seq1 = pF1KB8011.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB8011/gi568815582f_77999779.tfa (gi568815582f:77999779_79311793), 1312015 bp

>pF1KB8011 1242
>gi568815582f:77999779_79311793 (Chr16)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-172  (108645-108709)   100% ->
173-230  (110000-110057)   100% ->
231-409  (115198-115376)   100% ->
410-516  (164405-164511)   100% ->
517-605  (387082-387170)   98% ->
606-791  (425092-425277)   100% ->
792-1056  (432710-432974)   99% ->
1057-1242  (1211830-1212015)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGCTGCGCTACGCGGGGCTGGACGACACGGACAGTGAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGCTGCGCTACGCGGGGCTGGACGACACGGACAGTGAGGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCCTCCGGGCTGGGAGGAGAGAACCACCAAGGACGGCTGGGTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCCTCCGGGCTGGGAGGAGAGAACCACCAAGGACGGCTGGGTTTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCCAA         TCACACCGAGGAGAAGACTCAGTGGGAACATCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGCCAAGTA...CAGTCACACCGAGGAGAAGACTCAGTGGGAACATCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAACTGGAAAAAGAAAACGAGTGGCAGGAG         ATTTGCCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108679 AAAACTGGAAAAAGAAAACGAGTGGCAGGAGGTT...CAGATTTGCCATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGATGGGAACAAGAAACTGATGAGAACGGACAAGTGTTTTTTGTTGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110010 CGGATGGGAACAAGAAACTGATGAGAACGGACAAGTGTTTTTTGTTGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    231        CCATATAAATAAAAGAACCACCTACTTGGACCCAAGACTGGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110060 A...CAGCCATATAAATAAAAGAACCACCTACTTGGACCCAAGACTGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTACTGTGGATGATAATCCGACCAAGCCAACCACCCGGCAAAGATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115241 TTTACTGTGGATGATAATCCGACCAAGCCAACCACCCGGCAAAGATACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGCAGCACCACTGCCATGGAAATTCTCCAGGGCCGGGATTTCACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115291 CGGCAGCACCACTGCCATGGAAATTCTCCAGGGCCGGGATTTCACTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGTGGTTGTGGTCACTGGAGCTAATTCAGGAATAG         GGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115341 AAGTGGTTGTGGTCACTGGAGCTAATTCAGGAATAGGTA...TAGGGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAACCGCCAAGTCTTTTGCCCTCCATGGTGCACATGTGATCTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164410 GAAACCGCCAAGTCTTTTGCCCTCCATGGTGCACATGTGATCTTGGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGGAACATGGCAAGGGCGAGTGAAGCAGTGTCACGCATTTTAGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164460 CAGGAACATGGCAAGGGCGAGTGAAGCAGTGTCACGCATTTTAGAAGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GG         CATAAAGCCAAGGTAGAAACAATGACCCTGGACCTCGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 164510 GGGTA...CAGCATAAAGCCAAGGTAGAAGCAATGACCCTGGACCTCGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGCTCCGTAGCGTGCAGCATTTTGCTGAAGCATTCAAGGCCAAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387121 CTGCTCCGTAGCGTGCAGCATTTTGCTGAAGCATTCAAGGCCAAGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          GCCTCTTCATGTGCTTGTGTGCAACGCAGCAACTTTTGCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 387171 GTG...CAGGCCTCTTCATGTGCTTGTGTGCAACGCAGCAACTTTTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TACCCTGGAGTCTCACCAAAGATGGCCTGGAGACCACCTTTCAAGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425133 TACCCTGGAGTCTCACCAAAGATGGCCTGGAGACCACCTTTCAAGTGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CATCTGGGGCACTTCTACCTTGTCCAGCTCCTCCAGGATGTTTTGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425183 CATCTGGGGCACTTCTACCTTGTCCAGCTCCTCCAGGATGTTTTGTGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCAGCTCCTGCCCGTGTCATTGTGGTCTCCTCAGAGTCCCATCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 425233 CTCAGCTCCTGCCCGTGTCATTGTGGTCTCCTCAGAGTCCCATCGGTG..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792     ATTTACAGATATTAACGACTCCTTGGGAAAACTGGACTTCAGTCGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 425283 .AAGATTTACAGATATTAACGACTCCTTGGGAAAACTGGACTTCAGTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTCTCTCCAACAAAAAACGACTATTGGGCGATGCTGGCTTATAACAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432756 CTCTCTCCAACAAAAAACGACTATTGGGCGATGCTGGCTTATAACAGGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGCTCTGCAACATCCTTTTCTCCAACGAGCTGCACCGTCGCCTCTCCC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 432806 CAAGCTCTGCAACATCCTCTTCTCCAACGAGCTGCACCGTCGCCTCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CACGCGGGGTCACGTCGAACGCAGTGCATCCTGGAAATATGATGTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432856 CACGCGGGGTCACGTCGAACGCAGTGCATCCTGGAAATATGATGTACTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACATTCATCGCAGCTGGTGGGTGTACACACTGCTGTTTACCTTGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 432906 AACATTCATCGCAGCTGGTGGGTGTACACACTGCTGTTTACCTTGGCGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCTTTCACCAAGTCCATG         CAACAGGGAGCTGCCACCACCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 432956 GCCTTTCACCAAGTCCATGGTA...CAGCAACAGGGAGCTGCCACCACCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTACTGTGCTGCTGTCCCAGAACTGGAGGGTCTGGGAGGGATGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1211852 TGTACTGTGCTGCTGTCCCAGAACTGGAGGGTCTGGGAGGGATGTACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACAACTGCTGCCGCTGCATGCCCTCACCAGAAGCTCAGAGCGAAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1211902 AACAACTGCTGCCGCTGCATGCCCTCACCAGAAGCTCAGAGCGAAGAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCCCGGACCCTGTGGGCGCTCAGCGAGAGGCTGATCCAAGAACGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1211952 GGCCCGGACCCTGTGGGCGCTCAGCGAGAGGCTGATCCAAGAACGGCTTG

   1300     .    :
   1229 GCAGCCAGTCCGGC
        ||||||||||||||
1212002 GCAGCCAGTCCGGC