seq1 = pF1KB8101.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KB8101/gi568815575f_154337255.tfa (gi568815575f:154337255_154542669), 205415 bp

>pF1KB8101 1341
>gi568815575f:154337255_154542669 (ChrX)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-153  (101269-101376)   100% ->
154-253  (101511-101610)   100% ->
254-388  (101752-101886)   100% ->
389-587  (102687-102885)   100% ->
588-719  (103121-103252)   100% ->
720-819  (103842-103941)   100% ->
820-991  (104369-104540)   100% ->
992-1136  (104857-105001)   100% ->
1137-1191  (105120-105174)   100% ->
1192-1341  (105266-105415)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAGGAATACGATGTGATCGTGCTGGGGACCGGTCTCACC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGGACGAGGAATACGATGTGATCGTGCTGGGGACCGGTCTCACCGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GAATGCATCCTGTCGGGCATCATGTCTGTGAACGGGAAGAAGGTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGAATGCATCCTGTCGGGCATCATGTCTGTGAACGGGAAGAAGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCACATGGACCGGAACCCCTACTACGGGGGCGAGAGCTCCTCCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101315 TGCACATGGACCGGAACCCCTACTACGGGGGCGAGAGCTCCTCCATCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCTGGAGGAG         CTGTATAAGCGTTTTCAGTTGCTGGAGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101365 CCCCTGGAGGAGGTG...CAGCTGTATAAGCGTTTTCAGTTGCTGGAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCCCTGAGTCGATGGGCCGAGGCCGAGACTGGAATGTTGACCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101540 GCCCCCTGAGTCGATGGGCCGAGGCCGAGACTGGAATGTTGACCTGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAATTCCTCATGGCTAACG         GGCAGCTGGTAAAGATGCTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101590 CCAAATTCCTCATGGCTAACGGTG...CAGGGCAGCTGGTAAAGATGCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGTATACAGAGGTGACTCGCTACCTGGACTTCAAGGTGGTGGAGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 CTGTATACAGAGGTGACTCGCTACCTGGACTTCAAGGTGGTGGAGGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGTCTACAAGGGGGGCAAGATCTACAAAGTGCCGTCCACTGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 CTTTGTCTACAAGGGGGGCAAGATCTACAAAGTGCCGTCCACTGAGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCCTTGGCTTCCA         ATCTGATGGGCATGTTTGAGAAACGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101872 AGGCCTTGGCTTCCAGTG...TAGATCTGATGGGCATGTTTGAGAAACGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCTTCCGCAAGTTCCTGGTGTTTGTGGCAAACTTCGATGAGAATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 CGCTTCCGCAAGTTCCTGGTGTTTGTGGCAAACTTCGATGAGAATGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGACCTTTGAGGGCGTTGACCCCCAGACTACCAGCATGCGTGACGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 CAAGACCTTTGAGGGCGTTGACCCCCAGACTACCAGCATGCGTGACGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGGAAGTTTGATCTGGGCCAGGATGTCATCGATTTCACTGGCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102813 ACCGGAAGTTTGATCTGGGCCAGGATGTCATCGATTTCACTGGCCATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGCGCTCTACCGCACTGATGA         CTACCTGGACCAGCCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102863 CTGGCGCTCTACCGCACTGATGAGTG...CAGCTACCTGGACCAGCCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTTGAGACCGTCAACCGCATCAAGTTGTACAGTGAGTCCCTGGCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103139 CCTTGAGACCGTCAACCGCATCAAGTTGTACAGTGAGTCCCTGGCCCGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGCAAGAGCCCATATTTATACCCGCTCTACGGCTTGGGCGAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103189 ATGGCAAGAGCCCATATTTATACCCGCTCTACGGCTTGGGCGAGCTGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGGGTTTTGCAAG         ATTGAGTGCCATCTATGGGGGGACATA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103239 CAGGGTTTTGCAAGGTG...CAGATTGAGTGCCATCTATGGGGGGACATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATGCTGAACAAACCTGTGGATGACATCATCATGGAGAACGGCAAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 TATGCTGAACAAACCTGTGGATGACATCATCATGGAGAACGGCAAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGGCGTGAAGTCTGAGGGAGAG         GTGGCCCGCTGCAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103919 TGGGCGTGAAGTCTGAGGGAGAGGTG...CAGGTGGCCCGCTGCAAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGATCTGTGACCCCAGCTACATCCCGGACCGTGTGCGGAAGGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104387 CTGATCTGTGACCCCAGCTACATCCCGGACCGTGTGCGGAAGGCTGGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTTATCCGCATCATCTGTATCCTTAGCCACCCCATCAAGAACACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104437 GGTTATCCGCATCATCTGTATCCTTAGCCACCCCATCAAGAACACCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGCCAACTCCTGCCAAATAATCATCCCCCAGAACCAGGTCAACAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104487 ACGCCAACTCCTGCCAAATAATCATCCCCCAGAACCAGGTCAACAGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCAG         ACATCTACGTGTGCATGATCTCCTATGCACACAACGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104537 TCAGGTA...CAGACATCTACGTGTGCATGATCTCCTATGCACACAACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGCGGCCCAGGGCAAGTACATAGCTATTGCCAGCACTACTGTGGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104894 GGCGGCCCAGGGCAAGTACATAGCTATTGCCAGCACTACTGTGGAGACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGGACCCTGAAAAGGAGGTGGAGCCGGCTCTGGAGCTGTTGGAGCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104944 CGGACCCTGAAAAGGAGGTGGAGCCGGCTCTGGAGCTGTTGGAGCCCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACCAGAA         GTTTGTGGCTATCAGTGACTTGTATGAGCCCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104994 GACCAGAAGTG...CAGGTTTGTGGCTATCAGTGACTTGTATGAGCCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGATGATGGTTGTGAGAGCCAG         GTGTTCTGTTCCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105153 TGATGATGGTTGTGAGAGCCAGGTA...CAGGTGTTCTGTTCCTGCTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACGATGCCACCACACACTTTGAGACAACCTGCAACGACATCAAAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105285 ACGATGCCACCACACACTTTGAGACAACCTGCAACGACATCAAAGACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TACAAACGCATGGCTGGCACGGCCTTTGACTTTGAGAACATGAAGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105335 TACAAACGCATGGCTGGCACGGCCTTTGACTTTGAGAACATGAAGCGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :
   1311 ACAGAACGACGTCTTTGGAGAAGCTGAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 105385 ACAGAACGACGTCTTTGGAGAAGCTGAGCAG