seq1 = pF1KB7990.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KB7990/gi568815596f_28293721.tfa (gi568815596f:28293721_28512445), 218725 bp

>pF1KB7990 978
>gi568815596f:28293721_28512445 (Chr2)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-354  (110387-110638)   100% ->
355-462  (115039-115146)   100% ->
463-978  (118210-118725)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCAGGATTATCCCGGGAACTTTGACACCTCGTCCCGGGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCAGGATTATCCCGGGAACTTTGACACCTCGTCCCGGGGCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTCTCCTGCGCACGCCGAGTCCTACTCCAGCGGCGGCGGCGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTCTCCTGCGCACGCCGAGTCCTACTCCAGCGGCGGCGGCGGCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         AAATTCCGGGTAGATATGCCTGGCTCAGGCAGTGCATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGAAATTCCGGGTAGATATGCCTGGCTCAGGCAGTGCATTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCCCACCATCAACGCCATCACGACCAGCCAGGACCTGCAGTGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110426 ATCCCCACCATCAACGCCATCACGACCAGCCAGGACCTGCAGTGGATGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCCCACAGTGATCACCTCCATGTCCAACCCATACCCTCGCTCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110476 GCAGCCCACAGTGATCACCTCCATGTCCAACCCATACCCTCGCTCGCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTACAGCCCCCTGCCGGGCCTGGCCTCTGTCCCTGGACACATGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110526 CCTACAGCCCCCTGCCGGGCCTGGCCTCTGTCCCTGGACACATGGCCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCAAGACCTGGCGTGATCAAGACCATTGGCACCACCGTGGGCCGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110576 CCAAGACCTGGCGTGATCAAGACCATTGGCACCACCGTGGGCCGCAGGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGAGATGAGCAG         CTGTCTCCTGAAGAGGAGGAGAAGCGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110626 GAGAGATGAGCAGGTA...TAGCTGTCTCCTGAAGAGGAGGAGAAGCGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATCCGGCGGGAGAGGAACAAGCTGGCTGCAGCCAAGTGCCGGAACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115067 GCATCCGGCGGGAGAGGAACAAGCTGGCTGCAGCCAAGTGCCGGAACCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCCGGGAGCTGACAGAGAAGCTGCAGGCG         GAGACAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115117 CGCCGGGAGCTGACAGAGAAGCTGCAGGCGGTG...CAGGAGACAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGGAGGAGGAGAAGTCAGGCCTGCAGAAGGAGATTGCTGAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118221 GCTGGAGGAGGAGAAGTCAGGCCTGCAGAAGGAGATTGCTGAGCTGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAGAAGGAGAAGCTGGAGTTCATGTTGGTGGCTCACGGCCCAGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118271 AGGAGAAGGAGAAGCTGGAGTTCATGTTGGTGGCTCACGGCCCAGTGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGATTAGCCCCGAGGAGCGCCGATCGCCCCCAGCCCCTGGGCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118321 AAGATTAGCCCCGAGGAGCGCCGATCGCCCCCAGCCCCTGGGCTGCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATGCGCAGTGGGGGTGGCTCGGTGGGCGCTGTAGTGGTGAAACAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118371 CATGCGCAGTGGGGGTGGCTCGGTGGGCGCTGTAGTGGTGAAACAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCTGGAAGAGGACAGCCCCTCGTCCTCGTCGGCGGGGCTGGACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118421 CCCTGGAAGAGGACAGCCCCTCGTCCTCGTCGGCGGGGCTGGACAAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGCGCTCTGTCATCAAGCCCATCAGCATTGCTGGGGGCTTCTACGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 CAGCGCTCTGTCATCAAGCCCATCAGCATTGCTGGGGGCTTCTACGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGAGCCCCTGCACACCCCCATCGTGGTGACCTCCACACCTGCTGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118521 GGAGCCCCTGCACACCCCCATCGTGGTGACCTCCACACCTGCTGTCACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CGGGCACCTCGAACCTCGTCTTCACCTATCCTAGCGTCCTGGAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118571 CGGGCACCTCGAACCTCGTCTTCACCTATCCTAGCGTCCTGGAGCAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCACCCGCATCTCCCTCCGAATCCTGCTCCAAGGCTCACCGCAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118621 TCACCCGCATCTCCCTCCGAATCCTGCTCCAAGGCTCACCGCAGAAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TAGCAGCGGGGACCAATCATCAGACTCCTTGAACTCCCCCACTCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118671 TAGCAGCGGGGACCAATCATCAGACTCCTTGAACTCCCCCACTCTGCTGG

   1000     .
    974 CTCTG
        |||||
 118721 CTCTG