seq1 = pF1KB7770.tfa, 1431 bp
seq2 = pF1KB7770/gi568815595f_12279706.tfa (gi568815595f:12279706_12534142), 254437 bp

>pF1KB7770 1431
>gi568815595f:12279706_12534142 (Chr3)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-396  (101617-101786)   100% ->
397-535  (112909-113047)   100% ->
536-735  (126177-126376)   100% ->
736-1186  (136999-137449)   100% ->
1187-1431  (154193-154437)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCATGGTTGACACAGAGATGCCATTCTGGCCCACCAACTTTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCATGGTTGACACAGAGATGCCATTCTGGCCCACCAACTTTGGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTCCGTGGATCTCTCCGTAATGGAAGACCACTCCCACTCCTTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTCCGTGGATCTCTCCGTAATGGAAGACCACTCCCACTCCTTTGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAGCCCTTCACTACTGTTGACTTCTCCAGCATTTCTACTCCACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGCCCTTCACTACTGTTGACTTCTCCAGCATTTCTACTCCACATTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGACATTCCATTCACAAGAACAGATCCAGTGGTTGCAGATTACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAGACATTCCATTCACAAGAACAGATCCAGTGGTTGCAGATTACAAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACCTGAAACTTCAAGAGTACCAAA         GTGCAATCAAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 TGACCTGAAACTTCAAGAGTACCAAAGTA...CAGGTGCAATCAAAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCCTGCATCTCCACCTTATTATTCTGAGAAGACTCAGCTCTACAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 AGCCTGCATCTCCACCTTATTATTCTGAGAAGACTCAGCTCTACAATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTCATGAAGAGCCTTCCAACTCCCTCATGGCAATTGAATGTCGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 CCTCATGAAGAGCCTTCCAACTCCCTCATGGCAATTGAATGTCGTGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAGATAAAGCTTCTGGATTTCACTATGGAGTTCATGCTTGTGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 TGGAGATAAAGCTTCTGGATTTCACTATGGAGTTCATGCTTGTGAAGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAAG         GGTTTCTTCCGGAGAACAATCAGATTGAAGCTTATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101782 GCAAGGTA...CAGGGTTTCTTCCGGAGAACAATCAGATTGAAGCTTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATGACAGATGTGATCTTAACTGTCGGATCCACAAAAAAAGTAGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112945 TATGACAGATGTGATCTTAACTGTCGGATCCACAAAAAAAGTAGAAATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGTCAGTACTGTCGGTTTCAGAAATGCCTTGCAGTGGGGATGTCTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112995 ATGTCAGTACTGTCGGTTTCAGAAATGCCTTGCAGTGGGGATGTCTCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATG         CCATCAGGTTTGGGCGGATGCCACAGGCCGAGAAGGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113045 ATGGTA...TAGCCATCAGGTTTGGGCGGATGCCACAGGCCGAGAAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGCTGTTGGCGGAGATCTCCAGTGATATCGACCAGCTGAATCCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126215 AAGCTGTTGGCGGAGATCTCCAGTGATATCGACCAGCTGAATCCAGAGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGCTGACCTCCGGGCCCTGGCAAAACATTTGTATGACTCATACATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126265 CGCTGACCTCCGGGCCCTGGCAAAACATTTGTATGACTCATACATAAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTTCCCGCTGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGATCTTGACAGGAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126315 CCTTCCCGCTGACCAAAGCAAAGGCGAGGGCGATCTTGACAGGAAAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACAGACAAATCA         CCATTCGTTATCTATGACATGAATTCCTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126365 ACAGACAAATCAGTT...CAGCCATTCGTTATCTATGACATGAATTCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATGATGGGAGAAGATAAAATCAAGTTCAAACACATCACCCCCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137028 AATGATGGGAGAAGATAAAATCAAGTTCAAACACATCACCCCCCTGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCAGAGCAAAGAGGTGGCCATCCGCATCTTTCAGGGCTGCCAGTTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137078 AGCAGAGCAAAGAGGTGGCCATCCGCATCTTTCAGGGCTGCCAGTTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCCGTGGAGGCTGTGCAGGAGATCACAGAGTATGCCAAAAGCATTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137128 TCCGTGGAGGCTGTGCAGGAGATCACAGAGTATGCCAAAAGCATTCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTGTAAATCTTGACTTGAACGACCAAGTAACTCTCCTCAAATATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137178 TTTTGTAAATCTTGACTTGAACGACCAAGTAACTCTCCTCAAATATGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCCACGAGATCATTTACACAATGCTGGCCTCCTTGATGAATAAAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137228 TCCACGAGATCATTTACACAATGCTGGCCTCCTTGATGAATAAAGATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTTCTCATATCCGAGGGCCAAGGCTTCATGACAAGGGAGTTTCTAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137278 GTTCTCATATCCGAGGGCCAAGGCTTCATGACAAGGGAGTTTCTAAAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCTGCGAAAGCCTTTTGGTGACTTTATGGAGCCCAAGTTTGAGTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137328 CCTGCGAAAGCCTTTTGGTGACTTTATGGAGCCCAAGTTTGAGTTTGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGAAGTTCAATGCACTGGAATTAGATGACAGCGACTTGGCAATATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137378 TGAAGTTCAATGCACTGGAATTAGATGACAGCGACTTGGCAATATTTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCTGTCATTATTCTCAGTGGAG         ACCGCCCAGGTTTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 137428 GCTGTCATTATTCTCAGTGGAGGTA...CAGACCGCCCAGGTTTGCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGTGAAGCCCATTGAAGACATTCAAGACAACCTGCTACAAGCCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154212 TGTGAAGCCCATTGAAGACATTCAAGACAACCTGCTACAAGCCCTGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCCAGCTGAAGCTGAACCACCCTGAGTCCTCACAGCTGTTTGCCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154262 TCCAGCTGAAGCTGAACCACCCTGAGTCCTCACAGCTGTTTGCCAAGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CTCCAGAAAATGACAGACCTCAGACAGATTGTCACGGAACACGTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154312 CTCCAGAAAATGACAGACCTCAGACAGATTGTCACGGAACACGTGCAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 ACTGCAGGTGATCAAGAAGACGGAGACAGACATGAGTCTTCACCCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154362 ACTGCAGGTGATCAAGAAGACGGAGACAGACATGAGTCTTCACCCGCTCC

   1450     .    :    .    :    .
   1406 TGCAGGAGATCTACAAGGACTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||
 154412 TGCAGGAGATCTACAAGGACTTGTAC