seq1 = pF1KB8157.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB8157/gi568815595f_52586769.tfa (gi568815595f:52586769_52794272), 207504 bp

>pF1KB8157 1647
>gi568815595f:52586769_52794272 (Chr3)

14-72  (100001-100059)   100% ->
73-210  (100478-100615)   99% ->
211-324  (100734-100847)   100% ->
325-408  (101341-101424)   100% ->
409-541  (102306-102438)   100% ->
542-654  (103824-103936)   100% ->
655-781  (104177-104303)   100% ->
782-869  (104774-104861)   100% ->
870-1044  (106104-106278)   100% ->
1045-1187  (106419-106561)   99% ->
1188-1324  (106640-106776)   100% ->
1325-1500  (106864-107039)   100% ->
1501-1567  (107269-107335)   100% ->
1568-1647  (107425-107504)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGTTAAAGAAAGCAAGTAAACGCATGACCTGCCATAAGCGGTATAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTTAAAGAAAGCAAGTAAACGCATGACCTGCCATAAGCGGTATAAAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 CAAAAAAAG         GTTCGAGAACATCATCGAAAATTAAGAAAGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAAAAAGGTA...TAGGTTCGAGAACATCATCGAAAATTAAGAAAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 GGCTAAAAAGCAGGGTCACAAGAAGCCTAGGAAAGACCCAGGAGTTCCAA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 GGCTAAAAAGCGGGGTCACAAGAAGCCTAGGAAAGACCCAGGAGTTCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 ACAGTGCTCCCTTTAAGGAGGCTCTTCTTAGGGAAGCTGAGCTAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 ACAGTGCTCCCTTTAAGGAGGCTCTTCTTAGGGAAGCTGAGCTAAGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 CAGAGG         CTTGAAGAACTAAAACAGCAGCAGAAACTTGACAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 CAGAGGGTA...CAGCTTGAAGAACTAAAACAGCAGCAGAAACTTGACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 GCAGAAGGAACTAGAAAAGAAAAGAAAACTTGAAACTAATCCTGATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100769 GCAGAAGGAACTAGAAAAGAAAAGAAAACTTGAAACTAATCCTGATATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 AGCCATCAAATGTGGAACCTATGGAAAAG         GAGTTTGGGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100819 AGCCATCAAATGTGGAACCTATGGAAAAGGTA...TAGGAGTTTGGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 TGCAAAACTGAGAACAAAGCCAAGTCGGGCAAACAGAATTCAAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101353 TGCAAAACTGAGAACAAAGCCAAGTCGGGCAAACAGAATTCAAAGAAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 GTACTGCCAAGAACTTAAAAAG         GTGATTGAAGCCTCCGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101403 GTACTGCCAAGAACTTAAAAAGGTA...TAGGTGATTGAAGCCTCCGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    428 TTGTCCTAGAGGTGTTGGATGCCAGAGATCCTCTTGGTTGCAGATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102325 TTGTCCTAGAGGTGTTGGATGCCAGAGATCCTCTTGGTTGCAGATGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 CAGGTAGAAGAGGCCATTGTCCAGAGTGGACAGAAAAAGCTGGTACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102375 CAGGTAGAAGAGGCCATTGTCCAGAGTGGACAGAAAAAGCTGGTACTTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 ATTAAATAAATCAG         ATCTGGTACCAAAGGAGAATTTGGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102425 ATTAAATAAATCAGGTG...CAGATCTGGTACCAAAGGAGAATTTGGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 GCTGGCTAAATTATTTGAAGAAAGAATTGCCAACAGTGGTGTTCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 GCTGGCTAAATTATTTGAAGAAAGAATTGCCAACAGTGGTGTTCAGAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 TCAACAAAACCAAAGGATAAAGGGAAGATAACCAAG         CGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103901 TCAACAAAACCAAAGGATAAAGGGAAGATAACCAAGGTA...TAGCGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660 GAAGGCAAAGAAGAATGCTGCTCCATTCAGAAGTGAAGTCTGCTTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104182 GAAGGCAAAGAAGAATGCTGCTCCATTCAGAAGTGAAGTCTGCTTTGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 AAGAGGGCCTTTGGAAACTTCTTGGAGGTTTTCAGGAAACTTGCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104232 AAGAGGGCCTTTGGAAACTTCTTGGAGGTTTTCAGGAAACTTGCAGCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 GCCATTCGGGTTGGAGTAATTG         GTTTCCCAAATGTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 104282 GCCATTCGGGTTGGAGTAATTGGTG...TAGGTTTCCCAAATGTGGGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAGCAGCATTATCAATAGCTTAAAACAAGAACAGATGTGTAATGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104793 AAGCAGCATTATCAATAGCTTAAAACAAGAACAGATGTGTAATGTTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATCCATGGGGCTTACAAG         GAGCATGCAAGTTGTCCCCTTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104843 TATCCATGGGGCTTACAAGGTA...CAGGAGCATGCAAGTTGTCCCCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACAAACAGATCACAATCATAGATAGTCCGAGCTTCATCGTATCTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106126 GACAAACAGATCACAATCATAGATAGTCCGAGCTTCATCGTATCTCCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TAATTCCTCCTCTGCGCTTGCTCTGCGAAGTCCAGCAAGTATTGAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106176 TAATTCCTCCTCTGCGCTTGCTCTGCGAAGTCCAGCAAGTATTGAAGTAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TAAAACCGATGGAGGCTGCCAGTGCCATCCTTTCCCAGGCTGATGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106226 TAAAACCGATGGAGGCTGCCAGTGCCATCCTTTCCCAGGCTGATGCTCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAG         GTAGTACTGAAATATACTGTCCCAGGCTACAGGAATTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106276 CAGGTA...AAGGTAGTACTGAAATATACTGTCCCAGGCTACAGGAATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCTGGAATTTTTTACTATGCTTGCTCAGAGAAGAGGTATGCACCAAAAAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 106457 TCTGGAATTTTTTACTGTGCTTGCTCAGAGAAGAGGTATGCACCAAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGGAATCCCAAATGTTGAAGGTGCTGCCAAACTGCTGTGGTCTGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106507 GTGGAATCCCAAATGTTGAAGGTGCTGCCAAACTGCTGTGGTCTGAGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACAGG         TGCCTCATTAGCTTACTATTGCCATCCCCCTACATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106557 ACAGGGTA...CAGTGCCTCATTAGCTTACTATTGCCATCCCCCTACATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TTGGACTCCTCCTCCATATTTTAATGAGAGTATTGTGGTAGACATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106676 TTGGACTCCTCCTCCATATTTTAATGAGAGTATTGTGGTAGACATGAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCGGCTTCAATCTGGAAGAACTGGAAAAGAACAATGCACAGAGCATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106726 GCGGCTTCAATCTGGAAGAACTGGAAAAGAACAATGCACAGAGCATAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 G         CCATCAAGGGCCCTCATTTGGCCAATAGCATCCTTTTCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106776 GGTG...CAGCCATCAAGGGCCCTCATTTGGCCAATAGCATCCTTTTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTCTTCCGGTCTGACAAATGGAATAATAGAAGAAAAGGACATACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106904 GTCTTCCGGTCTGACAAATGGAATAATAGAAGAAAAGGACATACATGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 AATTGCCAAAACGGAAAGAAAGGAAGCAGGAGGAGAGGGAGGATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106954 AATTGCCAAAACGGAAAGAAAGGAAGCAGGAGGAGAGGGAGGATGACAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GACAGTGACCAGGAAACTGTTGATGAAGAAGTTGAT         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107004 GACAGTGACCAGGAAACTGTTGATGAAGAAGTTGATGTA...CAGGAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CAGCTCAGGCATGTTTGCTGCAGAAGAGACAGGGGAGGCACTGTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107274 CAGCTCAGGCATGTTTGCTGCAGAAGAGACAGGGGAGGCACTGTCTGAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGACTACAGCAG         GTCAACAGTCTACAAGGTCTTTTATCTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|| ||||||||||||||||||||||||||
 107324 AGACTACAGCAGGTG...TAGGTGAACAGTCTACAAGGTCTTTTATCTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GATAAAATCATTGAAGAGGATGATGCTTATGACTTCAGTACAGATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 GATAAAATCATTGAAGAGGATGATGCTTATGACTTCAGTACAGATTATGT

   1750 
   1647 G
        |
 107504 G