seq1 = pF1KB7992.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KB7992/gi568815581r_5005827.tfa (gi568815581r:5005827_5209870), 204044 bp

>pF1KB7992 1305
>gi568815581r:5005827_5209870 (Chr17)

(complement)

1-23  (98049-98071)   100% ->
24-498  (100003-100477)   100% ->
499-625  (100819-100945)   100% ->
626-1305  (103365-104044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCTCCTGGTCCTGTGAG         GGGGCCCTTGCAAGATTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  98049 ATGGAACCTCCTGGTCCTGTGAGGTG...CAGGGGGCCCTTGCAAGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGCTGGTATGAGCCTTCTGCAGAGCTAGTGCAGACTAGGATGGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CAGCTGGTATGAGCCTTCTGCAGAGCTAGTGCAGACTAGGATGGCTGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACTAACAGCAGCTGAAACTCTGGCCCTTCAGGGTACACAGGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 CACTAACAGCAGCTGAAACTCTGGCCCTTCAGGGTACACAGGGACAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATGATGATGATGGGACCAAAGGAAGAGGAACAGTCTTGTGAGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 AAGATGATGATGATGGGACCAAAGGAAGAGGAACAGTCTTGTGAGTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCAGGCTACCTGGGAACCACTCTACCAGTCAAGAGATCTTCCGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GACCAGGCTACCTGGGAACCACTCTACCAGTCAAGAGATCTTCCGCCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTTCAGGCATCTCCGCTACCAGGAGACTCCTGGTCCCCGGGAGGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 GCTTCAGGCATCTCCGCTACCAGGAGACTCCTGGTCCCCGGGAGGCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCAACTACGAGTACTCTGCTGTGAGTGGCTGAGGCCAGAGAAACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 AGCCAACTACGAGTACTCTGCTGTGAGTGGCTGAGGCCAGAGAAACACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGGAGCAGATCCTGGAGTTCCTGGTGCTGGAACAATTCTTGACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 GAAGGAGCAGATCCTGGAGTTCCTGGTGCTGGAACAATTCTTGACCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCCTGAGGAGCTCCAATCCTGGGTGCGGGGACATCACCCTAAGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 TGCCTGAGGAGCTCCAATCCTGGGTGCGGGGACATCACCCTAAGAGTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGAGGCTGTGACTGTGCTGGAGGATTTAGAGAAAGGACTTGAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100421 GAGGAGGCTGTGACTGTGCTGGAGGATTTAGAGAAAGGACTTGAACCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCGCAG         GTCCCAGGCCCTGCACATGGACCTGCACAGGAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100471 GCCGCAGGTG...CAGGTCCCAGGCCCTGCACATGGACCTGCACAGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCCATGGGAGAAGAAGGAATCTCTGGGAGCAGCCCAGGAAGCACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100853 AGCCATGGGAGAAGAAGGAATCTCTGGGAGCAGCCCAGGAAGCACTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCCAGCTCCAGCCTAAGGAGACCCAGCCTTTCCCAAAGAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100903 ATCCAGCTCCAGCCTAAGGAGACCCAGCCTTTCCCAAAGAGTGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   TTGTTACAGAAGATGGCCCAGAGCCCAAGGACAAAGGATCATTGCCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 AGTTGTTACAGAAGATGGCCCAGAGCCCAAGGACAAAGGATCATTGCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACCACCCATTACTGAAGTGGAATCACAGGTGTTCTCAGAAAAACTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103413 AACCACCCATTACTGAAGTGGAATCACAGGTGTTCTCAGAAAAACTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACTGACACCTCTACATTTGAAGCTACCTCTGAGGGTACCTTAGAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 ACTGACACCTCTACATTTGAAGCTACCTCTGAGGGTACCTTAGAACTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GCAGAGAAATCCCAAAGCGGAGAGACTGAGGTGGTCCCCTGCCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103513 GCAGAGAAATCCCAAAGCGGAGAGACTGAGGTGGTCCCCTGCCCAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAAGTTTCAGGCAGATGGTTGTCATCCATAAGGAAATTCCCACAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103563 AAAGTTTCAGGCAGATGGTTGTCATCCATAAGGAAATTCCCACAGGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAAGACCATGAATGTAGTGAATGTGGTAAAACCTTCATTTATAACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103613 AAAGACCATGAATGTAGTGAATGTGGTAAAACCTTCATTTATAACTCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCTTGTTGTCCACCAGAGAGTTCATTCTGGAGAGAAACCCTATAAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103663 TCTTGTTGTCCACCAGAGAGTTCATTCTGGAGAGAAACCCTATAAGTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTGACTGTGGGAAAACTTTCAAACAGAGCTCAAACCTCGGTCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103713 GTGACTGTGGGAAAACTTTCAAACAGAGCTCAAACCTCGGTCAGCATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGAATTCATACAGGAGAGAAACCCTTCGAATGTAATGAATGTGGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103763 AGAATTCATACAGGAGAGAAACCCTTCGAATGTAATGAATGTGGGAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTTCAGATGGGGTGCTCATCTTGTTCAGCATCAGAGGATTCACTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103813 CTTCAGATGGGGTGCTCATCTTGTTCAGCATCAGAGGATTCACTCAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGAAGCCCTATGAGTGTAATGAGTGTGGGAAGGCCTTTAGTCAAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103863 AGAAGCCCTATGAGTGTAATGAGTGTGGGAAGGCCTTTAGTCAAAGCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TATCTAAGTCAGCATCGGAGAATTCACAGTGGAGAGAAACCTTTTATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103913 TATCTAAGTCAGCATCGGAGAATTCACAGTGGAGAGAAACCTTTTATATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TAAAGAATGTGGGAAAGCTTATGGATGGTGCTCAGAGCTCATTAGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103963 TAAAGAATGTGGGAAAGCTTATGGATGGTGCTCAGAGCTCATTAGACATC

   1300     .    :    .    :    .    :
   1274 GGAGAGTTCATGCCAGAAAAGAGCCTTCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104013 GGAGAGTTCATGCCAGAAAAGAGCCTTCCCAT