seq1 = pF1KB7993.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KB7993/gi568815586f_52133297.tfa (gi568815586f:52133297_52348757), 215461 bp

>pF1KB7993 1407
>gi568815586f:52133297_52348757 (Chr12)

1-324  (100001-100324)   99% ->
325-536  (101859-102070)   100% ->
537-597  (104213-104273)   98% ->
598-693  (105384-105479)   100% ->
694-858  (108176-108340)   99% ->
859-984  (109716-109841)   100% ->
985-1205  (112116-112336)   99% ->
1206-1240  (114881-114915)   100% ->
1241-1407  (115295-115461)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCATCCACTTCAGCTCCCCGGTATTCACCTCGCGCTCAGCCGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCATCCACTTCAGCTCCCCGGTATTCACCTCGCGCTCAGCCGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGGCCGCGGCGCCCAGGTGCGCCTGAGCTCCGCTCGCCCCGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGGCCGCGGCGCCCAGGTGCGCCTGAGCTCCGCTCGCCCCGGCGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGCAGCAGCAGCCTCTACGGCCTCGGCGCCTCGCGGCCGCGCGTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100101 TTGGCAGCAGCAGCCTCTACGGCCTCGGCGCCTCACGGCCGCGCGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCGCTCTGCCTATGGGGGCCCGGTGGGCGCCGGCATCCGCGAGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCGCTCTGCCTATGGGGGCCCGGTGGGCGCCGGCATCCGCGAGGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTAACCAGAGCCTGCTGGCCCCGCTGCGGCTGGACGCCGACCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTAACCAGAGCCTGCTGGCCCCGCTGCGGCTGGACGCCGACCCCTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCAGCGGGTGCGCCAGGAGGAGAGCGAGCAGATCAAGACCCTCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCAGCGGGTGCGCCAGGAGGAGAGCGAGCAGATCAAGACCCTCAACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGTTTGCCTCCTTCATCGACAAG         GTGCGGTTTCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100301 AAGTTTGCCTCCTTCATCGACAAGGTG...TAGGTGCGGTTTCTGGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGAACAAGCTGCTGGAGACCAAGTGGACGCTGCTGCAGGAGCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101876 GCAGAACAAGCTGCTGGAGACCAAGTGGACGCTGCTGCAGGAGCAGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGGCCAAGAGCAGCCGCCTCCCAGACATCTTTGAGGCCCAGATTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101926 CGGCCAAGAGCAGCCGCCTCCCAGACATCTTTGAGGCCCAGATTGCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTTCGGGGTCAGCTTGAGGCACTGCAGGTGGATGGGGGCCGCCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101976 CTTCGGGGTCAGCTTGAGGCACTGCAGGTGGATGGGGGCCGCCTGGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGAGCTGCGGAGCATGCAGGATGTGGTGGAGGACTTCAAGAATAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102026 GGAGCTGCGGAGCATGCAGGATGTGGTGGAGGACTTCAAGAATAAGTA..

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537     GTACGAAGATGAAATTAACCGCCGCACAGCTGCTGAGAATGAGTTT
        .>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 102076 .TAGGTACGAAGATGAAATTAACCACCGCACAGCTGCTGAGAATGAGTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGTGCTGAAGAAG         GATGTGGATGCTGCCTACATGAGCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104259 GTGGTGCTGAAGAAGGTG...CAGGATGTGGATGCTGCCTACATGAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGTGGAGCTGGAGGCCAAGGTGGATGCCCTGAATGATGAGATCAACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105410 GGTGGAGCTGGAGGCCAAGGTGGATGCCCTGAATGATGAGATCAACTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAGGACCCTCAATGAGACG         GAGTTGACAGAGCTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105460 TCAGGACCCTCAATGAGACGGTG...CAGGAGTTGACAGAGCTGCAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGATCTCCGACACATCTGTGGTGCTGTCCATGGACAACAGTCGCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108197 CAGATCTCCGACACATCTGTGGTGCTGTCCATGGACAACAGTCGCTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGACCTGGACGGCATCATCGCTGAGGTCAAGGCACAGTATGAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 108247 GGACCTGGACGGCATCATCGCTGAGGTCAAGGCGCAGTATGAGGAGATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCAAATGCAGCCGGGCTGAGGCTGAAGCCTGGTACCAGACCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108297 CCAAATGCAGCCGGGCTGAGGCTGAAGCCTGGTACCAGACCAAGGTG...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859    TTTGAGACCCTCCAGGCCCAGGCTGGGAAGCATGGGGACGACCTCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109713 CAGTTTGAGACCCTCCAGGCCCAGGCTGGGAAGCATGGGGACGACCTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAATACCCGGAATGAGATTTCAGAGATGAACCGGGCCATCCAGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109763 GAATACCCGGAATGAGATTTCAGAGATGAACCGGGCCATCCAGAGGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGCTGAGATCGACAACATCAAGAACCAG         CGTGCCAAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109813 AGGCTGAGATCGACAACATCAAGAACCAGGTG...CAGCGTGCCAAGTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGGCCGCCATTGCCGAGGCTGAGGAGCGTGGGGAGCTGGCGCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112128 GAGGCCGCCATTGCCGAGGCTGAGGAGCGTGGGGAGCTGGCGCTCAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCTCGTGCCAAGCAGGAGGAGCTGGAAGCCGCCCTGCAGCGGGCCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 112178 TGCTCGTGCCAAGCAGGAGGAGCTGGAAGCCGCCCTGCAGCGGGGCAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGATATGGCACGGCAGCTGCGTGAGTACCAGGAACTCATGAGCGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112228 AGGATATGGCACGGCAGCTGCGTGAGTACCAGGAACTCATGAGCGTGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGGCCCTGGACATCGAGATCGCCACCTACCGCAAGCTGCTGGAGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112278 CTGGCCCTGGACATCGAGATCGCCACCTACCGCAAGCTGCTGGAGGGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GGAGAGCCG         GTTGGCTGGAGATGGAGTGGGAGCCGTGAATA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112328 GGAGAGCCGGTG...CAGGTTGGCTGGAGATGGAGTGGGAGCCGTGAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCT         CTGTGATGAATTCCACTGGTGGCAGTAGCAGTGGCGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114913 TCTGTA...CAGCTGTGATGAATTCCACTGGTGGCAGTAGCAGTGGCGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCATTGGGCTGACCCTCGGGGGAACCATGGGCAGCAATGCCCTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115333 GGCATTGGGCTGACCCTCGGGGGAACCATGGGCAGCAATGCCCTGAGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTCCAGCAGTGCGGGTCCTGGGCTCCTGAAGGCTTATTCCATCCGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115383 CTCCAGCAGTGCGGGTCCTGGGCTCCTGAAGGCTTATTCCATCCGGACCG

   1450     .    :    .    :    .
   1379 CATCCGCCAGTCGCAGGAGTGCCCGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 115433 CATCCGCCAGTCGCAGGAGTGCCCGCGAC