seq1 = pF1KB7826.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KB7826/gi568815593r_150795427.tfa (gi568815593r:150795427_150998557), 203131 bp

>pF1KB7826 1812
>gi568815593r:150795427_150998557 (Chr5)

(complement)

13-142  (100001-100130)   100% ->
143-269  (100374-100500)   97% ->
270-1812  (101589-103131)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 CAGGGGTTAGTATCATTCAAGGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGGGGTTAGTATCATTCAAGGATGTGGCTGTGGATTTCACCCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 GTGGCAGCAACTTGACCCTTCTCAGAGGACCCTGTACAGGGATGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGGCAGCAACTTGACCCTTCTCAGAGGACCCTGTACAGGGATGTGATGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 TGGAGAACTACAGCCACCTGGTCTCAATGG         GGTATCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TGGAGAACTACAGCCACCTGGTCTCAATGGGTA...TAGGGTATCCAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154 TCCAAACCAGATGTCATCTCCAAGTTGGAACAAGGAGAAGAGCCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100385 TCCAAACCAGATGTCATCTCCAAGTTGGAACAAGGAGAAGAGCCATGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 CATAAAGGGAGACATATCAAATTGGATCTATCCAGATGAATATCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100435 CATAAAGGGAGACATATCAAATTGGATCTATCCAGATGAATATCAGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 ATGGGAGACAAGACAG         GAAGAGTAACCTTCACAACTCCCAG
        ||||||||||||  | >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100485 ATGGGAGACAAGGGAAGTG...CAGGAAGAGTAACCTTCACAACTCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 TCATGTATTTTGGGGACAGTTTCCTTCCATCATAAGATACTGAAAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 101614 TCATGTATTTTGGGGACAGTTTCCTTCCATCATAAGATACTGAAAGGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 CACAAGGGATGGTTCATTGTGCTCCATTTTAAAAGTCTGTCAAGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101664 CACAAGGGATGGTTCATTGTGCTCCATTTTAAAAGTCTGTCAAGGTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 GTCAGCTGCAGAGATTTCTAGAGAATCAAGACAAACTCTTCAGGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101714 GTCAGCTGCAGAGATTTCTAGAGAATCAAGACAAACTCTTCAGGCAGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 ACATTTGTTAACAGCAAAACAGTGACTGAGGCATCAGGGCATAAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101764 ACATTTGTTAACAGCAAAACAGTGACTGAGGCATCAGGGCATAAATATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    495 TCCACTGGGGAAAATATTTCAAGAGTGCATAGAAACAGATATATCAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 TCCACTGGGGAAAATATTTCAAGAGTGCATAGAAACAGATATATCAATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 AGAGATTCCATAAATATGATGCTTTTAAAAAGAACTTAAAACCAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101864 AGAGATTCCATAAATATGATGCTTTTAAAAAGAACTTAAAACCAAATATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 GACCTACCGAGTTGTTATAAGAGCAATTCAAGAAAAAAACCTGATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101914 GACCTACCGAGTTGTTATAAGAGCAATTCAAGAAAAAAACCTGATCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 TTTTGGAGGTGGAAAATCATCTAGCCAGAGTGAGCCCAATTCTAATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101964 TTTTGGAGGTGGAAAATCATCTAGCCAGAGTGAGCCCAATTCTAATCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 AGAAGATTCACAATGGAGTAATACCTTTTGATGATAATCAGTGTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102014 AGAAGATTCACAATGGAGTAATACCTTTTGATGATAATCAGTGTGGAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 GTTTTTAGAAATACACAATCCCTTATTCAATATCAGAATGTGGAAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102064 GTTTTTAGAAATACACAATCCCTTATTCAATATCAGAATGTGGAAACTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 AGAGAAAAGCTGTGTATGTGTTACATGTGGAAAAGCCTTTGCTAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102114 AGAGAAAAGCTGTGTATGTGTTACATGTGGAAAAGCCTTTGCTAAGAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 CACAACTCATTGTACATCAAAGAATTCATACTGGAAAGAAACCATATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102164 CACAACTCATTGTACATCAAAGAATTCATACTGGAAAGAAACCATATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895 TGTGGTGCATGCGGAAAAGCCTTCAGTGAGAAGTTTCATCTTGTTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102214 TGTGGTGCATGCGGAAAAGCCTTCAGTGAGAAGTTTCATCTTGTTGTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 TCAGAGAACTCATACTGGGGAGAAACCTTATGATTGTTCTGAATGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102264 TCAGAGAACTCATACTGGGGAGAAACCTTATGATTGTTCTGAATGTGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 AAGCCTTCTCTCAGAAATCGTCCCTTATTATACATCAGAGAGTTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102314 AAGCCTTCTCTCAGAAATCGTCCCTTATTATACATCAGAGAGTTCACACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 GGGGAAAAACCCTATGAATGTAGTGAATGCGGGAAAGCCTTCTCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 GGGGAAAAACCCTATGAATGTAGTGAATGCGGGAAAGCCTTCTCCCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1095 ATCACCCCTCATTATACATCAGAGAATACATACTGGGGAAAAACCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102414 ATCACCCCTCATTATACATCAGAGAATACATACTGGGGAAAAACCCTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145 AATGTAGAGAGTGTGGGAAGGCCTTTTCCCAGAAGTCACAGCTGATTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102464 AATGTAGAGAGTGTGGGAAGGCCTTTTCCCAGAAGTCACAGCTGATTATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195 CACCACAGAGCTCATACTGGAGAGAAGCCGTATGAGTGTACCGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102514 CACCACAGAGCTCATACTGGAGAGAAGCCGTATGAGTGTACCGAATGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 GAAAGCCTTCTGTGAGAAGTCCCACCTCATTATACATAAAAGAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102564 GAAAGCCTTCTGTGAGAAGTCCCACCTCATTATACATAAAAGAATTCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1295 CTGGTGAGAAACCCTACAAATGTGCTCAATGTGAGGAAGCCTTCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102614 CTGGTGAGAAACCCTACAAATGTGCTCAATGTGAGGAAGCCTTCAGCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345 AAGACAGAACTCATTACACATCAGTTAGTTCATACTGGGGAAAAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102664 AAGACAGAACTCATTACACATCAGTTAGTTCATACTGGGGAAAAACCTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395 TGAATGTACTGAATGTGGAAAGACATTCTCCCGCAAGTCACAGCTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102714 TGAATGTACTGAATGTGGAAAGACATTCTCCCGCAAGTCACAGCTCATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445 TACATCAGAGAACACATACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTAGTGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102764 TACATCAGAGAACACATACTGGAGAAAAACCCTATAAATGTAGTGAATGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495 GGCAAAGCCTTCTGCCAGAAGTCACATCTCATTGGACATCAGAGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 GGCAAAGCCTTCTGCCAGAAGTCACATCTCATTGGACATCAGAGAATTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1545 CACAGGAGAAAAACCTTATATATGTACTGAATGTGGGAAAGCCTTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 CACAGGAGAAAAACCTTATATATGTACTGAATGTGGGAAAGCCTTCTCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595 AGAAGTCCCACCTTCCGGGACACCAGCGAATTCATACAGGAGAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102914 AGAAGTCCCACCTTCCGGGACACCAGCGAATTCATACAGGAGAGAAACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645 TACATATGTGCTGAATGTGGAAAGGCCTTTTCTCAGAAGTCAGACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102964 TACATATGTGCTGAATGTGGAAAGGCCTTTTCTCAGAAGTCAGACCTTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1695 TTTACATCAGAGGATTCATACTGGGGAAAGACCCTATCAATGTGCTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103014 TTTACATCAGAGGATTCATACTGGGGAAAGACCCTATCAATGTGCTATAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1745 GTGGGAAGGCCTTCATCCAGAAGTCACAACTAACTGTACACCAGAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103064 GTGGGAAGGCCTTCATCCAGAAGTCACAACTAACTGTACACCAGAGAATT

   1800     .    :    .
   1795 CACACAGTGGTAAAATCA
        ||||||||||||||||||
 103114 CACACAGTGGTAAAATCA