seq1 = pF1KB7942.tfa, 735 bp
seq2 = pF1KB7942/gi568815597f_170564219.tfa (gi568815597f:170564219_170836183), 271965 bp

>pF1KB7942 735
>gi568815597f:170564219_170836183 (Chr1)

1-241  (100001-100241)   100% ->
242-417  (155508-155683)   100% ->
418-599  (162002-162183)   99% ->
600-735  (171830-171965)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCTCCAGCTACGGGCACGTTCTGGAGCGGCAACCGGCGCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCTCCAGCTACGGGCACGTTCTGGAGCGGCAACCGGCGCTGGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTTGGACAGCCCGGGCAACCTCGACACCCTGCAGGCGAAAAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTTGGACAGCCCGGGCAACCTCGACACCCTGCAGGCGAAAAAGAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTCCGTCAGTCACCTGCTAGACCTGGAGGAAGCCGGGGACATGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTCCGTCAGTCACCTGCTAGACCTGGAGGAAGCCGGGGACATGGTGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCACAGGCGGATGAGAACGTGGGCGAGGCTGGCCGGAGCCTGCTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCACAGGCGGATGAGAACGTGGGCGAGGCTGGCCGGAGCCTGCTGGAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCGGGACTCACCAGCGGCAGCGACACCCCGCAGCAGGACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100201 GCCGGGACTCACCAGCGGCAGCGACACCCCGCAGCAGGACAGTG...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGACCAGCTGAACTCAGAAGAAAAAAAGAAGAGAAAGCAGCGAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155508 ATGACCAGCTGAACTCAGAAGAAAAAAAGAAGAGAAAGCAGCGAAGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACAACCTTCAATAGCAGCCAGCTGCAGGCTTTGGAGCGTGTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155558 AGGACAACCTTCAATAGCAGCCAGCTGCAGGCTTTGGAGCGTGTCTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGACACACTATCCTGATGCTTTTGTGCGAGAAGACCTTGCCCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155608 GCGGACACACTATCCTGATGCTTTTGTGCGAGAAGACCTTGCCCGCCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAACCTCACCGAGGCGAGAGTGCAG         GTGTGGTTTCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 155658 TGAACCTCACCGAGGCGAGAGTGCAGGTA...CAGGTGTGGTTTCAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGAAGAGCCAAGTTCCGCAGGAATGAGAGAGCCATGCTAGCCAATAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162017 CGAAGAGCCAAGTTCCGCAGGAATGAGAGAGCCATGCTAGCCAATAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGCTTCCCTCCTTAAATCCTACTCAGGAGACGTGACTGCTGTGGAGCAGC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162067 CGCTTCCCTCCTCAAATCCTACTCAGGAGACGTGACTGCTGTGGAGCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCATCGTACCTCGTCCTGCTCCGAGACCCACCGATTATCTCTCCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162117 CCATCGTACCTCGTCCTGCTCCGAGACCCACCGATTATCTCTCCTGGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACAGCGTCTCCGTACAG         CGCCATGGCTACTTATTCTGCCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 162167 ACAGCGTCTCCGTACAGGTG...CAGCGCCATGGCTACTTATTCTGCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATGTGCCAACAATAGCCCTGCACAGGGCATCAACATGGCCAACAGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171854 ATGTGCCAACAATAGCCCTGCACAGGGCATCAACATGGCCAACAGCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAACCTGAGACTGAAGGCCAAGGAATATAGTTTACAGAGGAACCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171904 CCAACCTGAGACTGAAGGCCAAGGAATATAGTTTACAGAGGAACCAGGTG

    750     .    :
    724 CCAACAGTCAAC
        ||||||||||||
 171954 CCAACAGTCAAC