seq1 = pF1KB7890.tfa, 1956 bp
seq2 = pF1KB7890/gi568815595f_160000851.tfa (gi568815595f:160000851_160202788), 201938 bp

>pF1KB7890 1956
>gi568815595f:160000851_160202788 (Chr3)

1-1956  (100001-101938)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGTCGGACAAACACCTCTACGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100001 ATGGGCAAGAAGCACAAGAAGCACAAGTCGGACAAACACCTCCACGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTATGTAGAGAAGCCCTTGAAGCTGGTCCTCAAAGTAGGAGGGAACGAAG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTATGTAGAGAAGCCATTGAAGCTGGTCCTCAAAGTAGGAGGGAACGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGAACTCTCCACGGGCAGCTCGGGGCACGACTCCAGCCTCTTCGAA
        ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGAACTCTCCATGGGCAGCTCGAGGCACGACTCCAGCCTCTTCGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAAAAACGATCATGACAAACACAAGGACAGAAAGCGGAAAAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAAAAACGATCATGACAAACACAAGGACAGAAAGCGGAAAAAGAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAGGAGAGAAGCAGATTCCAGGGGAAGAAAAGGGGAGAAAACGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAGGAGAGAAGCAGATTCCAGGGGAAGAAAAGGGGAGAAAACGGAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAGTTAAGGAGGATAAAAAGAAGCGAGATCGAGACCGGGTGGAGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAGTTAAGGAGGATAAAAAGAAGCGAGATCGAGACCGGGTGGAGAATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGAAAAAGATCTCCAGTGTCACGCCCCTGTGAGATTAGACTTGCCTCC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100301 GCAGAAAAAGACCTCCAGTGTCACGCCCCTGTGAGATTAGACTTGCCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGAGAAGCCTCTCACAAGCTCTTTAGCCAAACAAGAAGAAGTAGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||---|||||||||||||||
 100351 TGAGAAGCCTCTCACAAGCTCTTTAGCCAAAC   AAGAAGTAGAACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACCCCTTCAAGAAGCTTTGAATCAACTGATGAGACAATTGCAGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100398 CACCCCTTCAAGAAGCTTTGAATCAACTGATGAGACAATTGTAGAGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATCCAAGTGCTTTCTTTTCATTTCCTGTGACTGATTTTATTGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 GATCCAAGTGCTTTCTTTTCATTTCCTGTGACTGATTTTATTGCTCCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACTCCATGATCATTAAACACCCAATGGATTTTAGTACCATGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 CTACTCCATGATCATTAAACACCCAATGGATTTTAGTACCATGAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCAAGAACAATGACTATCAGTCCATAGAAGAACTAAAGGATAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 AGATCAAGAACAATGACTATCAGTCCATAGAAGAACTAAAGGATAACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAACTAATGTGTACTAATGCCATGATTTACAATAAACCAGAGACCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 AAACTAATGTGTACTAATGCCATGATTTACAATAAACCAGAGACCATTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTATAAAGCTGCAAAGAAGCTGTTGCACTCAGGAATGAAAATTCTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100648 TTATAAAGCTGCAAAGAAGCTGTTGCACTCAGGGATGAAAATTCTTAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGAAAGAATTCAGAGCCTGAAGCAGAGCATAGACTTCATGGCTGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 AGGAAAGAATTCAGAGCCTGAAGCAGAGCATAGACTTCATGGCTGACTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGAAAACTCGAAAGCAGAAAGATGGAACAGACACCTCACAGAGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 CAGAAAACTCGAAAGCAGAAAGATGGAACAGACACCTCACAGAGTGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGACGGAGGCTGCTGGCAGAGAGAGAGAGAGGACTCTGGAGATGCCGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||-||---|||||||||||||||||
 100798 GGACGGAGGCTGCTGGCAGAGAGAGAG GA   CTCTGGAGATGCCGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CACACGCCTTCAAGAGTCCCAGCAAAGAAAATAAAAAGAAAGACAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||-|----|||----||||||
 100844 CACACGCCTTCAAGAGTCCCAGCAAAGAAAA A    GAA    AAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATGCTTGAAGATAAGTTTAAAAGCAATAATTTAGAGAGAGAGCAGGAGCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 ACGCTTGAAGATAAGTTTAAAAGCAATAATTTAGAGAGAGAGCAGGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTTGACCGCATCGTGAAGGAATCTGGAGGAAAGCTGACCAGGCGGCTTG
         ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100935 TCTTGACCGCATTGTGAAGGAATCTGGAGGAAAACTGACCAGGCGGCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGAACAGTCAGTGCGAATTTGAAAGAAGAAAACCAGATGGAACAACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 TGAACAGTCAGTGCGAATTTGAAAGAAGAAAACCAGATGGAACAACGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTGGGACTTCTCCATCCTGTGGATCCCATTGTAGGAGAGCCAGGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 TTGGGACTTCTCCATCCTGTGGATCCCATTGTAGGAGAGCCAGGCTACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCCTGTGAGACTGGGAATGACAACTGGAAGACTTCAGTCTGGAGTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 CCCTGTGAGACTGGGAATGACAACTGGAAGACTTCAGTCTGGAGTGAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTTTGCAGGGGTTCAAAGAGGATAAAAGGAACAAAGTCACTCCAGTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101135 CTTTGCAGGGGTTCAAAGAGGATAAAAGGAACAAAGTCACTCCAGTGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TATTTGAATTATGGGCCCTACAGTTCTTATGCACCGCATTATGACTCCAC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 101185 TATTTGAATTATGGGCCCTACGGTTCTTATGCACCGCATTATGACTCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ATTTGCAAATATCAGCAAGGATGATTCTGATTTAATCTATTCAACCTATG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101235 ATTTGCGAATATCAGCAAGGATGATTCTGATTTAATCTATTCAACCTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGGAAGACTCTGATCTTCCAAGTGATTTCAGCATCCATGAGTTTTTGGCC
        |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
 101285 GGGAAGACTCTGATCTTCCAAGCGTTTTCAGCATCCATGAGTTTTTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACGTGCCAAGATTATCCGTATGTCATGGCAGATAGTTTACTGGATGTTTT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101335 ACGTGCCAAGATTATCCATATGTCATGGCAGATAGTTTACTGGATGTTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AACAAAAGGAGGGCATTCCAGGACCCTACAAGAGATGGAGATGTCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101385 AACAAAAGGAGGGCATTCCAGGACCCTACAAGAGATGGAGATGTCATTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CTGAAGATGAAGGCCATACTAGGACACTTGACACAGCAAAA GAAATGGA
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||- |||||||
 101435 CTGAAGATGAAGGCCATACTAAGACACTTGACACAGCAAAAAAAAATGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 GCAGATTACAGAAGTAGAGCCACCAGGGCGTTTGGACTCCAGTACTCAAG
        |---||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||
 101485 G   ATTACAGAAGTAGAGCCCCCAGGGCGTTTGGAGTCCAATACTCAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 ACAGGCTCATAGCGCTGAAAGCAGTAACAAATTTTGGCGTTCCAGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 ACAGGCTCATAGCGCTGAAAGCAGTAACAAATTTTGGCGTTCCAGTTGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 GTTTTTGACTCTGAAGAAGCTGAAATATTCCAGAAGAAACTTGATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
 101582 GTTTTTGACTCTGAAGAAGCTGAAATATTCCAGAAGAAATTTGGTGAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 CACCAGATTGCTCAGGGAACTCCAGGAAGCCCAGAATGAACGTTTGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 CACCAGATTGCTCAGGGAACTCCAGGAAGCCCAGAATGAACGTTTGAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 CCAGACCCCCTCCGAACATGATCTGTCTCTTGGGTCCCTCATACAGAGAA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 CCAGACCCCCTCCCAACATGATCTGTCTCTTGGGTCCCTCATACAGAGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 ATGCATCTTGCTGAACAAGTGACCAATAATCTTAAAGAACTTGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 101732 ATGCATCTTGCTGAACAAGTGACCAATAACCTTAAAGAACTTGCACAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1800 AGTAACTCCAGGTGATATCGTAAGCACGTATGGAGTTCGAAAAGCAATGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 101782 AGTAACTCCAGGTGATATCGTAAGCATGTATGGAGTTCGAAAAGCAATGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850 GGATTTCCATTCCTTCCCCCGTCATGGAAAACAACTTTGTGGATTTGACA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101832 GTATTTCCATTCCTTCCCCCGTCATGGAAAACAACTTTGTGGATTTGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1900 GAAGACACTGAAGAACCTAAAAAGACGGATGTTGCTGAGTGTGGACCTGG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 GAAGACACTGAAAAACCTAAAAAGACGGATGTTGCTGAGTGTGGACCTGG

   1950     .
   1950 TGGAAGT
        |||||||
 101932 TGGAAGT