seq1 = pF1KB8112.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KB8112/gi568815586r_93310042.tfa (gi568815586r:93310042_93511301), 201260 bp

>pF1KB8112 456
>gi568815586r:93310042_93511301 (Chr12)

(complement)

1-30  (69418-69447)   100% ->
31-277  (100003-100249)   100% ->
278-418  (100428-100568)   100% ->
419-456  (101223-101260)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGCTGCCCCGCAGGATCATCAAG         GAAACCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  69418 ATGGCCGGGCTGCCCCGCAGGATCATCAAGGTA...TAGGAAACCCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTGCTGGCAGAACCAGTTCCTGGCATCAAAGCCGAACCAGATGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 TTTGCTGGCAGAACCAGTTCCTGGCATCAAAGCCGAACCAGATGAGAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGCCCGTTATTTTCATGTGGTCATTGCTGGCCCTCAGGATTCCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 ACGCCCGTTATTTTCATGTGGTCATTGCTGGCCCTCAGGATTCCCCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGGAGGGACTTTTAAACTTGAACTATTCCTTCCAGAAGAATACCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 GAGGGAGGGACTTTTAAACTTGAACTATTCCTTCCAGAAGAATACCCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAGCCCCTAAAGTACGTTTCATGACCAAAATTTATCATCCTAATGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 GGCAGCCCCTAAAGTACGTTTCATGACCAAAATTTATCATCCTAATGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGTTGGGAAGAATATGTTTAGATATTTTGAAAG         ATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100214 ACAAGTTGGGAAGAATATGTTTAGATATTTTGAAAGGTA...TAGATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGTCCCCAGCACTGCAGATCCGCACAGTTCTGCTATCGATCCAGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100433 TGGTCCCCAGCACTGCAGATCCGCACAGTTCTGCTATCGATCCAGGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTAAGTGCTCCCAATCCAGATGATCCATTAGCAAATGATGTAGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100483 GTTAAGTGCTCCCAATCCAGATGATCCATTAGCAAATGATGTAGCGGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGGAAGACCAACGAAGCCCAAGCCATAGAAACAG         CTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100533 AGTGGAAGACCAACGAAGCCCAAGCCATAGAAACAGGTA...CAGCTAGA

    450     .    :    .    :    .    :
    424 GCATGGACTAGGCTATATGCCATGAATAATATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 GCATGGACTAGGCTATATGCCATGAATAATATT