGTCCAGCAGCCTCAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130598 TCCACCACTGTCTTGAGCCCTTCTCCTCCTGTCCAGCAGCCTCAGTTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTCATCTCACCCATCACCATCACCCCAGTGGGTCAGTCATTTTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130648 AGTCATCTCACCCATCACCATCACCCCAGTGGGTCAGTCATTTTCCATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCAATATTCCAGTGGCCACCCTCAGCCAGGGCTCCAGTCCTGTGACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130698 GCAATATTCCAGTGGCCACCCTCAGCCAGGGCTCCAGTCCTGTGACTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CACACACTGCCTTCTGGCCCTCAGCTCTTCCGCTATGCCACAGTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130748 CACACACTGCCTTCTGGCCCTCAGCTCTTCCGCTATGCCACAGTGGTCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTCTGCCAAGAGCAGCTCACCAGACACAGTGACCATCCACCCTTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130798 CTCTGCCAAGAGCAGCTCACCAGACACAGTGACCATCCACCCTTCATCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCTTGGCGCTGCTGAGCTCTACTGCCATGCAGGATGGGAGTACACTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130848 GCTTGGCGCTGCTGAGCTCTACTGCCATGCAGGATGGGAGTACACTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AACATGACCACCATGGTTAGCCCTGTGGAATTGGTGGCCATGGAGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130898 AACATGACCACCATGGTTAGCCCTGTGGAATTGGTGGCCATGGAGTCCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCTAACCTCGGCAATTCAGGCTGTTGAAAGCACCTCAGAGGATGGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130948 CCTAACCTCGGCAATTCAGGCTGTTGAAAGCACCTCAGAGGATGGGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCATCATTGAGATTGATCCAGCCCCGGACCCAGAAGCTGAAGATACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130998 CCATCATTGAGATTGATCCAGCCCCGGACCCAGAAGCTGAAGATACTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGCAAAGCAGTCATCTTGGAGACAGAGCTGAGGACTGAGGAGAAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131048 GGCAAAGCAGTCATCTTGGAGACAGAGCTGAGGACTGAGGAGAAAGTTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GGCTGAGATGGAAGAACACCAGCATCAAGTTCACAATGTGGAGATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131098 GGCTGAGATGGAAGAACACCAGCATCAAGTTCACAATGTGGAGATTGTGG

   1750     .    :
   1679 TCTTAGAGGAT
        |||||||||||
 131148 TCTTAGAGGAT