seq1 = pF1KB7951.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KB7951/gi568815596f_171985678.tfa (gi568815596f:171985678_172188254), 202577 bp

>pF1KB7951 765
>gi568815596f:171985678_172188254 (Chr2)

1-313  (100001-100313)   100% ->
314-513  (100977-101176)   100% ->
514-765  (102326-102577)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCATGACCACCATGCCAGAAAGTCTCAACAGCCCCGTGTCGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCATGACCACCATGCCAGAAAGTCTCAACAGCCCCGTGTCGGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGTGTTTATGGAGTTTGGGCCGCCCAACCAGCAAATGTCTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGTGTTTATGGAGTTTGGGCCGCCCAACCAGCAAATGTCTCCTTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATGTCCCACGGGCACTACTCCATGCACTGTTTACACTCGGCGGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATGTCCCACGGGCACTACTCCATGCACTGTTTACACTCGGCGGGCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCAGCCCGACGGCGCCTACAGCTCAGCCTCGTCCTTCTCCCGACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGCAGCCCGACGGCGCCTACAGCTCAGCCTCGTCCTTCTCCCGACCGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCTACCCCTACGTCAACTCGGTCAGCAGCCACGCATCCAGCCCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCTACCCCTACGTCAACTCGGTCAGCAGCCACGCATCCAGCCCCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGTTCGGTGCAGTCCTACCCGGGCAGCGCCAGCCTCGCCCAGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGTTCGGTGCAGTCCTACCCGGGCAGCGCCAGCCTCGCCCAGAGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGGACCCAG         GGGCGGACTCGGAGAAGAGCACGGTGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGGACCCAGGTA...CAGGGGCGGACTCGGAGAAGAGCACGGTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAAGGCGGTGAAGTGCGCTTCAATGGCAAGGGAAAAAAGATCCGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 GGAAGGCGGTGAAGTGCGCTTCAATGGCAAGGGAAAAAAGATCCGTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCAGGACGATTTATTCCAGTTTGCAGTTGCAGGCTTTGAACCGGAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 CCAGGACGATTTATTCCAGTTTGCAGTTGCAGGCTTTGAACCGGAGGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCAAACTCAGTACCTAGCTCTGCCGGAGAGGGCGGAGCTCGCGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101105 CAGCAAACTCAGTACCTAGCTCTGCCGGAGAGGGCGGAGCTCGCGGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTGGGACTCACACAGACTCAG         GTCAAGATCTGGTTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101155 TTTGGGACTCACACAGACTCAGGTA...CAGGTCAAGATCTGGTTCCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACAAGCGATCCAAGTTCAAGAAGCTGATGAAGCAGGGTGGGGCGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102345 ACAAGCGATCCAAGTTCAAGAAGCTGATGAAGCAGGGTGGGGCGGCTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGGTAGTGCGTTGGCCAACGGTCGGGCCCTGTCTGCTGGCTCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102395 GAGGGTAGTGCGTTGGCCAACGGTCGGGCCCTGTCTGCTGGCTCCCCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGTGCCGCCCGGCTGGAACCCTAACTCTTCATCCGGGAAGGGCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102445 CGTGCCGCCCGGCTGGAACCCTAACTCTTCATCCGGGAAGGGCTCAGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAAACGCGGGCTCCTATATCCCCAGCTACACATCGTGGTACCCTTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102495 GAAACGCGGGCTCCTATATCCCCAGCTACACATCGTGGTACCCTTCAGCG

    750     .    :    .    :    .    :
    733 CACCAAGAAGCTATGCAGCAACCCCAACTTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 CACCAAGAAGCTATGCAGCAACCCCAACTTATG