seq1 = pF1KB7878.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KB7878/gi568815593f_172986499.tfa (gi568815593f:172986499_173233742), 247244 bp

>pF1KB7878 1917
>gi568815593f:172986499_173233742 (Chr5)

1-135  (99997-100128)   97% ->
136-1222  (103817-104903)   100% ->
1223-1417  (122126-122320)   100% ->
1418-1607  (124024-124213)   100% ->
1608-1681  (125808-125881)   100% ->
1682-1804  (136582-136704)   100% ->
1805-1917  (147132-147244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCAGCCTAGTGTAAGCGGAATGGATCCGCCTTTCGGGGATGCCTT
         ||--|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 TTG  T AGCCTAGTGTAAGCGGAATGGATCCGCCTTTCGGGGATGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGAAGCCACACCTTTTCGGAACAAACTCTGATGAGCACAGATCTCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 TCGAAGCCACACCTTTTCGGAACAAACTCTGATGAGCACAGATCTCTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAACAGTTCGGATCCAGATTTCATGTATGAACTG         GATAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100094 CAAACAGTTCGGATCCAGATTTCATGTATGAACTGGTA...CAGGATAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATGAACTACCAACAGAATCCTAGAGACAACTTTCTTTCTTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 GAGATGAACTACCAACAGAATCCTAGAGACAACTTTCTTTCTTTGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAAAGACATTGAAAATCTGGAGTCTTTCACAGATGTCCTGGATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 CTGCAAAGACATTGAAAATCTGGAGTCTTTCACAGATGTCCTGGATAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGTGCTTTAACCTCAAACTGGGAACAGTGGGATACATACTGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 AGGGTGCTTTAACCTCAAACTGGGAACAGTGGGATACATACTGTGAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAACGAAATATACCAAACTAACCAGCTGTGACATCTGGGGAACAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 CTAACGAAATATACCAAACTAACCAGCTGTGACATCTGGGGAACAAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGGATTACTTGGGTCTTGATGACTTTTCTAGTCCTTACCAAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 AGTGGATTACTTGGGTCTTGATGACTTTTCTAGTCCTTACCAAGATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGTTATAAGTAAAACTCCAACTTTAGCTCAACTTAATAGTGAGGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104073 AGGTTATAAGTAAAACTCCAACTTTAGCTCAACTTAATAGTGAGGACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGTCTGTTTCTGATTCCCTTTATTACCCCGATTCACTTTTCAGTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104123 CAGTCTGTTTCTGATTCCCTTTATTACCCCGATTCACTTTTCAGTGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACAAAATCCCTTACCCTCTTCATTCCCTGGTAAAAAGATCACAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 ACAAAATCCCTTACCCTCTTCATTCCCTGGTAAAAAGATCACAAGCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGCTGCTCCTGTGTGTTCTTCTAAGACTCTGCAGGCTGAGGTCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104223 CAGCTGCTCCTGTGTGTTCTTCTAAGACTCTGCAGGCTGAGGTCCCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCAGACTGTGTCCAAAAAGCAAGTAAACCCACTTCAAGCACACAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104273 TCAGACTGTGTCCAAAAAGCAAGTAAACCCACTTCAAGCACACAAATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGAAGACCAACATGTATCATAATGAAAAGGTGAACTTTCATGTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104323 GGTGAAGACCAACATGTATCATAATGAAAAGGTGAACTTTCATGTTGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTAAAGACTATGTAAAAAAGGCAAAGGTAAAGATCAACCCAGTGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104373 GTAAAGACTATGTAAAAAAGGCAAAGGTAAAGATCAACCCAGTGCAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCCGGCCCTTGTTGAGCCAGATTCACACAGATGCAGCAAAGGAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104423 AGCCGGCCCTTGTTGAGCCAGATTCACACAGATGCAGCAAAGGAGAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGCTACTGTGGTGCAGTGGCAAAGAGACAAGAGAAAAAAGGGATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104473 CTGCTACTGTGGTGCAGTGGCAAAGAGACAAGAGAAAAAAGGGATGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCTTCAAGGTCATGCCACTCCCGCTTTGCCTTTTAAAGAAACCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104523 CTCTTCAAGGTCATGCCACTCCCGCTTTGCCTTTTAAAGAAACCCAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTATTACTAAGTCCCCTGCCCCAGGAAGGTCCTGGGTCACTTGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104573 CTATTACTAAGTCCCCTGCCCCAGGAAGGTCCTGGGTCACTTGCAGCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AGAGAGCAGCAGTCTTTCTGCCAGTACATCAGTCTCAGATTCATCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104623 AGAGAGCAGCAGTCTTTCTGCCAGTACATCAGTCTCAGATTCATCCCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAAAAGAAGAGCACAATTATTCTCTTTTTGTCTCCGACAACTTGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104673 AAAAAGAAGAGCACAATTATTCTCTTTTTGTCTCCGACAACTTGGGTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CAGCCAACTAAATGCAGTCCTGAAGAAGATGAGGAGGACGAGGAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104723 CAGCCAACTAAATGCAGTCCTGAAGAAGATGAGGAGGACGAGGAGGATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGATGATGAGGACCATGATGAAGGATTCGGCAGTGAGCATGAACTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104773 TGATGATGAGGACCATGATGAAGGATTCGGCAGTGAGCATGAACTGTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AAAATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGATTATGAAGATGACAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104823 AAAATGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGATTATGAAGATGACAAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GATGATATTAGTGATACTTTCTCTGAACCAG         GCTATGAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104873 GATGATATTAGTGATACTTTCTCTGAACCAGGTA...AAGGCTATGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TGATTCTGTAGAAGACCTGAAGGAGGTGACTTCAATATCTTCACGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122136 TGATTCTGTAGAAGACCTGAAGGAGGTGACTTCAATATCTTCACGGAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GAGGTAAAAGAAGATACTTCTGGGAGTATAGTGAACAACTTACACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122186 GAGGTAAAAGAAGATACTTCTGGGAGTATAGTGAACAACTTACACCATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CAGCAAGAGAGGATGCTGAGACCATCTGAGTGGAACCGAGATACTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122236 CAGCAAGAGAGGATGCTGAGACCATCTGAGTGGAACCGAGATACTTTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AAGTAATATGTATCAGAAAAATGGCTTACATCATG         GAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122286 AAGTAATATGTATCAGAAAAATGGCTTACATCATGGTA...TAGGAAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 ATGCAGTAAAGAAGTCACGGAGAACTGATGTAGAAGACCTGACTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124030 ATGCAGTAAAGAAGTCACGGAGAACTGATGTAGAAGACCTGACTCCAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CCTAAAAAACTCCTCCAGATAGGCAATGAACTTCGGAAACTGAATAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124080 CCTAAAAAACTCCTCCAGATAGGCAATGAACTTCGGAAACTGAATAAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GATTAGTGACCTGACTCCAGTCAGTGAGCTTCCCTTAACAGCCCGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124130 GATTAGTGACCTGACTCCAGTCAGTGAGCTTCCCTTAACAGCCCGACCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GGTCAAGGAAGGAAAAAAATAAGCTGGCTTCCAG         AGCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 124180 GGTCAAGGAAGGAAAAAAATAAGCTGGCTTCCAGGTA...CAGAGCTTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CGGTTAAAGAAGAAAGCCCAGTATGAAGCTAATAAAGTGAAATTATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125815 CGGTTAAAGAAGAAAGCCCAGTATGAAGCTAATAAAGTGAAATTATGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CCTCAACACAGAATATG         ATAATTTATTGTTTGTAATCAACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125865 CCTCAACACAGAATATGGTA...CAGATAATTTATTGTTTGTAATCAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CCATCAAGCAAGAGATTGTAAACCGGGTACAGAATCCAAGAGATGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136606 CCATCAAGCAAGAGATTGTAAACCGGGTACAGAATCCAAGAGATGAGAGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GGACCCAACATGGGGCAGAAGCTTGAAATCCTCATTAAAGATACTCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136656 GGACCCAACATGGGGCAGAAGCTTGAAATCCTCATTAAAGATACTCTCGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1805         GTCTACCAGTTGCTGGGCAAACCTCAGAATTTGTTAACCAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136706 TA...CAGGTCTACCAGTTGCTGGGCAAACCTCAGAATTTGTTAACCAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TGTTAGAGAAGACTGCAGAAGGGAATCCCACTGGAGGCCTTGTAGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147174 TGTTAGAGAAGACTGCAGAAGGGAATCCCACTGGAGGCCTTGTAGGATTA

   1950     .    :    .    :
   1897 AGGATACCAACATCAAAGGTG
        |||||||||||||||||||||
 147224 AGGATACCAACATCAAAGGTG