seq1 = pF1KB7842.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KB7842/gi568815579f_43862727.tfa (gi568815579f:43862727_44067353), 204627 bp

>pF1KB7842 1851
>gi568815579f:43862727_44067353 (Chr19)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-208  (102224-102350)   100% ->
209-301  (102507-102599)   100% ->
302-1851  (103078-104627)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTCACCTTCACTTGAACTGCTTCATTCAGGACTCTGCAAATTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGTAGAAGGAAAAATGACCACATTCAAA         GAGGCAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 TGAAGTAGAAGGAAAAATGACCACATTCAAAGTG...TAGGAGGCAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 CATTCAAGGATGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAGGAGCTGGGGCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102284 GACCCTGCCCAGAGGAAGCTGTACCGAGATGTGATGCTAGAGAACTTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACCTGCTCTCAGTAG         GGAATCAACCATTCCACCAAGATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102334 GAACCTGCTCTCAGTAGGTG...CAGGGAATCAACCATTCCACCAAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTTCCACTTCTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 CTTTCCACTTCTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAAGAGAAGGGAATTCAG         GAGGCAAGATCCAAATTGAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102581 CAAAGAGAAGGGAATTCAGGTA...TAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103100 GGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGGTCCTGTCAGCAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103150 TATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACAGCTCTCAGTTCTTCAAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103200 AACAGCTCTCAGTTCTTCAAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGACTATCTATAAGTCACGTGCAACAGAAACCTTACCGTTGTAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103250 AAGACTATCTATAAGTCACGTGCAACAGAAACCTTACCGTTGTAATGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAAACAGTCCATCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103300 GTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACTCAGGAGAGAAATCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103350 CACTCAGGAGAGAAATCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATATGGGAGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103400 TTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGAGTCCATATGGGAGAAAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103450 GCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAACGTGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 103500 CAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAATGTTCATTGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103550 ATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAGCACTTAATGTTCATTGCAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103600 TGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATTCATGATTCACAGCTTCAGGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 103650 ATTCATGATTCACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCCGTGTTAGATCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103700 GCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAAGAGCTTCCGTGTTAGATCAAGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103750 TTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ACATGTGGCAAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103800 ACATGTGGCAAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGAGCAATGTGGAAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103850 GGTCCACATAGAAGAGAAGCCATACAAATGTGAGCAATGTGGAAAAGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103900 TCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103950 AAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGACAAAAATCCTTCAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 TCTTTTGAACCATCAGCAAGTCCACAGTGGACAAAAATCCTTCAAATGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 AAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCATCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AGATCCCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104100 AGATCCCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTCACCAGAGGGTCCACACGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104150 CTATAAAAGGAGGTTGGATCTTGAGTTTCACCAGAGGGTCCACACGGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 AGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104250 TGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGAAGAGTGTGGAAAGAGATTTACTCAGAGTACACAACTTCATTCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 104300 TGAAGAGTGTGGAAAGAGATTTACTCAGAGTTCACAACTTCATTCCCATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTGTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104350 AGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTGTGAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 104400 GGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 AGAGCGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104450 AGAGCGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 CATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAGCCATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104500 CATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAGCCATTGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TCTGGAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104550 TCTGGAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATC

   1850     .    :    .    :    .
   1824 AGTAAGTCTATGTGGGAGAAAAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 104600 AGTAAGTCTATGTGGGAGAAAAGCCATA