seq1 = pF1KB8111.tfa, 1668 bp
seq2 = pF1KB8111/gi568815582f_2457702.tfa (gi568815582f:2457702_2697764), 240063 bp

>pF1KB8111 1668
>gi568815582f:2457702_2697764 (Chr16)

1-24  (80412-80435)   100% ->
25-285  (100002-100262)   100% ->
286-328  (103779-103821)   100% ->
329-466  (104070-104207)   100% ->
467-611  (107852-107996)   100% ->
612-709  (108655-108752)   100% ->
710-785  (119724-119799)   100% ->
786-854  (123594-123662)   100% ->
855-951  (123906-124002)   100% ->
952-1125  (125711-125884)   100% ->
1126-1343  (128975-129192)   100% ->
1344-1401  (138092-138149)   100% ->
1402-1554  (139422-139574)   100% ->
1555-1668  (139950-140063)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGGACCACCAGCCAGCTG         TATGACGCCGTGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  80412 ATGGCCAGGACCACCAGCCAGCTGGTG...TAGTATGACGCCGTGCCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGTCCAGCGTGGTGTTATGTTCCTGCCCATCCCCATCAATGGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 CCAGTCCAGCGTGGTGTTATGTTCCTGCCCATCCCCATCAATGGTGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCAGACTGAGTCCAGCACGCCCCCTGGCATTCCTGGTGGCAGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 CCCAGACTGAGTCCAGCACGCCCCCTGGCATTCCTGGTGGCAGCAGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCCCGCCATGGACGGCACTGCAGCCGAGCCTCGGCCCGGCGCCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 GGCCCCGCCATGGACGGCACTGCAGCCGAGCCTCGGCCCGGCGCCGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGCAGCATGCCCAGCCTCCGCCGCAGCCTCGGAAGAAGCGGCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 CCTGCAGCATGCCCAGCCTCCGCCGCAGCCTCGGAAGAAGCGGCCTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCAAGTTTGGGAAAATCCTTGGGGAAGGCTCTTTTTCCACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100219 ACTTCAAGTTTGGGAAAATCCTTGGGGAAGGCTCTTTTTCCACGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    GTTGTCCTGGCTCGAGAACTGGCAACCTCCAGAGAATATGCGA    
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103776 CAGGTTGTCCTGGCTCGAGAACTGGCAACCTCCAGAGAATATGCGAGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      TTAAAATTCTGGAGAAGCGACATATCATAAAAGAGAACAAGGTCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103826 ..AAGTTAAAATTCTGGAGAAGCGACATATCATAAAAGAGAACAAGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTATGTAACCAGAGAGCGGGATGTCATGTCGCGCCTGGATCACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104115 CCTATGTAACCAGAGAGCGGGATGTCATGTCGCGCCTGGATCACCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTGTTAAGCTTTACTTCACATTTCAGGACGACGAGAAGCTGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104165 TTTGTTAAGCTTTACTTCACATTTCAGGACGACGAGAAGCTGTGTA...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    467   ATTTCGGCCTTAGTTATGCCAAAAATGGAGAACTACTTAAATATATTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107850 AGATTTCGGCCTTAGTTATGCCAAAAATGGAGAACTACTTAAATATATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCAAAATCGGTTCATTCGATGAGACCTGTACCCGATTTTACACGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107900 GCAAAATCGGTTCATTCGATGAGACCTGTACCCGATTTTACACGGCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGTGTCTGCTTTAGAGTACTTGCACGGCAAGGGCATCATTCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107950 ATTGTGTCTGCTTTAGAGTACTTGCACGGCAAGGGCATCATTCACAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612       GGACCTTAAACCGGAAAACATTTTGTTAAATGAAGATATGCACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108000 ...CAGGGACCTTAAACCGGAAAACATTTTGTTAAATGAAGATATGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCAGATCACAGATTTTGGAACAGCAAAAGTCTTATCCCCAGAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108699 TCCAGATCACAGATTTTGGAACAGCAAAAGTCTTATCCCCAGAGAGCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAG         CCAGGGCCAACTCATTCGTGGGAACAGCGCAGTACGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108749 CAAGGTG...CAGCCAGGGCCAACTCATTCGTGGGAACAGCGCAGTACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCTCCAGAGCTGCTCACGGAGAAGTCCGCCTGTAAGAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119761 TTCTCCAGAGCTGCTCACGGAGAAGTCCGCCTGTAAGAGGTA...AAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGACCTTTGGGCTCTTGGATGCATAATATACCAGCTTGTGGCAGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123596 CAGACCTTTGGGCTCTTGGATGCATAATATACCAGCTTGTGGCAGGACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCACCATTCCGAGCTGG         AAACGAGTATCTTATATTTCAGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123646 CCACCATTCCGAGCTGGGTA...CAGAAACGAGTATCTTATATTTCAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATCATTAAGTTGGAATATGACTTTCCAGAAAAATTCTTCCCTAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123930 GATCATTAAGTTGGAATATGACTTTCCAGAAAAATTCTTCCCTAAGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGACCTCGTGGAGAAACTTTTG         GTTTTAGATGCCACAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 123980 GAGACCTCGTGGAGAAACTTTTGGTA...AAGGTTTTAGATGCCACAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGGTTAGGCTGTGAGGAAATGGAAGGATACGGACCTCTTAAAGCACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125729 CGGTTAGGCTGTGAGGAAATGGAAGGATACGGACCTCTTAAAGCACACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTTCTTCGAGTCCGTCACGTGGGAGAACCTGCACCAGCAGACGCCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125779 GTTCTTCGAGTCCGTCACGTGGGAGAACCTGCACCAGCAGACGCCTCCGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTCACCGCTTACCTGCCGGCTATGTCGGAAGACGACGAGGACTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125829 AGCTCACCGCTTACCTGCCGGCTATGTCGGAAGACGACGAGGACTGCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCAAT         TATGACAATCTCCTGAGCCAGTTTGGCTGCATGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125879 GGCAATGTA...CAGTATGACAATCTCCTGAGCCAGTTTGGCTGCATGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGTGTCTTCGTCCTCCTCCTCACACTCCCTGTCAGCCTCCGACACGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129010 GGTGTCTTCGTCCTCCTCCTCACACTCCCTGTCAGCCTCCGACACGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCCCCAGAGGTCAGGCAGCAACATAGAGCAGTACATTCACGATCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129060 TGCCCCAGAGGTCAGGCAGCAACATAGAGCAGTACATTCACGATCTGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCGAACTCCTTTGAACTGGACTTACAGTTTTCCGAAGATGAGAAGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129110 TCGAACTCCTTTGAACTGGACTTACAGTTTTCCGAAGATGAGAAGAGGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GTTGTTGGAGAAGCAGGCTGGCGGAAACCCTTG         GCACCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 129160 GTTGTTGGAGAAGCAGGCTGGCGGAAACCCTTGGTA...CAGGCACCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTGTAGAAAATAATTTAATACTAAAGATGGGCCCAGTGGATAAGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138100 TTGTAGAAAATAATTTAATACTAAAGATGGGCCCAGTGGATAAGCGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402          GGTTTATTTGCAAGACGACGACAGCTGTTGCTCACAGAAGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138150 GTG...CAGGGTTTATTTGCAAGACGACGACAGCTGTTGCTCACAGAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACCACATTTATATTATGTGGATCCTGTCAACAAAGTTCTGAAAGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139463 ACCACATTTATATTATGTGGATCCTGTCAACAAAGTTCTGAAAGGTGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTCCTTGGTCACAAGAACTTCGACCAGAGGCCAAGAATTTTAAAACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139513 TTCCTTGGTCACAAGAACTTCGACCAGAGGCCAAGAATTTTAAAACTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTTGTCCACACG         CCTAACAGGACGTATTATCTGATGGACCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 139563 TTTGTCCACACGGTG...CAGCCTAACAGGACGTATTATCTGATGGACCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAGCGGGAACGCACACAAGTGGTGCAGGAAGATCCAGGAGGTTTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139979 CAGCGGGAACGCACACAAGTGGTGCAGGAAGATCCAGGAGGTTTGGAGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1634 AGCGATACCAGAGCCACCCGGACGCCGCTGTGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140029 AGCGATACCAGAGCCACCCGGACGCCGCTGTGCAG