seq1 = pF1KB7947.tfa, 762 bp
seq2 = pF1KB7947/gi568815581r_43541913.tfa (gi568815581r:43541913_43761534), 219622 bp

>pF1KB7947 762
>gi568815581r:43541913_43761534 (Chr17)

(complement)

1-469  (100001-100469)   100% ->
470-642  (117875-118047)   100% ->
643-762  (119503-119622)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCGCGGCCAGCAGCTGCATGAGGAGCCTCCAGCCCCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCGCGGCCAGCAGCTGCATGAGGAGCCTCCAGCCCCCAGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCTGGGGCTGCCTTCGAAACCCCCACTCGGAAGGCAATGGGGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTCTGGGGCTGCCTTCGAAACCCCCACTCGGAAGGCAATGGGGCCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTACCCCACTACCCGCCCACCCCGTTCTCCTTCCACCAGAAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTACCCCACTACCCGCCCACCCCGTTCTCCTTCCACCAGAAACCAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCTGGCGACAGCGACGGCAGCGTACCCTGACTTCTCAGCCTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCTGGCGACAGCGACGGCAGCGTACCCTGACTTCTCAGCCTCCTGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCAGCCACCCCACACAGCCTGCCCCAGGAGGAGCACATCTTCACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCAGCCACCCCACACAGCCTGCCCCAGGAGGAGCACATCTTCACTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCACCCCGCTTTCCCACAGTCCCCCAACTGGCACTTCCCTGTCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCACCCCGCTTTCCCACAGTCCCCCAACTGGCACTTCCCTGTCTCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCCGGCGCAGGCCCAACTCAGGCCCGGCAGGGGGTTCCAAGGAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCCGGCGCAGGCCCAACTCAGGCCCGGCAGGGGGTTCCAAGGAAATGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACCAGCAGCCTGGGCCTGGTGGACACCACAGGAGGCCCAGGCGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACCAGCAGCCTGGGCCTGGTGGACACCACAGGAGGCCCAGGCGATGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGGGGTGCTTGGGAGCACTGCCAATGAGACAGAGAAGAAATCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGGGGTGCTTGGGAGCACTGCCAATGAGACAGAGAAGAAATCATCCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGAGAAAGGAGAGTTCAG         ACAACCAGGAGAACAGAGGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100451 CGGAGAAAGGAGAGTTCAGGTA...CAGACAACCAGGAGAACAGAGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCCGGAGGGCAGCAGCAAAGCCCGCAAGGAGAGGACGGCCTTCACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117897 GCCGGAGGGCAGCAGCAAAGCCCGCAAGGAGAGGACGGCCTTCACCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCAGCTGCGAGAGCTGGAGGCAGAGTTTGCCCATCATAACTACCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117947 AGCAGCTGCGAGAGCTGGAGGCAGAGTTTGCCCATCATAACTACCTGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGGCTCCGCAGATATGAGATTGCGGTAAACCTGGACCTCTCTGAGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117997 CGGCTCCGCAGATATGAGATTGCGGTAAACCTGGACCTCTCTGAGCGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 G         GTCAAAGTGTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTGGAAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118047 GGTG...CAGGTCAAAGTGTGGTTCCAGAACCGAAGGATGAAGTGGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGTGAAGGGAGGTCAGCCCATCTCCCCCAATGGGCAGGACCCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119543 GTGTGAAGGGAGGTCAGCCCATCTCCCCCAATGGGCAGGACCCTGAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :
    733 GGGGACTCCACAGCCTCTCCAAGTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 119593 GGGGACTCCACAGCCTCTCCAAGTTCAGAG