seq1 = pF1KB7813.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KB7813/gi568815596r_212907363.tfa (gi568815596r:212907363_213248645), 341283 bp

>pF1KB7813 1596
>gi568815596r:212907363_213248645 (Chr2)

(complement)

1-52  (100000-100050)   98% ->
53-157  (100834-100938)   99% ->
158-424  (191547-191813)   100% ->
425-592  (198766-198933)   100% ->
593-730  (226516-226653)   100% ->
731-874  (234712-234855)   100% ->
875-1596  (240562-241283)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATTGCACTTTGACTATGGAAACAGAGGCTATTGATGGCTATATAAC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCATTGCACTTTGACTATGGAAACAGAGGCTATTGATGGCTATATAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GT         GTGACAATGAGCTTTCACCCGAAAGGGAACACTCCAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100049 GTGTA...CAGGTGACAATGAGCTTTCACCCGAAAGGGAGCACTCCAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCAATTGACCTCACCTCAAGCACACCCAATGGACAGCATGCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100873 TGGCAATTGACCTCACCTCAAGCACACCCAATGGACAGCATGCCTCACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTCACATGACAAGCA         CAAATTCAGTAAAGCTAGAAATGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100923 AGTCACATGACAAGCAGTA...CAGCAAATTCAGTAAAGCTAGAAATGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGTGATGAAGAGTGTGACAGGAAACCCCTGAGCCGTGAAGATGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191572 GAGTGATGAAGAGTGTGACAGGAAACCCCTGAGCCGTGAAGATGAGATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGGCCATGATGAGGGTAGCAGCCTAGAAGAACCCCTAATTGAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191622 GGGGCCATGATGAGGGTAGCAGCCTAGAAGAACCCCTAATTGAGAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGTGGCTGACAACAGGAAAGTCCAGGAGCTTCAAGGCGAGGGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191672 GAGGTGGCTGACAACAGGAAAGTCCAGGAGCTTCAAGGCGAGGGAGGAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGGCTTCCGAATGGTAAACTGAAATGTGACGTCTGTGGCATGGTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191722 CCGGCTTCCGAATGGTAAACTGAAATGTGACGTCTGTGGCATGGTTTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGGCCCAATGTGCTTATGGTACATAAAAGGAGTCACACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 191772 TTGGGCCCAATGTGCTTATGGTACATAAAAGGAGTCACACTGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  GTGAACGCCCCTTCCACTGTAACCAGTGTGGAGCTTCTTTTACTCAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198765 GGTGAACGCCCCTTCCACTGTAACCAGTGTGGAGCTTCTTTTACTCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGGCAACCTTCTGAGACACATAAAGTTACACTCTGGAGAGAAGCCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198815 GGGCAACCTTCTGAGACACATAAAGTTACACTCTGGAGAGAAGCCGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGTCCTTTCTGTAGCTACGCCTGTAGAAGAAGGGACGCCCTCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198865 AATGTCCTTTCTGTAGCTACGCCTGTAGAAGAAGGGACGCCCTCACAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCTCAGGACCCATTCTG         TGGGTAAACCTCACAAGTGCAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 198915 CACCTCAGGACCCATTCTGGTA...CAGTGGGTAAACCTCACAAGTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACTGTGGACGAAGCTACAAGCAGCGCAGTTCACTGGAGGAGCACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226538 CTACTGTGGACGAAGCTACAAGCAGCGCAGTTCACTGGAGGAGCACAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AACGCTGCCACAACTATCTCCAGAATGTCAGCATGGAGGCTGCTGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226588 AACGCTGCCACAACTATCTCCAGAATGTCAGCATGGAGGCTGCTGGGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCATGAGTCACCATG         TACCTCCTATGGAAGATTGTAAGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 226638 GTCATGAGTCACCATGGTG...TAGTACCTCCTATGGAAGATTGTAAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAAGAGCCTATTATGGACAACAATATTTCTCTGGTGCCTTTTGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234737 ACAAGAGCCTATTATGGACAACAATATTTCTCTGGTGCCTTTTGAGAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGCTGTCATAGAGAAGCTCACGGGGAATATGGGAAAACGTAAAAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234787 CTGCTGTCATAGAGAAGCTCACGGGGAATATGGGAAAACGTAAAAGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTCCACAAAAGTTTGTGG         GGGAAAAGCTCATGCGATTCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 234837 ACTCCACAAAAGTTTGTGGGTA...CAGGGGAAAAGCTCATGCGATTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTACCCAGATATTCACTTTGATATGAACTTAACATATGAGAAGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240584 CTACCCAGATATTCACTTTGATATGAACTTAACATATGAGAAGGAGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTGATGCAGTCTCATATGATGGACCAAGCCATCAACAATGCAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240634 AGCTGATGCAGTCTCATATGATGGACCAAGCCATCAACAATGCAATCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACCTTGGAGCTGAGGCCCTTCACCCTCTGATGCAGCACCCGCCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240684 TACCTTGGAGCTGAGGCCCTTCACCCTCTGATGCAGCACCCGCCAAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AATCGCTGAAGTGGCCCCAGTTATAAGCTCAGCTTATTCTCAGGTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240734 AATCGCTGAAGTGGCCCCAGTTATAAGCTCAGCTTATTCTCAGGTCTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATCCAAATAGGATAGAAAGACCCATTAGCAGGGAAACTGCTGATAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240784 ATCCAAATAGGATAGAAAGACCCATTAGCAGGGAAACTGCTGATAGTCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAAAACAACATGGATGGCCCCATCTCTCTCATCAGACCAAAGAGTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240834 GAAAACAACATGGATGGCCCCATCTCTCTCATCAGACCAAAGAGTCGACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCAGGAAAGAGAGGCCTCTCCCAGCAATAGCTGCCTGGATTCCACTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240884 CCAGGAAAGAGAGGCCTCTCCCAGCAATAGCTGCCTGGATTCCACTGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CAGAAAGCAGCCATGATGACCACCAGTCCTACCAAGGACACCCTGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240934 CAGAAAGCAGCCATGATGACCACCAGTCCTACCAAGGACACCCTGCCTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AATCCCAAGAGGAAACAAAGCCCAGCTTACATGAAGGAGGATGTCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240984 AATCCCAAGAGGAAACAAAGCCCAGCTTACATGAAGGAGGATGTCAAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TTTGGATACTACCAAGGCTCCTAAGGGCTCTCTGAAGGACATCTACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241034 TTTGGATACTACCAAGGCTCCTAAGGGCTCTCTGAAGGACATCTACAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TCTTCAATGGAGAAGGAGAACAGATTAGGGCCTTCAAGTGTGAGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241084 TCTTCAATGGAGAAGGAGAACAGATTAGGGCCTTCAAGTGTGAGCACTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CGAGTCCTTTTCCTAGACCATGTCATGTACACCATTCACATGGGTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241134 CGAGTCCTTTTCCTAGACCATGTCATGTACACCATTCACATGGGTTGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGGCTACCGGGACCCACTGGAATGCAACATCTGTGGCTACAGAAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241184 TGGCTACCGGGACCCACTGGAATGCAACATCTGTGGCTACAGAAGCCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 ACCGTTATGAGTTTTCATCACACATTGTTCGAGGGGAGCACACATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241234 ACCGTTATGAGTTTTCATCACACATTGTTCGAGGGGAGCACACATTCCAC