seq1 = pF1KB8121.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KB8121/gi568815585f_52542493.tfa (gi568815585f:52542493_52743452), 200960 bp

>pF1KB8121 960
>gi568815585f:52542493_52743452 (Chr13)

1-960  (100001-100960)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTAAGTCAGAGTCTCCTAAAGAGCCCGAACAGCTGAGGAAGCTCTT
        ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTAAGTCAGCGTCTCCAAAAGAGCCCGAACAGCTGAGGAAGCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGGAGGGTTGAGCTTTGAAACAACTGATGAGAGCCTGAGGAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTGGAGGGTTGAGCTTTGAAACAACTGATGAGAGCCTGAGGAGCCATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAGCAATGGGGAACGCTCACGGACTGTGTGGTAATGAGAGATCCAAAC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGAGCAATGGGGAACGCTCACAGACTGTGTGGTAATGAGAGATCCAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAAGCGCTCCAGGGGCTTTGGGTTTGTCACATATGCCACTGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAAGCGCTCCAGGGGCTTTGGGTTTGTCACATATGCCACTGTGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGGATGCAGCTATGAATGCAAGGCCACACAAGGTGGATGGAAGAGTTG
        ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGGATGCAGCTATGAATACAACGCCACACAAGGTGGATGGAAGAGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAACCAAAGAGAGCTGTCTCCAGAGAAGATTCTCAAAGACCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAACCAAAGAGAGCTGTCTCCAGAGAAGATTCTCAAAGACCAGGTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTTAACTGTGAAAAAGATATTTGTTGGTGGCATTAAAGAAGACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTTAACTGTGAAAAAGATATTTGTTGGTGGCATTAAAGAAGACACTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAACATCACCTAAGAGATTATTTTGAACAGTATGGAAAAATTGAAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100351 AGAACATCACCTAAGAGATTATTTTGAACAGTATGGAAAAATTGAAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGAAATCATGACTGACCGAGGCAGTGGCAAGAAAAGGGGCTTTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGAAATCATGACTGACCGAGGCAGTGGCAAGAAAAGGGGCTTTGCCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTAACCTTTGACGACCATGACTCCGTGGATAAGATTGTCATTCAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTAACCTTTGACGACCATGACTCCGTGGATAAGATTGTCATTCAGAAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCATACTGTGAATGGCCACAACTGTGAAGTTAGAAAAGCCCTGTCAAAGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100501 CCATACTGTGAAGGGCCACAACTGTGAAGTTAGAAAAGCCCTGCCAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGAGATGGCTAGTGCTTCATCCAGCCAAAGAGGTCGAAGTGGTTCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100551 AAGAGATGGCTAGTGCTTCATCCAGCCAAAGAGGTCGAAGGGGTTCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACTTTGGTGGTGGTCGTGGAGGTGGTTTCGGTGGGAATGACAACTTCGG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
 100601 AACTTTGGTGGTGGTCGTGGAGATGGTTTCGGTGGGAATGACAACTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCGTGGAGGAAACTTCAGTGGTCGTGGTGGCTTTGGTGGCAGCCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100651 TCGTGGAGGAAACTTCAGTGGTCGTGGTGGCTTTGGTGGCAGCTGTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGTGGATATGGTGGCAGTGGGGATGGCTATAATGGATTTGGTAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGTGGATATGGTGGCAGTGGGGATGGCTATAATGGATTTGGTAATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGAAGCAATTTTGGAGGTGGTGGAAGCTACAATGATTTTGGGAATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100751 GGAAGCAATTTTGGAGGTGGTGGAAGCTACAATGATTTTGGCAATTACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAATCAGTCTTCAAATTTTGGACCCATGAAGGGAGGAAATTTTGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAATCAGTCTTCAAATTTTGGACCCATGAAGGGAGGAAATTTTGGAGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GAAGCTCTGGCCCCTATGGCGGTGGAGGCCAATACTTTGCAAAACCACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100851 GAAGCTCTGGCCCCTATGGCGGTGGAGGCCAATACTTTGCAAAACCACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACCAAGGTGGCTATGGCGGTTCCAGCAGCAGCAGTAGCTATGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACCAAGGTGGCTATGGCGTTTCCAGCAGCAGCAGTAGCTATGGCAGTGG

    950     .    :
    951 CAGAAGATTT
        ||||||||||
 100951 CAGAAGATTT