seq1 = pF1KB8108.tfa, 1434 bp
seq2 = pF1KB8108/gi568815586f_95374180.tfa (gi568815586f:95374180_95613901), 239722 bp

>pF1KB8108 1434
>gi568815586f:95374180_95613901 (Chr12)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-259  (101892-101999)   100% ->
260-325  (109036-109101)   100% ->
326-428  (111700-111802)   100% ->
429-590  (119877-120038)   100% ->
591-772  (120778-120959)   100% ->
773-867  (121825-121919)   100% ->
868-964  (129886-129982)   100% ->
965-1068  (137716-137819)   100% ->
1069-1184  (138622-138737)   100% ->
1185-1434  (139473-139722)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTGTGGAGGAGGTAGCGGCCTCCGGGAGCCACCTGAATGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTGTGGAGGAGGTAGCGGCCTCCGGGAGCCACCTGAATGGCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGATCCAGACGACAGGGAAGAAGGAGCTGCCTCTACGGCTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGATCCAGACGACAGGGAAGAAGGAGCTGCCTCTACGGCTGAGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCAAGAAAAAAAGACGAAAGAAGAAGAAGAGCAAAGGGCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCCAAGAAAAAAAGACGAAAGAAGAAGAAGAGCAAAGGGCCTTCTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         CAGGGGAACAGGAACCTGATAAAGAATCAGGAGCCTCAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTA...CAGCAGGGGAACAGGAACCTGATAAAGAATCAGGAGCCTCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGAAGTAGCAAGACAGTTGGAAAGATCAGCATTGGAAGATAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101932 GGATGAAGTAGCAAGACAGTTGGAAAGATCAGCATTGGAAGATAAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGATGAAGATGATGAAG         ATGGAGATGGCGATGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101982 GAGATGAAGATGATGAAGGTA...TAGATGGAGATGGCGATGGAGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAACTGGAAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAGGAC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109059 GCAACTGGAAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAGGACGTT...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   CAAAAGTTCAAACAGACCCTCCCTCAGTTCCAATATGTGACCTGTATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111698 AGCAAAAGTTCAAACAGACCCTCCCTCAGTTCCAATATGTGACCTGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTAATGGTGTATTTCCCAAAGGACAAGAATGCGAATACCCACCCACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111748 CTAATGGTGTATTTCCCAAAGGACAAGAATGCGAATACCCACCCACACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGG         GCGAACAGCTGCTTGGAGAACTACAAGTGAAGAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111798 GATGGGTA...AAGGCGAACAGCTGCTTGGAGAACTACAAGTGAAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAGCATTAGATCAGGCAAGTGAAGAGATTTGGAATGATTTTCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119913 GAAAGCATTAGATCAGGCAAGTGAAGAGATTTGGAATGATTTTCGAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCAGAAGCACATCGACAAGTTAGAAAATACGTAATGAGCTGGATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119963 CTGCAGAAGCACATCGACAAGTTAGAAAATACGTAATGAGCTGGATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGGGATGACAATGATAGAAATCTG         TGAAAAGTTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120013 CCTGGGATGACAATGATAGAAATCTGGTA...TAGTGAAAAGTTGGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGTTCACGCAAGTTAATAAAAGAGAATGGATTAAATGCAGGCCTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120793 CTGTTCACGCAAGTTAATAAAAGAGAATGGATTAAATGCAGGCCTGGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCCTACTGGATGTTCTCTCAATAATTGTGCTGCCCATTATACTCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120843 TTCCTACTGGATGTTCTCTCAATAATTGTGCTGCCCATTATACTCCCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCGGTGACACAACAGTATTACAGTATGATGACATCTGTAAAATAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120893 GCCGGTGACACAACAGTATTACAGTATGATGACATCTGTAAAATAGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAACACATATAAGTG         GTAGGATTATTGACTGTGCTTTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 120943 TGGAACACATATAAGTGGTA...CAGGTAGGATTATTGACTGTGCTTTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGTCACTTTTAATCCCAAATATGATACGTTATTAAAAGCTGTAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121849 CTGTCACTTTTAATCCCAAATATGATACGTTATTAAAAGCTGTAAAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTACTAACACTGGAATAAAG         TGTGCTGGAATTGATGTTCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121899 GCTACTAACACTGGAATAAAGGTA...TAGTGTGCTGGAATTGATGTTCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTGTGTGATGTTGGTGAGGCCATCCAAGAAGTTATGGAGTCCTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129906 TCTGTGTGATGTTGGTGAGGCCATCCAAGAAGTTATGGAGTCCTATGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGAAATAGATGGGAAGACATATCAAG         TGAAACCAATCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129956 TTGAAATAGATGGGAAGACATATCAAGGTA...CAGTGAAACCAATCCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATCTAAATGGACATTCAATTGGGCAATATAGAATACATGCTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137730 AATCTAAATGGACATTCAATTGGGCAATATAGAATACATGCTGGAAAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGTGCCGATTGTGAAAGGAGGGGAGGCAACAAGAATGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 137780 AGTGCCGATTGTGAAAGGAGGGGAGGCAACAAGAATGGAGGTA...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGGAGAAGTATATGCAATTGAAACCTTTGGTAGTACAGGAAAAGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138623 AAGGAGAAGTATATGCAATTGAAACCTTTGGTAGTACAGGAAAAGGTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTTCATGATGATATGGAATGTTCACATTACATGAAAAATTTTGATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138673 GTTCATGATGATATGGAATGTTCACATTACATGAAAAATTTTGATGTTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACATGTGCCAATAAG         GCTTCCAAGAACAAAACACTTGTTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 138723 ACATGTGCCAATAAGGTG...TAGGCTTCCAAGAACAAAACACTTGTTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATGTCATCAATGAAAACTTTGGAACCCTTGCCTTCTGCCGCAGATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139499 ATGTCATCAATGAAAACTTTGGAACCCTTGCCTTCTGCCGCAGATGGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GATCGCTTGGGAGAAAGTAAATACTTGATGGCTCTGAAGAATCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139549 GATCGCTTGGGAGAAAGTAAATACTTGATGGCTCTGAAGAATCTGTGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTGGGCATTGTAGATCCATATCCACCATTATGTGACATTAAAGGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139599 CTTGGGCATTGTAGATCCATATCCACCATTATGTGACATTAAAGGATCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATACAGCGCAATTTGAACATACCATCCTGTTGCGTCCAACATGTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139649 ATACAGCGCAATTTGAACATACCATCCTGTTGCGTCCAACATGTAAAGAA

   1500     .    :    .    :
   1411 GTTGTCAGCAGAGGAGATGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||
 139699 GTTGTCAGCAGAGGAGATGACTAT