seq1 = pF1KB7986.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KB7986/gi568815593r_132383954.tfa (gi568815593r:132383954_132589478), 205525 bp

>pF1KB7986 975
>gi568815593r:132383954_132589478 (Chr5)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-187  (101454-101553)   100% ->
188-364  (102349-102525)   100% ->
365-414  (102635-102684)   100% ->
415-544  (102793-102922)   100% ->
545-667  (103106-103228)   100% ->
668-717  (103763-103812)   100% ->
718-853  (104982-105117)   100% ->
854-975  (105404-105525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCATCACTCGGATGCGCATGAGACCCTGGCTAGAGATGCAGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCATCACTCGGATGCGCATGAGACCCTGGCTAGAGATGCAGATTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCAACCAAATCCCGGGGCTCATCTGGATTAATAAA         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 TTCCAACCAAATCCCGGGGCTCATCTGGATTAATAAAGTG...CAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGATGATCTTCCAGATCCCATGGAAGCATGCTGCCAAGCATGGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101458 AGATGATCTTCCAGATCCCATGGAAGCATGCTGCCAAGCATGGCTGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAACAAGGATGCCTGTTTGTTCCGGAGCTGGGCCATTCACACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101508 ATCAACAAGGATGCCTGTTTGTTCCGGAGCTGGGCCATTCACACAGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GCCGATACAAAGCAGGGGAAAAGGAGCCAGATCCCAAGACGTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 ..TAGGCCGATACAAAGCAGGGGAAAAGGAGCCAGATCCCAAGACGTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCAACTTTCGCTGTGCCATGAACTCCCTGCCAGATATCGAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 AGGCCAACTTTCGCTGTGCCATGAACTCCCTGCCAGATATCGAGGAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAGACCAGAGCAGGAACAAGGGCAGCTCAGCTGTGCGAGTGTACCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 AAAGACCAGAGCAGGAACAAGGGCAGCTCAGCTGTGCGAGTGTACCGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTTCCACCTCTCACCAAGAACCAGAGAAAAG         AAAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102494 GCTTCCACCTCTCACCAAGAACCAGAGAAAAGGTA...CAGAAAGAAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGAAGTCCAGCCGAGATGCTAAGAGCAAGGCCAAGAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102644 CGAAGTCCAGCCGAGATGCTAAGAGCAAGGCCAAGAGGAAGGTG...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCATGTGGGGATTCCAGCCCTGATACCTTCTCTGATGGACTCAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102793 TCATGTGGGGATTCCAGCCCTGATACCTTCTCTGATGGACTCAGCAGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTCTGCCTGATGACCACAGCAGCTACACAGTTCCAGGCTACATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102843 CACTCTGCCTGATGACCACAGCAGCTACACAGTTCCAGGCTACATGCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTTGGAGGTGGAGCAGGCCCTGACTCCAG         CACTGTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102893 ACTTGGAGGTGGAGCAGGCCCTGACTCCAGGTG...CAGCACTGTCGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTGCTGTCAGCAGCACTCTCCCCGACTGGCACATCCCAGTGGAAGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103117 TGTGCTGTCAGCAGCACTCTCCCCGACTGGCACATCCCAGTGGAAGTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCGGACAGCACCAGTGATCTGTACAACTTCCAGGTGTCACCCATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103167 GCCGGACAGCACCAGTGATCTGTACAACTTCCAGGTGTCACCCATGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCACCTCTGAAG         CTACAACAGATGAGGATGAGGAAGGGAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103217 CCACCTCTGAAGGTT...CAGCTACAACAGATGAGGATGAGGAAGGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTACCTGAGGACATCATGAAG         CTCTTGGAGCAGTCGGAGTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103792 TTACCTGAGGACATCATGAAGGTA...CAGCTCTTGGAGCAGTCGGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCAGCCAACAAACGTGGATGGGAAGGGGTACCTACTCAATGAACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105002 GCAGCCAACAAACGTGGATGGGAAGGGGTACCTACTCAATGAACCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCCAGCCCACCTCTGTCTATGGAGACTTTAGCTGTAAGGAGGAGCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105052 TCCAGCCCACCTCTGTCTATGGAGACTTTAGCTGTAAGGAGGAGCCAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTGACAGCCCAGGGG         GGGATATTGGGCTGAGTCTACAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105102 ATTGACAGCCCAGGGGGTA...TAGGGGATATTGGGCTGAGTCTACAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTCTTCACAGATCTGAAGAACATGGATGCCACCTGGCTGGACAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105429 TGTCTTCACAGATCTGAAGAACATGGATGCCACCTGGCTGGACAGCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    929 TGACCCCAGTCCGGTTGCCCTCCATCCAGGCCATTCCCTGTGCACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105479 TGACCCCAGTCCGGTTGCCCTCCATCCAGGCCATTCCCTGTGCACCG