seq1 = pF1KB7791.tfa, 1377 bp
seq2 = pF1KB7791/gi568815582f_3037281.tfa (gi568815582f:3037281_3241344), 204064 bp

>pF1KB7791 1377
>gi568815582f:3037281_3241344 (Chr16)

1-399  (100001-100399)   100% ->
400-523  (101138-101261)   100% ->
524-597  (101465-101538)   100% ->
598-721  (101695-101818)   100% ->
722-1377  (103409-104064)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCCCTTGGAGGCCCAGGACCAGGCCCCTGGGGAGGGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCCCTTGGAGGCCCAGGACCAGGCCCCTGGGGAGGGAGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCTGATTGTGAAAGTGGAAGATTCCTCCTGGGAACAGGAATCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCTGATTGTGAAAGTGGAAGATTCCTCCTGGGAACAGGAATCTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCATGAGGATGGCAGGGATTCCGAAGCCTGCCGCCAGCGCTTCCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCATGAGGATGGCAGGGATTCCGAAGCCTGCCGCCAGCGCTTCCGGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTGCTACGGGGATGTGCATGGGCCTCATGAGGCCTTCAGCCAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTGCTACGGGGATGTGCATGGGCCTCATGAGGCCTTCAGCCAGCTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGCTCTGCTGCCGCTGGCTGCGGCCCGAGCTGCGTACCAAGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGCTCTGCTGCCGCTGGCTGCGGCCCGAGCTGCGTACCAAGGAGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACAGTGCTGCCAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCCTGACAGTGCTGCCAGGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCCAGGGCTGGGTGCGTGAGCAGCACCCGGGAAGCGGTGAGGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCCAGGGCTGGGTGCGTGAGCAGCACCCGGGAAGCGGTGAGGAGGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCTTGGTGGAGGACCTACAGAAGCAGCCAGTGAAAGCCTGGCGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100351 CGCCTTGGTGGAGGACCTACAGAAGCAGCCAGTGAAAGCCTGGCGACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400         GATGTGCCCTCGGAGGAGGCGGAACCCGAGGCTGCAGGCCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TG...CAGGATGTGCCCTCGGAGGAGGCGGAACCCGAGGCTGCAGGCCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGATCCCAGGCCACGGGGCCTCCCCCGACGGTGGGGGCACGGAGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101180 GGATCCCAGGCCACGGGGCCTCCCCCGACGGTGGGGGCACGGAGGCGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTCTGTTCCCCAGGAGCAGCACAGCCATAGCG         CCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101230 GTCTGTTCCCCAGGAGCAGCACAGCCATAGCGGTG...CAGCCCAGCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTGCTCTTCTTAAAGAGGGTCGTCCCGGAGAGACGACGGACACCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 CTGCTCTTCTTAAAGAGGGTCGTCCCGGAGAGACGACGGACACCTGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTCTCTGGGGTCCAT         GGACCTGTGGCATTGGGAGACATCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101524 GTCTCTGGGGTCCATGTG...CAGGGACCTGTGGCATTGGGAGACATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATTCTATTTCTCCCGGGAAGAATGGGGCACCCTGGACCCTGCTCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101721 ATTCTATTTCTCCCGGGAAGAATGGGGCACCCTGGACCCTGCTCAGCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATCTCTTCTGGGACATAAAGCGGGAGAACTCCCGGAACACCACCCTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101771 ATCTCTTCTGGGACATAAAGCGGGAGAACTCCCGGAACACCACCCTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        GTTTTGGGCTCAAAGGCCAAAGTGAGAAGTCCCTGCTGCAGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101821 A...CAGGTTTTGGGCTCAAAGGCCAAAGTGAGAAGTCCCTGCTGCAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GATGGTGCCGGTGGTGCCAGGCCAGACAGGCAGCGACGTGACTGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103452 GATGGTGCCGGTGGTGCCAGGCCAGACAGGCAGCGACGTGACTGTGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGAGCCCCGAGGAGGCTGAGGCCTGGGAGAGCGAGAACCGGCCGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103502 GGAGCCCCGAGGAGGCTGAGGCCTGGGAGAGCGAGAACCGGCCGAGGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCCTGGGCCCAGTGGTGGGCGCGCGACGGGGGCGGCCACCCACTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103552 GCCCTGGGCCCAGTGGTGGGCGCGCGACGGGGGCGGCCACCCACTCGCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCGCCAGTTCCGGGACCTGGCAGCCGAGAAGCCGCACAGCTGCGGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103602 GCGCCAGTTCCGGGACCTGGCAGCCGAGAAGCCGCACAGCTGCGGGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGGAAAGCGCTTCCGCTGGGGCTCGGACCTGGCGCGGCACCAGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103652 GTGGAAAGCGCTTCCGCTGGGGCTCGGACCTGGCGCGGCACCAGCGCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CACACGGGCGAGAAGCCACACAAGTGCCCTGAGTGCGACAAGAGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103702 CACACGGGCGAGAAGCCACACAAGTGCCCTGAGTGCGACAAGAGCTTCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAGCTCCTCGGACCTGGTGCGCCACCAAGGCGTGCACACGGGCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103752 CAGCTCCTCGGACCTGGTGCGCCACCAAGGCGTGCACACGGGCGAGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CCTTCTCCTGTTCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCCGCAGCGCCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103802 CCTTCTCCTGTTCCGAGTGCGGCAAGAGCTTCAGCCGCAGCGCCTACCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCCGACCACCAGCGCATACACACGGGCGAGAAGCCTTTCGGCTGCAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103852 GCCGACCACCAGCGCATACACACGGGCGAGAAGCCTTTCGGCTGCAGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTGCGGCAAGAGCTTCTCGCTGCGCTCCTACCTGCTGGACCATCGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 CTGCGGCAAGAGCTTCTCGCTGCGCTCCTACCTGCTGGACCATCGGCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TGCACACCGGTGAGCGGCCCTTCGGCTGCGGAGAGTGCGACAAGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 TGCACACCGGTGAGCGGCCCTTCGGCTGCGGAGAGTGCGACAAGAGCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAGCAGCGCGCGCACCTCATCGCGCATCAGAGCCTGCACGCCAAGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 AAGCAGCGCGCGCACCTCATCGCGCATCAGAGCCTGCACGCCAAGATGGC

   1400     .    :
   1365 CCAGCCCGTGGGG
        |||||||||||||
 104052 CCAGCCCGTGGGG