seq1 = pF1KB7768.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KB7768/gi568815587r_305899.tfa (gi568815587r:305899_508896), 202998 bp

>pF1KB7768 1230
>gi568815587r:305899_508896 (Chr11)

(complement)

1-206  (99998-100202)   98% ->
207-340  (100691-100824)   100% ->
341-481  (100940-101080)   100% ->
482-625  (101329-101472)   100% ->
626-728  (101733-101835)   100% ->
729-879  (101904-102054)   100% ->
880-1069  (102359-102548)   98% ->
1070-1230  (102838-102998)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGTGTCTGTGATAGGGCCCCTGACTTCCTCTCCCCGTCTGAAGA
         | |-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CTTC AGGTGTCTGTGATAGGGCCCCTGACTTCCTCTCCCCGTCTGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGTGCTGAGGCCTGCCTTGGGCAGCTCAGTGGCTCTGAACTGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 CCAGGTGCTGAGGCCTGCCTTGGGCAGCTCAGTGGCTCTGAACTGCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTGGGTAGTCTCTGGGCCCCACTGCTCCCTGCCTTCAGTCCAGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 CTTGGGTAGTCTCTGGGCCCCACTGCTCCCTGCCTTCAGTCCAGTGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGACGGGCTTCCATTGGGAATTGGGGGCCACTACAGCCTCCACGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 AAAGACGGGCTTCCATTGGGAATTGGGGGCCACTACAGCCTCCACGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCTG         GGTCAAGGCCAACCTGTCAGAGGTGCTTGTGTCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100197 CTCCTGGTA...CAGGGTCAAGGCCAACCTGTCAGAGGTGCTTGTGTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTCCTGGGGGTCAACGTGACCAGCACTGAAGTCTATGGGGCCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100726 GTGTCCTGGGGGTCAACGTGACCAGCACTGAAGTCTATGGGGCCTTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCTCCATCCAGAACATCAGCTTCTCCTCCTTCACTCTTCAGAGAGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100776 TGCTCCATCCAGAACATCAGCTTCTCCTCCTTCACTCTTCAGAGAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341         GCCCTACAAGCCACGTGGCTGCGGTGCTGGCCTCCCTCCTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100826 TG...CAGGCCCTACAAGCCACGTGGCTGCGGTGCTGGCCTCCCTCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCTGCTGGCCCTGCTGCTGGCCGCCCTGCTCTATGTCAAGTGCCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100982 TCCTGCTGGCCCTGCTGCTGGCCGCCCTGCTCTATGTCAAGTGCCGTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACGTGCTGCTCTGGTACCAGGACGCGTATGGGGAGGTGGAGATAAACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101032 AACGTGCTGCTCTGGTACCAGGACGCGTATGGGGAGGTGGAGATAAACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482         ACGGGAAGCTCTACGACGCCTACGTCTCCTACAGCGACTGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101082 TG...CAGACGGGAAGCTCTACGACGCCTACGTCTCCTACAGCGACTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGAGGACCGCAAGTTCGTGAACTTCATCCTAAAGCCGCAGCTGGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101371 CCGAGGACCGCAAGTTCGTGAACTTCATCCTAAAGCCGCAGCTGGAGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGTCGGGGCTACAAGCTCTTCCTGGACGACCGCGACCTCCTGCCGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101421 CGTCGGGGCTACAAGCTCTTCCTGGACGACCGCGACCTCCTGCCGCGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TG         AGCCCTCCGCCGACCTCTTGGTGAACCTGAGCCGCTGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101471 TGGTA...CAGAGCCCTCCGCCGACCTCTTGGTGAACCTGAGCCGCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GACGCCTCATCGTGGTGCTTTCGGACGCCTTCCTGAGCCGGGCCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 GACGCCTCATCGTGGTGCTTTCGGACGCCTTCCTGAGCCGGGCCTGGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCCACAGCTTCCG         GGAGGGCCTGTGCCGGCTGCTGGAGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101822 AGCCACAGCTTCCGGTG...CAGGGAGGGCCTGTGCCGGCTGCTGGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACCCGCAGACCCATCTTCATCACCTTCGAGGGCCAGAGGCGCGACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101931 CACCCGCAGACCCATCTTCATCACCTTCGAGGGCCAGAGGCGCGACCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGCACCCGGCGCTCCGCCTGCTGCGCCAGCACCGCCACCTGGTGACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 CGCACCCGGCGCTCCGCCTGCTGCGCCAGCACCGCCACCTGGTGACCTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGCTCTGGAGGCCCGGCTCCGTG         ACTCCTTCCTCCGATTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102031 CTGCTCTGGAGGCCCGGCTCCGTGGTG...CAGACTCCTTCCTCCGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTGGAAAGAAGTGCAGCTGGCGCTGCCGCGGAAGGTGCGGTACAGGCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
 102376 TTGGAAAGAAGTGCAGCTGGCGCTGCCGCGGAAGGTGCAGTACAGGCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGAAGGAGACCCCCAGACGCAGCTGCAGGACGACAAGGACCCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 TGGAAGGAGACCCCCAGACGCAGCTGCAGGACGACAAGGACCCCATGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATTCTTCGAGGCCGAGTCCCTGAGGGCCGGGCCCTGGACTCAGAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 ATTCTTCGAGGCCGAGTCCCTGAGGGCCGGGCCCTGGACTCAGAGGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCGGACCCTGAGGGCGACCTGG         GTGTCCGGGGGCCTGTTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| |
 102526 CCCGGACCCTGAGGGCGACCTGGGTA...CAGGTGTCCGGGGGCCTGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTGGAGAGCCATCAGCTCCACCGCACACCAGTGGGGTCTCGCTGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 TTGGAGAGCCATCAGCTCCACCGCACACCAGTGGGGTCTCGCTGGGAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCCGGAGCAGCGAAGTGGACGTCTCGGATCTCGGCTCGCGAAACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102906 AGCCGGAGCAGCGAAGTGGACGTCTCGGATCTCGGCTCGCGAAACTACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCCCGCACAGACTTCTACTGCCTGGTGTCCAAGGATGATATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102956 TGCCCGCACAGACTTCTACTGCCTGGTGTCCAAGGATGATATG